Membuat Garis Lengkung atau Tanda Panah pada Molekul 3D di Jmol

Minggu, 30 Mei 2021 edit

Petunjuk berupa tanda panah (selanjutnya ditulis panah saja) atau garis lengkung (curved) untuk menunjukkan sesuatu atau memberi keterangan pada visual 3D kadang diperlukan. Prosedurnya dengan melakukan perintah DRAW ARROW atau DRAW CURVE, diikuti perintah SET PICKING DRAW. Silakan simak detail dan contoh penerapannya.


Tutorial format video:



Tutorial format teks dan gambar:

  1. Buat visual 3D molekul apa saja di Jmol, dicontohkan model struktur metana. Caranya klik ikon metana (Open the model kit) pada toolbar kemudian klik di jendela kerja Jmol.

    Agar lebih panjang ikatan di sini atom H diganti dengan atom F.
    Detailnya simak melalui video.

  2. Beri label nomor setiap atom agar mudah mengenalinya.
    Klik menu Display >> Label >> Number. 
    Klik menu Display >> Label >> Centered.
    Keluar dari modelkit mode sila klik ikon panah elips (Rotate molecule) tepat di bawah menu Plugins.
    Klik kanan layar kerja Jmol >> Color >> Label >> Red.
    Untuk mengubah ukuran huruf di label lakukan di Console.

  3. Buka Console (klik menu File >> Console...).
    Ketik di Console: set fontsize 20 (di Console tanda $ muncul otomatis, tidak perlu diketik).

  4. Buat gambar panah melengkung dari atom F#2 ke F#3 melalui F#5.
    Di Console ketik perintah draw curve1 curve arrow @2 @5 @3 tekan enter.
    Untuk menggambar tanda panah bisa menggunakan perintah draw arrrow1 arrow @2 @5 @3 tekan enter (dalam video tidak dipraktikkan).

  5. Ketik perintah set picking draw dan tekan enter maka akan muncul tanda 3 poin (bulatan kecil kuning transparan ada di ujung dan tengah garis lengkung).
    Bila tidak tampak/jelas silakan ubah style model molekul  dari ball and stick ke wireframe.
    Klik kanan layar Jmol >> Style >> Scheme >> Wireframe.
    Bila label nomor tidak tampak silakan ditampilkan kembali agar lebih jelas saat melakukan ubahan pada garis lengkung.
    Tanda bulatan kuning transparan inilah yang dapat digeser, dapat digunakan sebagai poin pengarah.

  6. Untuk memindahkan garis lengkung/panah silakan tekan dan tahan tombol Shift di keyboard kemudian seret garis lengkung/panah ke tempat yang diinginkan. Bila hanya ingin mengubah posisi poin tertentu sila tekan dan tahan tombol Alt di keyboard kemudian pindahkan poin ke posisi yang dikehendaki. Lakukan pemutaran molekul hingga posisinya benar-benar sesuai yang diinginkan.
    Lebih jelas silakan simak dalam video. Bila sudah mantap posisi garis lengkung/panah silakan ketik set picking on.
  7. Setelah semua OK, salin hasil ubahan posisi terakhir draw curve/arrow yang ada di jendela Console (warna biru terakhir) ke dalam aplikasi editor teks (Notepad atau Notepad++ atau yang lain) agar nanti dapat dijalankan secara bersamaan dengan perintah draw lain sehingga tanpa perlu ubah koordinat garis lengkung/panah lagi.

  8. Selanjutnya bila diperlukan membuat draw curve/arrow untuk yang berikutnya. Untuk ini perlu hapus semua draw, perintah di Console draw delete.  Kemudian silakan buat garis lengkung/panah baru seperti langkah-3 dan seterusnya. Pastikan setiap draw curve/arrow diberi ID yang unik (pada contoh digunakan ID curve1 atau curve2) agar bisa dibedakan antara draw satu dengan yang lainnya.

  9. Bila semua garis lengkung atau panah sudah dibuat satu persatu silakan simpan model molekul dengan cara klik menu File >> Export >> Write States ...
    Ketik nama file sembarang dan tambahi tanda titik spt (Misalnya namafile.spt).

  10. File dengan ekstensi spt inilah nanti yang dapat kita gunakan kembali di Jmol.
Perlu diingat bahwa menurut pengalaman yang penulis lakukan perintah set picking draw ini hanya berlaku sekali untuk draw curve atau draw arrow yang dibuat pertama kali, tidak untuk garis lengkung atau panah selanjutnya. Untuk itu perlu menyimpan data setelah dilakukan picking, ini dilakukan di Console tentunya.
KSJSS
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info