Cara Khusus untuk Memunculkan PEB pada SF4

Kamis, 27 Mei 2021 edit

Secara umum Jmol dapat memunculkan atau menampilkan "awan pasangan elektron bebas" hanya dengan menggunakan perintah lcaocartoon create "tipe orbital hibridisasi dan posisinya". Namun untuk molekul SF4 bila ingin menampilkan "PEB" di posisi sp3de menggunakan perintah lcaocartoon create sp3de mapun perintah lcaocartoon lonepair create sp3de belum berhasil. Hal ini sempat dibahas di grup Jmol user namun belum ketemu juga solusinya. Sekarang di sini akan dijelaskan cara agar PEB SF4 dapat tampil dari menyimak teknik seperti pada contoh website vchem3d.univ-tlse3.fr. Simak penjelasannya berikut.

Sebagai pengganti perintah lcaocartoon teknik ini secara langsung menggunakan perintah isosurface. Diperlukan pengaturan koordinat atom pusat, biasanya langsung melakukan seleksi dengan perintah select "atom pusat", namun bila atom pusatnya tidak berada di titik koordinat xyz 0 0 0 maka diperlukan pengidentifikasian sesuai koordinat atom pusat secara real dari file yang di muat (load).

Prinsip kerja:

  1. Muat file SF4.mol menggunakan Jmol
    FYI data dalam file SF4.mol adalah sebagai berikut:
      SF4.MOL
    
      5  4  0  0  0                 1 V2000
       -0.5678    0.2093   -0.0900 S   0  0  0  0  0
       -0.4651    1.7492    0.4735 F   0  0  0  0  0
       -0.6883   -1.2384   -0.6071 F   0  0  0  0  0
        0.0460   -0.3752    1.3176 F   0  0  0  0  0
        0.6925    0.4653   -0.9408 F   0  0  0  0  0
      1  2  1  0  0  0
      1  3  1  0  0  0
      1  4  1  1  0  0
      1  5  1  6  0  0
    M  END
      
    Bila ingin mengunduh langsung silakan klik di sini.

  2. Buka Console

  3. Di Console ketikkan perintah:
    $ isosurface ID 'iso1' select ({0:4}) center {-0.5678 0.2093 -0.0900} 
    color translucent white scale 1.4 lobe {-0.5678 0.2093 -0.0900 0.7};
    $ isosurface ID 'iso2' select ({0:4}) center {-0.5678 0.2093 -0.0900} 
    color red scale 1.8 lonepair {-0.5678 0.2093 -0.0900 0.7};
    


    Koordinat S digunakan untuk mengisi koordinat center {-0.5678 0.2093 -0.0900} untuk penempatan koordinat PEB.

    Tampilan di Console akan seperti berikut.

    Yang muncul di layar Jmol seperti gambar pertama di bagian atas artikel ini.

Visual SF4 dengan tampilan PEB di posisi sp3de seperti applet Jsmol berikut.


Bentuk molekul yang digunakan di sini menggunakan referensi: K.Kimura, S.H.Bauer, J. Chem. Phys., 39, 3172, 1963. (https://doi.org/10.1063/1.1734179).

KSJSS.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info