Mengatur Label Besar Sudut dan Panjang Ikatan Molekul di Jmol

Untuk tujuan pembelajaran tertentu tampilan sudut atau panjang ikatan pada molekul dibuat berbeda dari yang seharusnya. di Jmol ini dapat dilakukan dengan cara manual, melalui submenu Console. Prinsipnya dengan mengatur lebih dahulu label untuk besar sudut atau panjang ikatan. Selanjutnya melakukan pengukuran sudut atau panjang ikatan dengan cara lazimnya di Jmol. Bagaimana detailnya simak lebih lanjut.

Sebenarnya besarnya sudut ikatan dan panjang ikatan dapat ditampilkan secara otomatis. Caranya dengan klik Menu Tools >> Measurement... atau Klik kanan area kerja Jmol (exit lebih dahulu dari mode modelKit) kemudian pilih Measurement >> Klik pilihan mau mengukur apa. Dapat juga dilakukan dengan Langsung klik Toolbar (ikon mistar) kemudian klik kanan area kerja Jmol. 

A. Pengukuran Otomatis

Satuan panjang ikatan dapat dipilih lebih dahulu sebelum melakukan pengukuran. Tersedia satuan nanometer, Angstrom, dan pikometer. Klik Toolbar dengan ikon mistar, klik kanan area kerja Jmol, klik Measurement, pilih Distance units nanometers/Angstroms/picometer.

A-1. Mengukur panjang ikatan

1. Klik Toolbar Mistar
2. Klik kanan area kerja jmol
3. Pilih Measurement
4. Pilih Click for distance measurement
5. Pilih dua atom yang akan ditentukan panjang ikatannya.
   Klik satu atom kemudian beralih klik satu atom yang lain.
6. Untuk panjang ikatan pasangan dua atom lainnya dapat dilakukan dengan cara yang sama untuk bagian e.

A-2. Mengukur sudut ikatan

1. Klik Toolbar Mistar
2. Klik kanan area kerja jmol
3. Pilih Measurement
4. Pilih Click for angle measurement
5. Pilih tiga atom yang akan ditentukan besar sudut ikatannya.
   Klik satu atom di ujung sudut kemudian klik satu atom yang ada di titik sudut dan dilanjutkan klik atom di ujung sudut lainnya.
6. Untuk mengukur sudut ikatan pasangan tiga atom lainnya dapat dilakukan dengan cara yang sama untuk bagian e.

B. Penentuan Ukuran secara Manual

Penentuan ukuran secara manual baik panjang ikatan maupun sudut ikatan masing-masing ditentukan lebih dahulu besar-nya berapa. Ini dilakukan melalui Console. Klik Menu File >> Console... Kemudian mengetikkan sejumlah perintah seperti pada langkah berikut. Prosedur lainnya dapat dilakukan dengan cara yang sama untuk pengukuran secara otomatis.

B-1. Menentukan panjang ikatan secara manual

1. Klik Menu File >> Console...
2. Misal akan menandai bahwa panjang ikatan 100 pm.
   Ketik di Console set defaultDistanceLabel "100 pm" dan tekan ENTER. seperti gambar berikut:
   
   
   Maka setiap melakukan pengukuran panjang ikatan seperti pada tahap berikutnya akan selalu ditampilkan angka 100 pm
3. Toolbar Mistar
4. Klik kanan area kerja jmol
5. Pilih Measurement
6. Pilih Click for distance measurement
7. Pilih dua atom yang akan ditentukan panjang ikatannya.
   Klik satu atom kemudian beralih klik satu atom yang lain.
   Contoh hasilnya:
   
   
   
   
8. Untuk panjang ikatan pasangan dua atom lainnya dapat dilakukan dengan cara yang sama untuk bagian e.
9. Untuk default panjang ikatan lain silakan ubah label tahap a dan b dengan angka atau label berbeda.

B-2. Menentukan sudut ikatan secara manual

1. Klik Menu File >> Console...
2. Misal akan menandai bahwa panjang ikatan < 120°.
   Ketik di Console  set defaultAngleLabel "<90°" kemudian tekan ENTER.
3. Klik Toolbar Mistar
4. Klik kanan area kerja jmol
5. Pilih Measurement
6. Pilih Click for angle measurement
7. Pilih tiga atom yang akan ditentukan besar sudut ikatannya.
   Klik satu atom di ujung sudut kemudian klik satu atom yang ada di titik sudut dan dilanjutkan klik atom di ujung sudut lainnya.
   Contoh hasilnya:
   
   
   
   
8. Untuk mengukur sudut ikatan pasangan tiga atom lainnya dapat dilakukan dengan cara yang sama untuk bagian e.
9. Untuk default sudut ikatan lain silakan ubah label pada tahap a dan b dengan angka atau label berbeda.

Bila belum mempunyai Jmol, silakan unduh di komputer dan mengekstraknya. Karena Jmol berbasis Java maka di komputer sudah harus terinstall Java Run Time. Silakan klik tautan unduh yang tersedia tersebut.

Demikian, KSJSS.