Ada beberapa perubahan dalam blog urip.info yang berakibat Jsmol tidak lagi berjalan mulus. Oleh karenanya perlu dibuat penyesuaian kode. Sebelumnya 3D molekul sudah berjalan dengan baik untuk banyak model molekul namun karena perubahan tersebut perlu untuk membuat model yang lebih terintegrasi agar lebih ramah pengguna dalam mempelajari struktur molekul, dan tidak perlu beralih ke halaman lain.
Tampilkan postingan dengan label Jmol. Tampilkan semua postingan
Tampilkan postingan dengan label Jmol. Tampilkan semua postingan
Memanipulasi Struktur Molekul dengan Orbital Hibrida Atom Pusat sp3d yang Tidak Dapat Menampilkan Lobe atau PEB di Jmol
Rabu, 20 Oktober 2021
Prinsip untuk menambahkan cuping (lobe) dan pasangan elektron bebas (PEB) yang ditandai dengan 2 tanda titik harus lebih dahulu mengetahui koordinat posisi cuping/PEB tersebut. Cara termudah adalah dengan memanipulasi struktur yang sudah teroptimasi menggunakan ChemDraw.
Memanipulasi Struktur Molekul 3D yang Sulit Ditampilkan Cuping dan PEB Menggunakan Jmol
Rabu, 13 Oktober 2021
Bila ingin menampilkan cuping dan pasangan elektron bebas strutkur molekul 3D di Jmol biasanya dapat dilakukan secara langsung menggunakan perintah di Console lcaocartoon atau lcaocartoon lonepair ditambah identitas orbital hibrida atom pusat molekul. Namun beberapa di antaranya tidak dapat dilakukan dengan perintah tersebut. Berikut ini cara memanipulasi struktur molekul 3D agar cuping dan PEB dapat divisualkan. Dicontohkan pada struktur molekul XeF2.
Menampilkan PEB dan Cuping (Lobe) pada Molekul Menggunakan JMOL
Kamis, 30 September 2021
Jmol merupakan penampil struktur molekul 3D yang sangat bagus. Untuk menampilkan geometri molekul dengan dilengkapi cuping (lobe) dan 2 tanda titik sebagai representasi 1 pasang elektron bebas (PEB). Agar dapat melakukan itu semua pengguna harus paham jenis orbital hibrida setiap molekul yang ingin ditampilkan, Jmol tidak dapat melakukan hal ini secara otomatis. Perintah yang dapat diberikan melalui Console Jmol untuk tujuan tersebut juga relatif sederhana. Perintah lcaocartoon untuk menampilkan cuping, dan lcaocartoon lonepair untuk menampilkan tanda 2 titik sebagai representasi PEB.
Berikut ini penjelasan untuk menampilkan PEB untuk masing-masing orbital hibrida dalam molekulnya. Untuk molekul tanpa PEB tidak diberikan dalam catatan penjelasan ini.
Download Visual 3D Orbital Atom Offline
Rabu, 23 Juni 2021
Orbital atom saat ini sudah dapat ditampilkan secara 3D. Aplikasi penampil 3D orbital atom berbasis web Jsmol ini terdapat di sini. Tentu saja ini hanya dapat dibuka ketika kita tersambung dengan internet. Bila kita ingin mengaksesnya secara offline, caranya dengan mengunduh semua file yang terkait dengan aplikasi tersebut, dan memodifikasi file html-nya. Untuk mengunduhnya dapat menggunakan WinHTTrack. Bila tidak mau repot silakan lanjutkan tulisan ini. 😉
Trik Menampilkan Geometri Elektron Molekul yang Mempunyai PEB Menggunakan Jmol
Jumat, 18 Juni 2021
Jmol secara standar dapat menampilkan geometri molekul dengan menggunakan perintah POLYHEDRA di Console Jmol. Berbeda dengan geometri elektron, diperlukan manipulasi struktur molekul bila ia mengandung pasangan elektron bebas (PEB). Tentu saja ini sebatas menampilkan geometri elektron untuk pengajaran geometri molekul. Skenarionya, muat molekul 3D yang mengandung PEB dengan benar; tambahkan atom X pada posisi PEB, sembunyikan atom X, tampilkan PEB pada posisi atom X. Simak detailnya.
