Salah satu fitur Avogadro adalah dapat menampilkan vibrasi molekul. Setiap molekul mengalami gerakan berupa beberapa jenis vibrasi dengan frekuensi tertentu dan energi tertentu pula. Semakin banyak jumlah atom dalam molekul jenis vibrasinya semakin banyak. Lebih jauh tentang hal ini dapat dipelajari lebih jauh dalam kimia komputasi. Tulisan ini hanya memberikan beberapa contoh cara memvisualkan vibrasi molekul yang dapat dijalankan secara luring menggunakan software Avogadro. Untuk menjalankan secara daring via Jmol beberapa sudah dicontohkan di sini.
Jelajah Avogadro - Menu View Properties
Pembelajaran kimia di jenjang SMA dapat memanfaatkan software kimia. Salah satunya adalah Avogadro. Software ini dapat menampilkan molekul secara 3D. Satu fitur yang dapat dijadikan bahan belajar adalah properti setiap molekul 3D yang divisualkan. Berikut penjelasan ringkas tentang properti yang dapat disajikan Avogadro.
KingDraw, Menggambar Struktur Molekul Lebih Mudah
Jumat, 19 Juni 2020
KingDraw, software untuk menggambar struktur molekul ini bersifat gratis. Cukup ringan dengan visual yang bagus. Semua fitur yang tersedia untuk Windows maupun Android dapat dijalan dengan gesit. Lebih dari cukup untuk pemvisualan molekul 2D. Visual 3D tersedia juga namun masih perlu dikembangkan lagi.
MarvinSketch 20.14 Versi Gratis dan Kebijakan Lisensinya
Kamis, 18 Juni 2020
Tampilan struktur molekul yang cantik dari Marvin Skecth ini sulit tergantikan oleh software menggambar struktur molekul lain. Pada versi 19 versi suite atau gratisan dan sebelumnya lisensi bisa digunakan selamanya. Untuk Marvin Sketch versi 20 ini pengguna individual diminta untuk update lisensi setiap 3 bulan sekali. Berikut cara melakukan update lisensi ChemAxon Suite yang di dalamnya terdapat Marvin Sketch.
Fitur Baru di ChemSketch 2018 dan 2019
Fitur ACD ChemSketch 2018 bertambah dari edisi sebelumnya. Demikian pula ACD Chemsketch 2019 ada perubahan minor. Kata minor ini bila kita hanya menggunakan untuk kebutuhan visual 2D/3D untuk pembelajaran kimia di jenjang SMA/SMK. Berikut ini fitur baru Chemsketch 2018-2019.
Memilih Jenis Force Field - Mekanika Molekuler di Avogadro
Jumat, 12 Juni 2020
Membuat visual 3D molekul diperlukan kesesuaian metode komputasi. Dalam software Avogadro tersedia metode Molecular Mechanics berdasarkan Force Field (medan gaya). Untuk molekul tertentu perlu setup (pengaturan) Force Filed yang cocok sebelum melakukan optimize geometry atau kalkulasi energi dan lain-lain.
Trik Membuat Banyak Struktur Molekul dengan Gugus Berbeda Menggunakan ChemDraw
Dalam suatu kesempatan kita ingin membuat banyak gambar struktur molekul yang mempunyai kemiripan secara cepat. Memang hal itu bisa dilakukan dengan menggambar struktur molekul secara satu-satu menyalin dan mengganti beberapa atom atau gugus fungsinya, tetapi bila jumlahnya banyak sekali tentu tidak efisien. Berikut ini trik yang dapat dilakukan dalam ChemDraw.
Modifikasi Vixion R 155 untuk Kenyamanan Berkendara Harian
Rabu, 10 Juni 2020
Berkendara membutuhkan kenyamanan. Menunggu produk motor yang pas, mesin handal, tampilan bagus, nyaman dikendarai untuk harian, dan harga sesuai dengan anggaran tidak kunjung tersedia. Pilihan yang ada dan mudah disesuaikan (dimodifikasi/diubah) kebutuhan secara subyektif salah satunya Yamaha V-ixion R 155 VVA.
Cara Mengubah Warna Penomoran pada Struktur Molekul dalam ChemSketch.
Untuk kebutuhan tertentu, kadang diperlukan ubahan warna untuk penomoran atom dalam suatu molekul. Hal ini berlaku untuk cara penomoran manual dan juga penomoran otomatis. ChemSketch juga telah menyediakan fasilitas ini.
Vibrasi Model Molekul Sederhana
Jumat, 05 Juni 2020
Berikut ini adalah visual vibrasi beberapa model molekul sederhana menggunakan Jmol. Untuk membuat model molekul dengan vibrasi tertentu diperlukan optimasi energi dengan frekuensi untuk menghasilkan koordinat atom dalam model molekul. Koordinat-koordinat tersebut merupakan hasil komputasi dengan menggunakan aplikasi seperti Gamess, Gaussian, Hyperchem, dan sejenisnya dengan parameter tertentu. Rekaman data ini kemudian dikemas dalam satu file berekstensi xyz atau ekstensi lain (seperti ekstensi out dan log) sehingga dapat divisualkan dengan Jmol.
Langganan:
Postingan (Atom)
