MeshLab merupakan salah satu aplikasi yang dapat digunakan untuk mengubah file 3D tertentu menjadi file 3D jenis lain. Misalnya akan mengubah file xyz menjadi file u3d, buka file xyz di MeshLab (freeware) kemudian Export Mesh As... Pilih jenis file yang dikehendaki dan klik Ok, selesai.
Konversi File 3D dari Jmol dan Software 3D Lain Menggunakan MeshLab
Jumat, 31 Januari 2020
Kategori:
File 3D,
Jmol,
Konversi 3D,
MeshLab,
Plugins MeshLab,
Software 3D,
U3D
Konversi File Model 3D Interaktif di Jmol ke Format U3D
Kamis, 30 Januari 2020
Untuk kebutuhan tertentu kadang perlu untuk memasukkan model interaktif 3D (tiga dimensi) ke dalam file pdf (Portable Document Format), misalnya. Model interaktif 3D yang dimaksud seperti model molekul 3D yang dapat ditampilkan dalam Jmol maupun aplikasi pengolah obyek 3D lainnya. Setidaknya sampai saat ini ada 2 format file 3D yang dapat dimasukkan dalam file pdf menggunakan tool Rich Media yaitu format U3D (Universal 3D), dan PRC (Product Representation Compact). Berikut cara mengubah file 3D terutama yang didukung oleh Jmol ke format u3d.
Pembahasan Soal Kombinasi Senyawa Organik dan Hukum Dasar Kimia
Rabu, 29 Januari 2020
Soal: Jika satu mol senyawa organik (RCOOH) dioksidasi menghasilkan gas karbon dioksida dan air, masing-masing sebanyak 89,6 L (pada keadaan standar). Tentukan rumus molekul dari senyawa organik tersebut!
Kategori:
Hukum Dasar Kimia,
Kimia-3,
Pembahasan Soal,
Rumus Asam Karboksilat
Twirlymol, Alternatif Menambah Molekul 3D Interaktif di Laman Web
Selasa, 28 Januari 2020
Ada beberapa alternatif cara untuk menyisipkan model molekul 3D ke dalam halaman website/blog. Pada tulisan ini akan di diberikan tutorial cara menyisipkan molekul 3D interaktif menggunakan Twirlymol dengan menggunakan dojo.js. Cara lain pernah juga di tulis di Cara Mudah Menampilkan Model Molekul 3D Interaktif di Web/Blog ini basisnya Jmol.
Animasi Mekanisme Reaksi CO2 + H2O ⇌ H2CO3
Minggu, 26 Januari 2020
Berikut ini adalah animasi mekanisme reaksi kesetimbangan CO2 + H2O ⇌ H2CO3. File pdb diunduh dari website uv.es. Selanjutnya untuk penampilan dilakukan modifikasi seperlunya sebagaimana tampak pada visual 3D reaksi tersebut. Script dibuat lebih sederhana. Ikuti tutorial pada tulisan berikutnya.
Cara Membuat Blink (Kedip) Atom/Ikatan atau Bagian Tertentu pada Molekul
Sabtu, 25 Januari 2020
Visual 3D interaktif molekul menggunakan Jmol dapat digunakan untuk memberikan tanda tertentu agar pembaca dapat lebih mudah memahami maksud suatu tulisan atau visual. Misal membuat atom tertentu berkedip (blinking). Salah satu fasilitas yang dimiliki oleh Jmol adalah mengubah warna (color) dan memberi waktu jeda (delay). Prinsipnya adalah pilih (select) atom/bagian molekul yang akan dibuat berkedip, ubah warna, beri jeda, ubah warna, beri jeda, dan seterusnya. Sesuaikan kebutuhan. Contoh detail simak tutorial berikut.
Kategori:
3D Interaktif,
Animasi Molekul,
Blink Atom,
Blink Bonds,
Jmol,
Komputasi Kimia,
Tutorial,
Tutorial Jmol
Menu Jmol: Mode ModelKit vs Menu Popup Klik Kanan
Menu Jmol sekilas tampaknya tidak lengkap dan seakan miskin kemampuan. Itu kesan pertama doeloe. Belum kenal Jmol. Sebagai software penampil 3D molekul Jmol ternyata powerfull. Ini karena kontribusi banyak orang. Jmol bersifat opensource. Di balik kesederhanaan sebenarnya terdapat sumber yang luar biasa (dapat dilakukan via konsul). Memang tidak semua asal klak-klik terus jadi. Berikut ini pengenalan menu-menu Jmol.
Kategori:
3D Interaktif,
Jmol,
Komputasi Kimia,
Menu Jmol,
Menu Popup Klik Kanan,
ModelKit Mode
Simulasi 3D Interaktif Contoh Isomer Z-E (cis-trans) dan Isomer R-S
Jumat, 24 Januari 2020
Berikut ini beberapa contoh isomer molekul organik dengan menggunakan sistem penamaan cis/trans atau Z/E dan sistem penamaan R/S. Beberapa bahasan yang dapat digunakan membantu memahami contoh yang tersaji dapat disimak pada tulisan berikut: 1) Penamaan Isomer Sistem Z/E pada Alkena; 2) Simulator Konfigurasi R/S (Cahn-Ingold-Prelog) Berdasarkan Prioritas Gugus Fungsi (3D-Interaktif); 3)
Cara Melihat Koordinat Orientasi Molekul 3D pada Jmol
Kamis, 23 Januari 2020
Untuk memosisikan visual molekul 3D diperlukan sedikit usaha untuk tahu orientasi/konfigurasi molekul sebelum dan setelah diubah seperti yang diharapkan. Dalam Jmol terdapat sub-menu konsul (Consule), dari sub-menu Konsul (baik dalam Jmol maupun Jsmol versi web) kita dapat melihat atau mendapatkan koordinat dari orientasi molekul. Berikut ini tutorialnya.
Simulator Konfigurasi R/S (Cahn-Ingold-Prelog) Berdasarkan Prioritas Gugus Fungsi (3D-Interaktif)
Rabu, 22 Januari 2020
Pada simulator ini prioritas gugus fungsi dimulai dari nomor 1, nomor 2, nomor 3, dan nomor 4. Nomor 4 adalah gugus fungsi yang dianggap paling ringan massa-nya atau paling kecil nomor atomnya. Simulasi ini mempertegas simulasi yang telah ada di sini.
Pembahasan Mendetail Soal Uraian Topik Larutan Penyangga dari OSN/KSM Kimia (Bagian-1)
Selasa, 21 Januari 2020
Soal larutan penyangga (larutan bufer) soal OSK Kimia 2012:
Nilai pH darah dalam tubuh manusia dijaga dalam rentang yang sempit yaitu dari 7,35 hingga 7,45 oleh sistem bufer alami yang terdiri dari asam karbonat, H2CO3(aq) dan ion hidrogenkarbonat, HCO3–(aq).
Nilai pH darah dalam tubuh manusia dijaga dalam rentang yang sempit yaitu dari 7,35 hingga 7,45 oleh sistem bufer alami yang terdiri dari asam karbonat, H2CO3(aq) dan ion hidrogenkarbonat, HCO3–(aq).
Kategori:
Kimia-11,
Larutan Bufer,
Larutan Penyangga,
OSK Kimia,
OSN Kimia,
Pembahasan Soal
Kalkulator Kadar, Massa Jenis, Volume Asam Pekat yang Diketahui pH-nya
Senin, 20 Januari 2020
Ini adalah alat hitung kebalikan dari kalkulator sebelumnya. Kalkulator ini dapat digunakan untuk menghitung volume larutan asam pekat untuk membuat larutan asam dengan pH tertentu.
Input beberapa data yang diketahui dan yang diharapkan. Untuk ini masukkan semua data kecuali data volume larutan asam pekat yang harus diambil untuk diencerkan hingga volume larutan tertentu.
Selain itu dapat pula digunakan untuk menghitung kadar asam pekat serta menghitung massa jenis bila memang belum diketahui.
Input beberapa data yang diketahui dan yang diharapkan. Untuk ini masukkan semua data kecuali data volume larutan asam pekat yang harus diambil untuk diencerkan hingga volume larutan tertentu.
Selain itu dapat pula digunakan untuk menghitung kadar asam pekat serta menghitung massa jenis bila memang belum diketahui.
