Cara Menyimpan File 3D ke Format XYZ dari Data CCCBDB

Kamis, 27 Mei 2021 edit

Format file XYZ merupakan format sederhana untuk struktur molekul. Susunan dalam berkas ini dibagi 3 bagian. Baris pertama berisi informasi jumlah atom, baris kedua berisi komentar terkait data struktur, baris ketiga berisi simbol atom (atau nomor atom) disertai koordinat Cartesian di kolom berikutnya.

Dicontohkan format struktur molekul SOF4 (tionil tetrafluorida)
  	6
Molekul SOF4 (tionil tetrafluoride), MP2/6-31G(2df,p)  
S	0.0000000	0.0000000	0.1355500
O	0.0000000	0.0000000	1.5534490
F	0.0000000	1.5845540	-0.0805710
F	0.0000000	-1.5845540	-0.0805710
F	1.2860140	0.0000000	-0.7303400
F	-1.2860140	0.0000000	-0.7303400

SOF4 terdiri dari 6 atom,
Dihitung dengan metode MP2 (Moller Plesset perturbation) dengan basis set 6-31G(2df,p).

Tutorial format video:


Berikut ini cara mendapatkan data tersebut melalui situs cccbdb.nist.gov.

  1. Membuka situs cccbdb.nist.gov. Tampilan awal situs

  2. Pilih menu Experimental >> Geometry >> Experimental Geometries. Tampilannya akan seperti berikut. Selanjutnya ketik rumus kimia dari molekul yang akan dicari kemudian tekan tombol Submit.

  3. Selanjut akan ditampilkan data dalam tabel, sila seret ke bawah hingga mendapat tautan "Calculated geometries for SOF4 (Sulfur tetrafluoride oxide)". Sila klik tautan Calculated geometries.

  4. Pilih salah satu data dengan klik tautan geom, pada tutorial ini dicontohkan klik pada data MP2 dengan basis set 6-31G(2df,p).

  5. Tampilannya akan seperti berikut.
    Setelah tombol tab delimited dump of previous table di klik hasilnya sebagai berikut.
    Contoh hasil editan di notepad seperti berikut. Jangan lupa saat menyimpan pada bagian save as type file diubah menjadi All files.
  6. Selanjutnya file yang sudah disimpan dapat dibuka menggunakan Jmol atau aplikasi kimia 3 D lainnya seperti Avogadro, 3D-Viewer milik Chemsketch, Chem3D milik ChemDraw. Bila dibuka di Jmol tanpa modifikasi tampilannya seperti berikut.
  7. Selamat mencoba semoga sukses.
KSJSS.


Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info