Cara Mengunduh Struktur Molekul 3D dari Pubchem

Banyak sumber untuk memperoleh file-file struktur molekul 3D. Format file yang umum adalah *.sdf, *.mol, *.xyz, *.pdb, *.cml, *.log, *.com. Salah satu sumber penyedia file dengan format sdf adalah Pubchem. Di website ini file 3D disediakan format *.sdf. Namun pengguna bisa saja menyalinnya ke format *.mol. Bagaimana cara mengunduhnya?

Yang diperlukan: komputer dengan koneksi internet; aplikasi notepad/notepad++, aplikasi 3D viewer (rekomendasi menggunakan Jmol), dan tentu saja semangat belajar bila belum pernah mencoba serta ada kesempatan 😃.

1. Buka web Pubchem, boleh klik langsung di sini.
   
2. Ketik rumus kimia atau nama senyawa dalam bahasa Inggris pada kotak pencarian kemudian tekan ikon lup di sisi kanan. Misalnya dicari struktur molekul HClO₃, maka hasil pencarian paling atas seperti berikut.
   
3. Klik tulisan paling atas (CHLORIC ACID:....) hasilnya seperti berikut.
   
   
   
   
4. Klik tautan Download (berada di sisi kanan atas).
   
   Bila tampilan 3D tidak tersedia kita masih dapat mengunduh file SDF dengan klik tombol Save yang ada di sebelah kanan tulisan SDF kemudian menyimpannya dalam folder tertentu. Selanjutnya file SDF ini dapat dibuka dengan menggunakan aplikasi 3D misalnya Jmol, Avogadro atau yang lainnya.
   
   Bila ingin menyimpan file struktur 3D dalam format lain misalnya ingin menyimpan ke format *.mol. 
   
   Caranya, setelah klik Download, klik Display. Salin baris teks hingga tulisan "M END".
   
   
   
   Buka aplikasi teks editor, misalnya notepad, atau notepad++ atau yang lain. Dicontohkan dengan Notepad++.
   
   Buat berkas baru, dan tempel (paste) salinan teks yang terblok berwarna biru itu.
   
   Simpan (Save) teks tadi dengan ekstensi *.mol.
   Jangan lupa folder tempat menyimpan file, dicontoh ini disimpan dalam Desktop dengan nama HClO3.mol.
   
   
   
   Setelah tersimpan, sila mencoba buka file tersebut HClO3.mol menggunakan Jmol.
   Bila belum pernah menggunakan Jmol sila klik tautan ini. Hasilnya bila dibuka menggunakan Jmol seperti berikut.
   
   
5. Selesai, selamat mencoba.

Tutorial format video

---

Catatan: Tidak semua struktur senyawa tersedia di Pubchem, boleh mengunjungi website lain seperti di CoolMolecule atau membuat sendiri bila mampu dan mau.

KSJSS.