Kalkulator pH Larutan dari Asam Kuat Pekat dengan Kadar, Massa Jenis, dan Volume Tertentu
Simulator penghitung pH larutan yang dibuat dari asam pekat yang diketahui kadar, dan massa jenisnya.
Kalkulator ini bersifat satu arah, untuk kebutuhan hitung sebaliknya dibuatkan alat tersendiri, dapat dilihat di sini.
Untuk satuan massa jenis kadang dinyatakan dalam kg/L atau g/mL, hal ini memiliki makna yang sama.
Kalkulator ini bersifat satu arah, untuk kebutuhan hitung sebaliknya dibuatkan alat tersendiri, dapat dilihat di sini.
Untuk satuan massa jenis kadang dinyatakan dalam kg/L atau g/mL, hal ini memiliki makna yang sama.
Kalkulator pH Asam-Basa Kuat, dengan Variabel Massa, Massa Molar, dan Volume Larutannya
Minggu, 19 Januari 2020
Kalkulator pH asam kuat (HA dan H2A) dan pH basa kuat (BOH dan B(OH)2) ini dihitung berdasarkan data massa, massa molar, dan volume larutan-nya. Input yang dibutuhkan sila dimasukkan secara manual. Perhatikan satuan yang harus digunakan. Tanda desimal (koma) pada alat ini diganti dengan menggunakan tanda titik. Silakan hapus data kemudian mulai isikan data. Untuk melihat hasil hitung klik diluar area manapun.
Cara Mudah Menentukan Isomer Dekstro-Levo Molekul Organik
Kamis, 16 Januari 2020
Dalam molekul organik yang memiliki C kiral di kenal jenis isomer dekstro (dextorotary = memutar cahaya terpolarisasi ke arah kanan) dan levo (levoratary = memutar cahaya terpolarisasi ke arah kiri). Tulisan ini memberikan solusi cepat dalam menentukan jenis konfigurasi isomer dekstro-levo ini. Istilah ini biasa digunakan dalam ilmu biologi dan kimia organik. Yang lebih umum dalam ilmu kimia disarankan menggunakan istilah R-S. Untuk penamaan isomer sistem R/S trik cara mudanya dijelaskan di sini dan model 3D interaktifnya di sini.
Kategori:
Asam Nukleat,
Dekstro-Levo,
Isomer Dekstro,
Isomer Levo,
Isomer Optis,
Karbohidrat,
Protein,
Senyawa Organik,
tata nama
Prioritas Gugus Fungsi dalam Tata Nama Senyawa Organik Terbaru (IUPAC 2013)
Minggu, 12 Januari 2020
Senyawa-senyawa organik banyak sekali yang memiliki jumlah dan jenis gugus fungsi lebih dari satu. Bila senyawa sudah umum, maka penamaan akan menggunakan nama yang paling familiar, nama yang sering digunakan selama ini. Namun IUPAC sebagai lembaga internasional yang berwenang memberi saran dalam hal tata nama sudah menyiapkan aturannya. Termasuk senyawa yang memiliki beberapa jenis gugus fungsi. Mana yang lebih didahulukan sebagai gugus utama atau diprioritaskan akan disimulasikan dengan menggunakan beberapa contoh.
Contoh Tata Nama Haloalkana (RX) dengan X Berjumlah Lebih dari Satu
Jumat, 10 Januari 2020
Pada tulisan ini disimulasikan tata cara penamaan haloalkana (alkilhalida), RX, yang mempunyai jumlah atom halogen lebih dari satu jenis. Molekul yang digunakan belum tentu merupakan molekul nyata, dibuat untuk sekadar simulasi dalam memahami bagaimana tata nama yang bersifat lebih disukai (preferred) menurut saran aturan IUPAC terbaru (tahun 2013).
3D Interaktif - Konfigurasi Sistem R/S untuk Penamaan Senyawa Organik
Selasa, 07 Januari 2020
Sistem RS untuk penamaan senyawa organik bentuk teks dan gambar statis beserta contoh molekulnya dapat disimak di sini. Bagian berikut adalah penjelasan yang menggunakan visual 3D interaktif yang menjadi lebih mudah memahaminya. Pembaca dapat memutar secara manual dengan menggunakan pointer atau dengan tap layar dan geser molekul untuk pengguna gawai. Bila ingin mengembalikan ke keadaan awal tekan tombol reset.
