Menampilkan molekul 3D tidaklah sulit! Cukup dengan sedikit pengetahuan tentang format SMILES (representasi teks struktur kimia) dan mengikuti tutorial di bawah ini. Kita dapat langsung membuka berbagai molekul interaktif di tab browser baru menggunakan layanan JSMOL dari St. Olaf College. Cukup masukkan SMILES, klik tombol, dan nikmati visualisasi 3D yang bisa dirotasi, dizoom, dan diekspor.
JSMOL · Buka 3D Molekul via URL & SMILES
Buat link Jmol interaktif dari SMILES, buka di tab baru
Prinsip Dasar
Gunakan endpoint resmi St. Olaf College Jmol dengan parameter model + notasi SMILES.
✅ Contoh: SF₄Cl₂ → F[S](F)(F)(F)(Cl)Cl
Link lengkap:
https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=F[S](F)(F)(F)(Cl)Cl
Klik tombol di bawah untuk membuka di tab baru. Catatan: Situs chemapps.stolaf.edu tidak mengizinkan iframe, jadi semua link akan terbuka di jendela/tab baru.
Tabel Contoh Molekul (Organik, Anorganik, Biokimia)
Klik tombol "Buka di Tab Baru" untuk langsung melihat struktur 3D. SMILES sudah siap pakai.
| Nama Molekul | SMILES / Notasi (Jmol) | Aksi |
|---|---|---|
| 💧 Air (Water) | O | |
| 🔥 Metana (Methane) | C | |
| 🍷 Etanol (Ethanol) | CCO | |
| 🪶 Benzena (Benzene) | c1ccccc1 | |
| 🧬 Glisin (Glycine) | C(C(=O)O)N | |
| 🧬 Alanin (Alanine) | CC(C(=O)O)N | |
| 🍇 Glukosa (Glucose - bentuk siklik) | OC1C(O)C(O)C(OC1O)CO | |
| ☕ Kafein (Caffeine) | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | |
| 🍶 Asam etanoat (Asam asetat) | CC(=O)O | |
| 🌫️ Karbon dioksida (CO₂) | O=C=O | |
| 🧪 Sulfur dioksida (SO₂) | O=S=O | |
| ⚛️ SF₄Cl₂ (Sulfur tetrafluorida diklorida) | F[S](F)(F)(F)(Cl)Cl | |
| 🧴 Asam sulfat (H₂SO₄) | OS(=O)(=O)O |
💾 Tips: Menyimpan Gambar / Struktur dari Jmol
- Setelah molekul terbuka di tab baru, klik kanan pada area viewer 3D.
- Pilih menu “Save” → “Save Image (PNG)” untuk menyimpan screenshot struktur.
- Untuk menyimpan file script atau data molekul: klik kanan → “File” → “Save Molecular Data” (format .mol, .pdb, dll).
- Menyimpan sesi / state: klik kanan → “State” → “Save State” → simpan sebagai file .jmol atau .spt.
- Gunakan “Export to...” untuk menghasilkan gambar resolusi tinggi atau file 3D (VRML, STL, dll).
- Kamu juga bisa menyalin link yang sudah dihasilkan dan membagikannya ke orang lain, cukup tempel di browser.
💡 Semua fitur tersedia langsung dari antarmuka Jmol tanpa instalasi tambahan.
🔍 Link manual:
https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=SMILES_ANDA (contoh: ...?model=CCO)🧬 Halaman Jmol akan terbuka di tab baru, pastikan popup tidak diblokir.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar