Menampilkan PEB dan Cuping (Lobe) pada Molekul Menggunakan JMOL

Kamis, 30 September 2021 edit

Jmol merupakan penampil struktur molekul 3D yang sangat bagus. Untuk menampilkan geometri molekul dengan dilengkapi cuping (lobe) dan 2 tanda titik sebagai representasi 1 pasang elektron bebas (PEB). Agar dapat melakukan itu semua pengguna harus paham jenis orbital hibrida setiap molekul yang ingin ditampilkan, Jmol tidak dapat melakukan hal ini secara otomatis. Perintah yang dapat diberikan melalui Console Jmol untuk tujuan tersebut juga relatif sederhana. Perintah lcaocartoon untuk menampilkan cuping, dan lcaocartoon lonepair untuk menampilkan tanda 2 titik sebagai representasi PEB. 

Berikut ini penjelasan untuk menampilkan PEB untuk masing-masing orbital hibrida dalam molekulnya. Untuk molekul tanpa PEB tidak diberikan dalam catatan penjelasan ini.

1. Molekul dengan orbital hibrida sp3d2

Orbital hibrida sp3d2 ini terdiri 6 orbital hibrida hasil kombinasi 1 orbital s, 3 orbital p dan 2 orbital d. Di Jmol 6 orbital hibrida sp3d2 ini diberi identitas "sp3d2a"; "sp3d2b"; "sp3d2c"; "sp3d2d"; "sp3d2e"; "sp3d2f". Tambahan abjad di akhir (-a, -b, -c, -d, -e, -f) ini sekadar penanda untuk orbital-orbital hibrida sp3d2.

Posisi orbital hibrida "sp3d2a"

Posisi orbital hibrida "sp3d2b"

Posisi orbital hibrida "sp3d2c"

Posisi orbital hibrida "sp3d2d"

Posisi orbital hibrida "sp3d2e"

Posisi orbital hibrida "sp3d2f"

Enam orbital hibrida  sp3d2 yang masing-masing terisi 1 PEI (pasangan elektron ikatan) contohnya dalam molekul SF6, hanya saja orbital-orbital hidrida ini jarang ditampilkan dalam bentuk cuping ketika menampilkan bentuk molekul  SF6 atau sejenisnya.

Contoh orbital hibrida dalam XeOF4, terdapat 6 orbital hibrida sp3d2. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi keenam atau posisi -f dari 6 orbital hibrida yang mungkin dengan identitas orbital hibrida "sp3d2f".

Load molekul XeOF4
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat Xe punya indeks 1)
$ lcaocartoon scale 1.25 color translucent yellow create "sp3d2f"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.5 color red create "sp3d2f"

Contoh orbital hibrida dalam XeF4, terdapat 6 orbital hibrida sp3d2. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi pertama dan keenam dengan identitas orbital hibrida "sp3d2a" dan "sp3d2f".

Load molekul XeF4
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat Cl punya indeks 1)
$ lcaocartoon scale 1.25 color translucent yellow 
create "sp3d2a" create "sp3d2f"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.5 color red create "sp3d2a" create "sp3d2f"



2. Molekul dengan orbital hibrida sp3d

Orbital hibrida sp3d ini terdiri 5 orbital hibrida hasil kombinasi 1 orbital s, 3 orbital p dan 1 orbital d. Di Jmol 5 orbital hibrida sp3d ini diberi identitas "sp3da"; "sp3db"; "sp3dc"; "sp3dd"; "sp3de". Tambahan abjad di akhir (-a, -b, -c, -d, -e) ini sekadar penanda untuk orbital-orbital hibrida sp3d.

Posisi orbital hibrida "sp3da"

Posisi orbital hibrida "sp3db"

Posisi orbital hibrida "sp3dc"

Posisi orbital hibrida "sp3dd"

Posisi orbital hibrida "sp3de"

Lima orbital hibrida  sp3d yang masing-masing terisi 1 PEI (pasangan elektron ikatan) contohnya dalam molekul PCl5, hanya saja orbital-orbital hidrida ini jarang ditampilkan dalam bentuk cuping ketika menampilkan bentuk molekul PCl5 atau sejenisnya.

Contoh orbital hibrida dalam XeO2F2, terdapat 5 orbital hibrida sp3d. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi kelima atau posisi -e dari 5 orbital hibrida yang mungkin dengan identitas orbital hibrida "sp3de".

Load molekul XeO2F2
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat Xe punya indeks 1)
$ lcaocartoon scale 1.25 color translucent yellow create "sp3de"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.5 color red create "sp3de"

Contoh orbital hibrida dalam ClF3, terdapat 5 orbital hibrida sp3d. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi keempat dan kelima dengan identitas orbital hibrida "sp3dd" dan "sp3de".

Load molekul ClF3
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat Cl punya indeks 1)
$ lcaocartoon scale 1.25 color translucent yellow create "sp3dd" create "sp3de"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.5 color red 
create "sp3dd" create "sp3de"

Contoh orbital hibrida dalam XeF2, terdapat 5 orbital hibrida sp3d. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi kedua, ketiga dan keempat dengan identitas orbital hibrida "sp3dc", "sp3dd" dan "sp3de".

Load molekul XeF2
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat F punya indeks  1)
$ lcaocartoon scale 1.25 color translucent yellow  create "sp3dc" create "sp3dd" create "sp3de"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.5 color red 
create "sp3dc" create "sp3dd" create "sp3de"



3. Molekul dengan orbital hibrida sp3
Orbital hibrida spini terdiri 4 orbital hibrida hasil kombinasi 1 orbital s dan 3 orbital p. Di Jmol 4  orbital hibrida spini diberi identitas "sp3a"; "sp3b"; "sp3c"; "sp3d". Tambahan abjad di akhir (-a, -b, -c, -d) ini sekadar penanda untuk orbital hibrida sp3

Posisi orbital hibrida "sp3a"

Posisi orbital hibrida "sp3b"

Posisi orbital hibrida "sp3c"

Posisi orbital hibrida "sp3d"

Empat orbital hibrida  spyang masing-masing terisi 1 PEI (pasangan elektron ikatan) contohnya dalam molekul CH4, hanya saja orbital-orbital hidrida ini jarang ditampilkan dalam bentuk cuping ketika menampilkan bentuk molekul CH4 atau sejenisnya.


Contoh orbital hibrida dalam NH3, terdapat 4 orbital hibrida sp3. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi -d atau posisi keempat dari empat orbital hibrida yang mungkin dengan identitas orbital hibrida "sp3d".

Load molekul NH3
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat N punya indeks 1)
$ lcaocartoon scale 1 color translucent yellow create "sp3d"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.2 color red create "sp3d"

Contoh orbital hibrida dalam H2O, terdapat 4 orbital hibrida sp3. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi ketiga dan keempat dengan identitas orbital hibrida "sp3c" dan "sp3d".

Load molekul H2O
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat O punya indeks 1)
$ lcaocartoon scale 1 color translucent yellow create "sp3c" create "sp3d"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.2 color red create "sp3c" create "sp3d"

Contoh orbital hibrida dalam HF, terdapat 4 orbital hibrida sp3. Yang biasa ditampilkan adalah cuping dan PEB posisi kedua, ketiga dan keempat dengan identitas orbital hibrida "sp3b", "sp3c" dan "sp3d".

Load molekul HF
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat F punya indeks  1)
$ lcaocartoon scale 1 color translucent yellow  create "sp3b" create "sp3c" create "sp3d"
$ lcaocartoon lonepair scale 1.2 color red create "sp3b" create "sp3c" create "sp3d"



4. Molekul dengan orbital hibrida sp2
Orbital hibrida spini terdiri 3 orbital hibrida hasil kombinasi 1 orbital s dan 2 orbital p. Di Jmol 3  orbital hibrida spini diberi identitas "sp2a"; "sp2b"; "sp2c". Tambahan abjad di akhir (-a, -b, -c) ini sekadar penanda untuk orbital hibrida sp2

Posisi orbital hibrida "sp2a"

Posisi orbital hibrida "sp2b"

Posisi orbital hibrida "sp2c"

Contoh orbital hibrida dalam SO3, terdapat 3 orbital hibrida sp2 yang terdiri 3 orbital hibrida sp2 masing-masing terisi 1 PEI.

Contoh orbital hibrida dalam SO2, terdapat 3 orbital hibrida sp2 yang terdiri 2 orbital hibrida sp2 (dengan identitas orbital hibrida "sp2a" dan "sp2b") masing-masing terisi 1 PEI, dan 1 orbital hibrida sp2 (diberi identitas orbital hibrida "sp2c") terisi 1 PEB, ini yang biasa ditampilkan ketika menampilkan bentuk molekul.

Load molekul SO2
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat S punya indeks  1)
$ lcaocartoon scale 1.2 color translucent yellow  create "sp2c" 
$ lcaocartoon lonepair scale 1.4 color red create "sp2c" 



5. Molekul dengan orbital hibrida sp
Orbital hibrida sp ini terdiri 2 orbital hibrida hasil kombinasi 1 orbital s dan 1 orbital p. Di Jmol 2  orbital hibrida sp ini diberi identitas "spa" dan "spb". Tambahan abjad di akhir (-a, -b) ini sekadar penanda untuk orbital hibrida sp. 

Posisi orbital hibrida "spa"

Posisi orbital hibrida "spb"

Contoh orbital hibrida dalam CO2, terdapat 2 orbital hibrida sp2 yang terdiri 2 orbital hibrida sp masing-masing terisi 1 PEI.

Contoh orbital hibrida dalam CO, terdapat 2 orbital hibrida sp yang terdiri 1 orbital hibrida sp (dengan identitas orbital hibrida "spa") terisi 1 PEI, dan 1 lagi orbital hibrida sp (diberi identitas orbital hibrida "spb") terisi 1 PEB, ini yang biasa ditampilkan ketika menampilkan bentuk molekul.

Load molekul CO
Ketik perintah di console Jmol:
$ select @1 (asumsi atom pusat C punya indeks  1)
$ lcaocartoon scale 1.1 color translucent yellow  create "spb" 
$ lcaocartoon lonepair scale 1.2 color red create "spb" 

Catatan: 
Pemberian identitas -a, -b, -c, -d, -e, -f untuk posisi PEB atau cuping tidak selalu berurutan seperti dalam gambar simulasi.

KSJSS, terima kasih.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info