Tutorial Jmol dari Nol, Diterapkan pada Topik Geometri Molekul di MA-SMA-SMK
Senin, 14 Juni 2021
Tutorial ini dibagi menjadi 4 bagian. Bagian-1: Langkah-langkah Meng-install dan Menjalankan Jmol; Bagian-2: Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul; Bagian-3: Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol; Bagian-4: Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline.
Membuat Garis Lengkung atau Tanda Panah pada Molekul 3D di Jmol
Minggu, 30 Mei 2021
Petunjuk berupa tanda panah (selanjutnya ditulis panah saja) atau garis lengkung (curved) untuk menunjukkan sesuatu atau memberi keterangan pada visual 3D kadang diperlukan. Prosedurnya dengan melakukan perintah DRAW ARROW atau DRAW CURVE, diikuti perintah SET PICKING DRAW. Silakan simak detail dan contoh penerapannya.
Cara Khusus untuk Memunculkan PEB pada SF4
Kamis, 27 Mei 2021
Secara umum Jmol dapat memunculkan atau menampilkan "awan pasangan elektron bebas" hanya dengan menggunakan perintah lcaocartoon create "tipe orbital hibridisasi dan posisinya". Namun untuk molekul SF4 bila ingin menampilkan "PEB" di posisi sp3de menggunakan perintah lcaocartoon create sp3de mapun perintah lcaocartoon lonepair create sp3de belum berhasil. Hal ini sempat dibahas di grup Jmol user namun belum ketemu juga solusinya. Sekarang di sini akan dijelaskan cara agar PEB SF4 dapat tampil dari menyimak teknik seperti pada contoh website vchem3d.univ-tlse3.fr. Simak penjelasannya berikut.
Cara Mengunduh Struktur Molekul 3D dari Pubchem
Senin, 24 Mei 2021
Banyak sumber untuk memperoleh file-file struktur molekul 3D. Format file yang umum adalah *.sdf, *.mol, *.xyz, *.pdb, *.cml, *.log, *.com. Salah satu sumber penyedia file dengan format sdf adalah Pubchem. Di website ini file 3D disediakan format *.sdf. Namun pengguna bisa saja menyalinnya ke format *.mol. Bagaimana cara mengunduhnya?
Langkah-langkah Memasang (Meng-install) dan Menjalankan Jmol
Kamis, 20 Mei 2021
Berikut ini tutorial secara terperinci untuk memasang dan menjalankan Jmol. Jmol yang dimaksud di sini adalah aplikasi yang memang berjalan secara mandiri di komputer. Tutorial ini dibuat untuk mengawali tutorial penggunaan Jmol untuk pengajaran bahasan geometri molekul yang akan ditulis secara berseri, tulisan ini dan 2 tulisan lainnya. Tutorial ini dapat diunduh dalam format pdf pada tautan pada akhir laman ini.
Membuat Screen Capture Animasi Molekul di Jmol
Rabu, 19 Mei 2021
Untuk kebutuhan tertentu kadang diperlukan cuplikan layar (screen capture) animasi molekul yang dibuat di Jmol. Format yang biasa digunakan adalah gif ter-animasi. Sebelum melakukan itu pastikan di komputer terdapat aplikasi Jmol. Membuat model molekul dan menjalankan dalam mode ter-animasi, misalnya dengan mengaktifkan spin-nya. Menjalankan hanya sebaris perintah di Console. Tunggu beberapa saat dan selesai. Untuk detailnya silakan lanjut menyimak artikel ini atau video tutorial.
Mengunduh dan Menjalankan Aplikasi GeoMol secara Offline
Senin, 17 Mei 2021
Mempelajari geometri molekul dapat dilakukan dengan bantuan aplikasi Jmol. Dengan syarat paham caranya. Selain itu dapat menggunakan aplikasi yang dibuat pihak lain, seperti yang dibuat dan dibagikan admin urip.info. Aplikasi ini menggunakan Jsmol. Di mana dan bagaimana menjalankan aplikasi siap saji ini, sila lanjut simak artikel ini.