Kategori:
3D Interaktif,
Jmol,
kimia organik,
Kimia-3,
Senyawa Organik,
Sistem R/S,
Tata nama senyawa
Memutar Molekul Berdasarkan Atom atau Ikatan (Tutorial Jmol)
Senin, 06 Januari 2020
Pada menu utama Jmol memang terdapat cara memutar molekul berdasarkan sumbu tertentu (X, Y, Z) dengan sudut tertentu. Pilihan terbatas. Ada cara agar pengguna bebas melakukan rotasi molekul berdasarkan apapun yang dikehendaki. Berikut ini cara memutar molekul dengan basis atom tertentu atau ikatan tertentu.
Membuat Label Tertentu pada Atom (Tutorial Jmol)
Minggu, 05 Januari 2020
Untuk memunculkan label atom secara standar (default) dalam Jmol dapat dilakukan dengan klik menu Display → Label → [None (menghapus label), Symbol (menampilkan simbol atom), Name (menampilkan nama atom), Number (menampilkan nomor atom) | Centered (meletakkan label di posisi tengah bola atom), Upper right (menempatkan label di posisi kanan atas dari bola atom)]. Bagaimana jika ingin mengubah label-label itu untuk kebutuhan penanda tertentu? Berikut ini tutorialnya.
Kategori:
Jmol,
Konsul,
Label Atom,
Mengganti Label Atom. Ukuran Font Label,
Tutorial Jmol
Bentuk Molekul/Ion dengan 7 Domain Elektron
Jumat, 03 Januari 2020
Pada tulisan ini ditampilkan bentuk-bentuk molekul/ion yang memiliki 7 domain elektron. Domain elektron dapat diartikan sebagai jumlah total pasangan elektron dalam suatu molekul, baik pasangan elektron ikatan (PEI) maupun pasangan elektron bebas (PEB). Menurut teori VSEPR (Valence Shell Electron Pair Repulsion) PEI dan PEB turut menentukan bentuk molekul atau ion. Bentuk molekul/ion ditampilkan secara 3D interaktif disertai referensi valid.
Membuat Cuping (Lobe) Pemodelan Bentuk Molekul Secara Manual di Jmol
Kamis, 02 Januari 2020
Untuk membuat tanda pasangan elektron bebas pada bentuk molekul beberapa sudah tersedia pada fitur Jmol dengan menggunakan perintah lcaoCartoon create "jenis orbital hibrida". namun untuk bentuk molekul yang tidak umum diperlukan cara atau trik dengan menggunakan fitur isosurface dan lobe. Berikut ini tutorial dengan memanipulasi model bentuk molekul IF7 menjadi model bentuk molekul XeF5–.
Kategori:
3D Interaktif,
Bentuk Molekul,
Cuping,
Jmol,
Kimia Komputasi,
Membuat Tanda Cuping PEB,
PEB,
Tutorial Jmol
Ribuan Model Molekul 3D Interaktif Offline Untuk Pembelajaran Kimia
Rabu, 01 Januari 2020
Berikut ini adalah file zip yang saya peroleh dari web kimia stolaf edu. File ini berisi aplikasi coolMolecules berbasis Jmol. Aplikasi ini memiliki data cukup lengkap yang ditampilan sama seperti yang ada di web resminya, hanya ini dikemas dalam format offline, tanpa perlu jaringan internet. Silakan unduh filenya pada tautan di bawah. Bagaimana cara penggunaannya silakan simak pada tutorial singkat pada video berikut.
Pemodelan Orbital Atom Offline Berbasis Jmol
Berikut ini adalah file zip yang saya peroleh dari web kimia stolaf edu. File ini berisi aplikasi Hydrogenic Orbitals dengan menggunakan Jmol. Orbital yang ditampilan hampir sama seperti yang ada di web asalnya, hanya ini dikemas dalam format offline, tanpa perlu jaringan internet. Silakan unduh filenya lebih dahulu pada tautan di bawah. Bagaimana cara penggunaannya silakan simak pada tutorial singkat pada video berikut.
Langganan:
Postingan (Atom)