Download Visual 3D Orbital Atom Offline

 Orbital atom saat ini sudah dapat ditampilkan secara 3D. Aplikasi penampil 3D orbital atom berbasis web Jsmol ini terdapat di sini. Tentu saja ini hanya dapat dibuka ketika kita tersambung dengan internet. Bila kita ingin mengaksesnya secara offline, caranya dengan mengunduh semua file yang terkait dengan aplikasi tersebut, dan memodifikasi file html-nya. Untuk mengunduhnya dapat menggunakan WinHTTrack. Bila tidak mau repot silakan lanjutkan tulisan ini. 😉

Baca selengkapnya » 0

Trik Menampilkan Geometri Elektron Molekul yang Mempunyai PEB Menggunakan Jmol

Jmol secara standar dapat menampilkan geometri molekul dengan menggunakan perintah POLYHEDRA di Console Jmol. Berbeda dengan geometri elektron, diperlukan manipulasi struktur molekul bila ia mengandung pasangan elektron bebas (PEB). Tentu saja ini sebatas menampilkan geometri elektron untuk pengajaran geometri molekul. Skenarionya, muat molekul 3D yang mengandung PEB dengan benar; tambahkan atom X pada posisi PEB, sembunyikan atom X, tampilkan PEB pada posisi atom X. Simak detailnya.

Baca selengkapnya » 0

Tutorial Jmol dari Nol, Diterapkan pada Topik Geometri Molekul di MA-SMA-SMK

Tutorial ini dibagi menjadi 4 bagian. Bagian-1: Langkah-langkah Meng-install dan Menjalankan Jmol; Bagian-2: Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul; Bagian-3: Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol; Bagian-4: Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline.

Baca selengkapnya » 0

Membuat Garis Lengkung atau Tanda Panah pada Molekul 3D di Jmol

Petunjuk berupa tanda panah (selanjutnya ditulis panah saja) atau garis lengkung (curved) untuk menunjukkan sesuatu atau memberi keterangan pada visual 3D kadang diperlukan. Prosedurnya dengan melakukan perintah DRAW ARROW atau DRAW CURVE, diikuti perintah SET PICKING DRAW. Silakan simak detail dan contoh penerapannya.

Baca selengkapnya » 0

Interaksi 90° dalam Geometri Molekul 5 Domain

Mengapa dua (pasangan elektron bebas) PEB dalam ClF₃ menempati dua dari tiga posisi ekuator, tidak di posisi aksial untuk geometri molekul bipiramida segitiga, padahal bila PEB menempati posisi aksial ia akan berada pada jarak yang saling berjauhan dan meminimalkan tolakan PEB-PEB? Bagaimana pula penjelasan untuk kombinasi bentuk molekul 3 PEB dengan 2 PEI serta 1 PEB dengan 4 PEI?

Baca selengkapnya » 0

Cara Menyimpan File 3D ke Format XYZ dari Data CCCBDB

Format file XYZ merupakan format sederhana untuk struktur molekul. Susunan dalam berkas ini dibagi 3 bagian. Baris pertama berisi informasi jumlah atom, baris kedua berisi komentar terkait data struktur, baris ketiga berisi simbol atom (atau nomor atom) disertai koordinat Cartesian di kolom berikutnya.

Baca selengkapnya » 0

Cara Khusus untuk Memunculkan PEB pada SF4

Secara umum Jmol dapat memunculkan atau menampilkan "awan pasangan elektron bebas" hanya dengan menggunakan perintah lcaocartoon create "tipe orbital hibridisasi dan posisinya". Namun untuk molekul SF₄ bila ingin menampilkan "PEB" di posisi sp3de menggunakan perintah lcaocartoon create sp3de mapun perintah lcaocartoon lonepair create sp3de belum berhasil. Hal ini sempat dibahas di grup Jmol user namun belum ketemu juga solusinya. Sekarang di sini akan dijelaskan cara agar PEB SF₄ dapat tampil dari menyimak teknik seperti pada contoh website vchem3d.univ-tlse3.fr. Simak penjelasannya berikut.

Baca selengkapnya » 0

Cara Mengunduh Struktur Molekul 3D dari Pubchem

Banyak sumber untuk memperoleh file-file struktur molekul 3D. Format file yang umum adalah *.sdf, *.mol, *.xyz, *.pdb, *.cml, *.log, *.com. Salah satu sumber penyedia file dengan format sdf adalah Pubchem. Di website ini file 3D disediakan format *.sdf. Namun pengguna bisa saja menyalinnya ke format *.mol. Bagaimana cara mengunduhnya?

Baca selengkapnya » 0

Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul

Banyak kemampuan Jmol yang memang tidak disediakan melalui menu Jmol yang hanya klak-klik dan hanya dapat dilakukan melalui Console. Oleh karena itu fokus tutorial Jmol di sini menggunakan Console. Sementara penggunaan menu yang sudah dapat dilakukan melalui graphic user interface silakan dijelajah sendiri. 

Baca selengkapnya » 0

Langkah-langkah Memasang (Meng-install) dan Menjalankan Jmol

Berikut ini tutorial secara terperinci untuk memasang dan menjalankan Jmol. Jmol yang dimaksud di sini adalah aplikasi yang memang berjalan secara mandiri di komputer. Tutorial ini dibuat untuk mengawali tutorial penggunaan Jmol untuk pengajaran bahasan geometri molekul yang akan ditulis secara berseri, tulisan ini dan 2 tulisan lainnya. Tutorial ini dapat diunduh dalam format pdf pada tautan pada akhir laman ini.

Baca selengkapnya » 0