Mengatur Label Besar Sudut dan Panjang Ikatan Molekul di Jmol
Sabtu, 15 Mei 2021
Untuk tujuan pembelajaran tertentu tampilan sudut atau panjang ikatan pada molekul dibuat berbeda dari yang seharusnya. di Jmol ini dapat dilakukan dengan cara manual, melalui submenu Console. Prinsipnya dengan mengatur lebih dahulu label untuk besar sudut atau panjang ikatan. Selanjutnya melakukan pengukuran sudut atau panjang ikatan dengan cara lazimnya di Jmol. Bagaimana detailnya simak lebih lanjut.
Cara Mewarnai Atom pada Lapisan Struktur Kisi Kristal di Jmol
Jumat, 05 Februari 2021
Menunjukkan visual yang jelas dalam struktur kisi kristal kadang diperlukan. Misalnya dengan memberikan warna berbeda pada setiap lapisan struktur kisi kristal. Jmol dapat memfasilitasi hal ini. Perintahnya dapat dilakukan melalui Console. Pewarnaan bisa saja berdasarkan lapisan atau dengan pertimbangan tertentu. Lapisan yang dicontohkan dalam tutorial ini dimulai dari pojok sel satuan abc. Bila baru pertama kali menggunakan Jmol sebaiknya simak lebih dahulu tutorial di sini.
Cara Menampilkan Struktur 3D Grafit dan Intan dengan Jmol
Kamis, 04 Februari 2021
Selama ini referensi visual grafit dan intan kebanyakan ditampilkan dalam format 2D. Semenjak adanya aplikasi Jmol tampilan grafit dan intan lebih mudah untuk divisualkan secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi untuk melakukan eksplorasi sifat dari struktur. Dalam tutorial ini file CIF untuk grafit dan intan diambil dari website crystallogaphy.net. Bila belum mempunyai Jmol silakan unduh dari sini.
Cara Menampilkan Irisan Permukaan Sel Satuan Menggunakan Jmol
Selasa, 02 Februari 2021
Pada artikel ini hanya dijelaskan cara menampilkan perpotongan antara atom dengan permukaan sel satuan menggunakan Aplikasi Jmol. Mempelajari dasar-dasar pengetahuan zat padat atau struktur kisi kristal diperlukan pemahaman yang baik untuk menghitung jumlah total atom dalam sel satuan. Untuk itulah diperlukan visualisasi sel satuan yang representatif. Pada artikel terpisah dijelaskan cara menampilkan irisan atom dalam sel satuan dengan menggunakan CrystalMaker.
Cara Mudah Mencari dan Mengunduh File Kristal Jadi
Sabtu, 30 Januari 2021
File-file model kristal 3D yang umum sebenarnya sudah tersedia di beberapa website pangkalan data kristalogi. Format yang adalah CIF (Crystallographic Information File) dan juga format lain. Siapapun dapat mengunduhnya secara bebas, tidak perlu lagi membuat sendiri. Walaupun begitu bila dapat membuat sendiri pasti akan memberikan pengalaman berarti. Misalnya membuat model struktur kristal yang pernah dibahas di sini. Ok, di mana dan bagaimana cara mencari dan mengunduh file CIF silakan simak artikel ini.
Struktur Kristal 3D Interaktif
Kamis, 28 Januari 2021
Berikut ini disajikan visual struktur kristal 3D interaktif beberapa senyawa/unsur. Visual ini berbasis Jmol. Oleh karena itu dibutuhkan waktu muat sedikit lebih lama dari biasanya. Tunggu beberapa saat, jika muncul pesan error, sila coba klik tombol muat ulang. Pengguna dapat melakukan interaksi dengan molekul sesuai dengan tombol radio, cekboks, dan tombol lain yang tersedia. Data akan ditambahkan bila sempat :D.
Bermain dengan Pencahayaan di Jmol
Minggu, 17 Januari 2021
Untuk membuat molekul 3D yang cantik diperlukan sedikit upaya. Ini dapat dilakukan dengan melakukan pengaturan pencahayaan. Di Jmol ini dapat dilakukan dengan mudah melalui konsol Jmol. Untuk mencoba langsung di Jmol offline di komputer, silakan buat molekul sederhana. Selanjutnya silakan buka konsul di Jmol melalui menu File >> Console. Bila belum punya Jmol silakan ikuti tutorialnya di sini. Untuk memuat (load) applet Jmol memerlukan waktu sedikit lebih lama memang.
Langganan:
Postingan (Atom)
