Simulasi interaktif ini memvisualisasikan ikatan peptida secara tiga dimensi dan 2 dimensi. Aktifkan Glow untuk menyorot gugus peptida (-C(=O)-NH-) dengan efek pendaran berwarna emas. Sumber visual molekul di ambil dari Pubchem dengan modifikasi untuk tampilan ikatan peptida, baik dipeptida maupun tripeptida.
Landasan Teori
Ikatan peptida adalah ikatan kovalen antara gugus karboksil (-COOH) suatu asam amino dengan gugus amino (-NH2) asam amino berikutnya, terbentuk melalui reaksi kondensasi dengan melepas H2O.
Gugus ikatan peptida: -C(=O)-NH-, di mana karbon karbonil (C) berikatan rangkap dengan oksigen (O) dan berikatan tunggal dengan nitrogen (N).
Sifat khas: (1) planar akibat resonansi parsial karakter rangkap C-N; panjang C-N ikatan peptida ~1,33 Å. (2) Konfigurasi umumnya trans. (3) Pembentukan struktur sekunder protein (heliks-α, lembaran-β) bergantung pada planaritas ini.
Jumlah ikatan peptida = jumlah asam amino – 1.
Petunjuk Penggunaan Simulasi
- Pilih molekul menggunakan tombol tab: Gly-Ala, Gly-Gly, Ala-Gly, atau Gly-Gly-Gly.
- Panel kiri menampilkan model 3D: seret untuk memutar, scroll untuk zoom.
- Panel kanan menampilkan gambar struktur 2D statis.
- Centang Glow untuk menampilkan efek pendaran emas di sekitar atom dan ikatan gugus peptida (C=O, C-N, N-H).
- Gunakan tombol Rotasi untuk rotasi otomatis, dan Reset untuk mengembalikan tampilan awal.
Interpretasi dan Cara Memanfaatkan Simulasi
Kenali ikatan peptida: Aktifkan glow untuk melihat dengan jelas gugus -C(=O)-NH- yang menjadi ciri ikatan peptida.
Amati planaritas: Putar model 3D dan perhatikan bahwa keempat atom (O, C, N, H) pada ikatan peptida nyaris sebidang.
Hitung ikatan peptida: Cocokkan jumlah gugus yang menyala dengan badge di panel info.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar