Membuat Garis Lengkung atau Tanda Panah pada Molekul 3D di Jmol

Petunjuk berupa tanda panah (selanjutnya ditulis panah saja) atau garis lengkung (curved) untuk menunjukkan sesuatu atau memberi keterangan pada visual 3D kadang diperlukan. Prosedurnya dengan melakukan perintah DRAW ARROW atau DRAW CURVE, diikuti perintah SET PICKING DRAW. Silakan simak detail dan contoh penerapannya.

Baca selengkapnya » 0

Interaksi 90° dalam Geometri Molekul 5 Domain

Mengapa dua (pasangan elektron bebas) PEB dalam ClF₃ menempati dua dari tiga posisi ekuator, tidak di posisi aksial untuk geometri molekul bipiramida segitiga, padahal bila PEB menempati posisi aksial ia akan berada pada jarak yang saling berjauhan dan meminimalkan tolakan PEB-PEB? Bagaimana pula penjelasan untuk kombinasi bentuk molekul 3 PEB dengan 2 PEI serta 1 PEB dengan 4 PEI?

Baca selengkapnya » 0

Cara Menyimpan File 3D ke Format XYZ dari Data CCCBDB

Format file XYZ merupakan format sederhana untuk struktur molekul. Susunan dalam berkas ini dibagi 3 bagian. Baris pertama berisi informasi jumlah atom, baris kedua berisi komentar terkait data struktur, baris ketiga berisi simbol atom (atau nomor atom) disertai koordinat Cartesian di kolom berikutnya.

Baca selengkapnya » 0

Cara Khusus untuk Memunculkan PEB pada SF4

Secara umum Jmol dapat memunculkan atau menampilkan "awan pasangan elektron bebas" hanya dengan menggunakan perintah lcaocartoon create "tipe orbital hibridisasi dan posisinya". Namun untuk molekul SF₄ bila ingin menampilkan "PEB" di posisi sp3de menggunakan perintah lcaocartoon create sp3de mapun perintah lcaocartoon lonepair create sp3de belum berhasil. Hal ini sempat dibahas di grup Jmol user namun belum ketemu juga solusinya. Sekarang di sini akan dijelaskan cara agar PEB SF₄ dapat tampil dari menyimak teknik seperti pada contoh website vchem3d.univ-tlse3.fr. Simak penjelasannya berikut.

Baca selengkapnya » 0

Cara Mengunduh Struktur Molekul 3D dari Pubchem

Banyak sumber untuk memperoleh file-file struktur molekul 3D. Format file yang umum adalah *.sdf, *.mol, *.xyz, *.pdb, *.cml, *.log, *.com. Salah satu sumber penyedia file dengan format sdf adalah Pubchem. Di website ini file 3D disediakan format *.sdf. Namun pengguna bisa saja menyalinnya ke format *.mol. Bagaimana cara mengunduhnya?

Baca selengkapnya » 0

Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul

Banyak kemampuan Jmol yang memang tidak disediakan melalui menu Jmol yang hanya klak-klik dan hanya dapat dilakukan melalui Console. Oleh karena itu fokus tutorial Jmol di sini menggunakan Console. Sementara penggunaan menu yang sudah dapat dilakukan melalui graphic user interface silakan dijelajah sendiri. 

Baca selengkapnya » 0

Langkah-langkah Memasang (Meng-install) dan Menjalankan Jmol

Berikut ini tutorial secara terperinci untuk memasang dan menjalankan Jmol. Jmol yang dimaksud di sini adalah aplikasi yang memang berjalan secara mandiri di komputer. Tutorial ini dibuat untuk mengawali tutorial penggunaan Jmol untuk pengajaran bahasan geometri molekul yang akan ditulis secara berseri, tulisan ini dan 2 tulisan lainnya. Tutorial ini dapat diunduh dalam format pdf pada tautan pada akhir laman ini.

Baca selengkapnya » 0

Membuat Screen Capture Animasi Molekul di Jmol

Untuk kebutuhan tertentu kadang diperlukan cuplikan layar (screen capture) animasi molekul yang dibuat di Jmol. Format yang biasa digunakan adalah gif ter-animasi. Sebelum melakukan itu pastikan di komputer terdapat aplikasi Jmol. Membuat model molekul dan menjalankan dalam mode ter-animasi, misalnya dengan mengaktifkan spin-nya. Menjalankan hanya sebaris perintah di Console. Tunggu beberapa saat dan selesai. Untuk detailnya silakan lanjut menyimak artikel ini atau video tutorial.

Baca selengkapnya » 0

Geometri Molekul Diatomik dan Orbital Hibrida

Geometri molekul diatomik selalu linier yang hanya dikarakterisasi oleh parameter panjang ikatan saja. Contohnya molekul O₂, N₂, F₂, dan HF. Ini berbeda dengan geometri molekul linier yang terdiri dari 3 atom (triatomik) seperti CO₂ selain dikarakterisasi oleh panjang ikatan juga sudut ikatan. Syarat terbentuknya ikatan kimia hanya perlu 2 atom yang terhubung, sedangkan sudut perlu 3 atom yang terhubung melalui atom pusat.

Baca selengkapnya » 0

Mengunduh dan Menjalankan Aplikasi GeoMol secara Offline

Mempelajari geometri molekul dapat dilakukan dengan bantuan aplikasi Jmol. Dengan syarat paham caranya. Selain itu dapat menggunakan aplikasi yang dibuat pihak lain, seperti yang dibuat dan dibagikan admin urip.info. Aplikasi ini menggunakan Jsmol. Di mana dan bagaimana menjalankan aplikasi siap saji ini, sila lanjut simak artikel ini.

Baca selengkapnya » 0

Perintah Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul

Mengajar topik geometri molekul menggunakan Jmol pada pelajaran kimia di MA/SMA/SMK dimungkinkan membantu guru dan siswa dalam memahami pola bentuk molekul. Jmol merupakan salah satu aplikasi yang dapat menampilkan model molekul secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi secara langsung dengan model molekul. Namun Jmol hingga saat ini belum menyediakan menu model GUI (yang tinggal klak-klik) yang dibutuhkan untuk pengajaran geometri molekul. Semua itu dapat di atasi melalui perintah teks di konsul (console) semua dapat dilakukan. Perlu pembiasaan agar terampil memanfaatkannya. Berikut ini beberapa perintah dasar yang mendukung pengajaran geometri molekul.

Baca selengkapnya » 0

Mengatur Label Besar Sudut dan Panjang Ikatan Molekul di Jmol

Untuk tujuan pembelajaran tertentu tampilan sudut atau panjang ikatan pada molekul dibuat berbeda dari yang seharusnya. di Jmol ini dapat dilakukan dengan cara manual, melalui submenu Console. Prinsipnya dengan mengatur lebih dahulu label untuk besar sudut atau panjang ikatan. Selanjutnya melakukan pengukuran sudut atau panjang ikatan dengan cara lazimnya di Jmol. Bagaimana detailnya simak lebih lanjut.

Baca selengkapnya » 0

Software Menggambar Struktur Kimia di Browser

Setidaknya ada tiga software (aplikasi/program) yang dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia ketika sedang daring (online). Jadi tidak jadi soal seandainya di komputer yang digunakan tidak ada yang terpasang aplikasi untuk menggambar struktur kimia. Tinggal terhubung internet, buka browser dan pilih salah satu yang tersedia. Browser boleh menggunakan yang mana saja, Chrome, Firefox, Edge, Internet Explorer, Opera, Safari, UC Browser, dan lain-lain. Software apa sajakah itu?

Baca selengkapnya » 0