Perintah Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul

Mengajar topik geometri molekul menggunakan Jmol pada pelajaran kimia di MA/SMA/SMK dimungkinkan membantu guru dan siswa dalam memahami pola bentuk molekul. Jmol merupakan salah satu aplikasi yang dapat menampilkan model molekul secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi secara langsung dengan model molekul. Namun Jmol hingga saat ini belum menyediakan menu model GUI (yang tinggal klak-klik) yang dibutuhkan untuk pengajaran geometri molekul. Semua itu dapat di atasi melalui perintah teks di konsul (console) semua dapat dilakukan. Perlu pembiasaan agar terampil memanfaatkannya. Berikut ini beberapa perintah dasar yang mendukung pengajaran geometri molekul.

1. Pelabelan

Perintah di Console	Fungsi
select *	Memilih semua atom
select hydrogen	Memilih semua atom hidrogen
label	Menampilkan semua atom dengan label lambang unsur dan nomor indeks serta kode indeks-nya, misal H2 #2
label %a	Menampilkan semua atom dengan label lambang unsur dan nomor indeks, misal H2
label %e	Menampilkan semua atom yang terpilih dengan label lambang unsur saja, misal H
label %p	Menampilkan muatan parsial bila ada untuk semua atom yang terpilih
label teksku	Menampilkan label pada atom yang terpilih dengan tulisan teksku
set labelalignment center;	Mengatur agar label di tengah bola atom
color label red	Mengubah warna label menjadi merah
font label 20	Mengubah ukuran font label menjadi 20 px
font label 15 monospaced italic	Mengubah ukuran font label menjadi 15 px jenis font monospace dan formatnya italik.
label hide	Menyembunyikan semua label yang pernah dibuat
label on	Menampilkan semua label yang pernah dibuat

2. Pengukuran

Perintah di Console	Fungsi
measure @1 @2	Menampilkan ukuran panjang ikatan antara atom nomor indeks 1 ke atom nomor indeks 2
set measurementunits 'pm'	Mengubah satuan panjang ikatan dari default nanometer ke pikometer
measure @3 @1 @2	Menampilkan ukuran sudut ikatan antara atom nomor indeks 3, atom nomor indeks 1, dan atom nomor indeks 2
measure allconnected (*)(*)	Menampilkan semua ukuran panjang ikatan yang ada
measure allconnected (*)(*)(*)	Menampilkan semua ukuran sudut ikatan yang ada
measure off	Menyembunyikan semua pengukuran yang sudah pernah dibuat
measure on	Menampilkan semua pengukuran yang pernah dibuat
set defaultDistanceLabel "123 pm"	Mengatur agar label setiap pengukuran panjang ikatan menjadi 123 pm, untuk pengukuran berikutnya. Ini sekadar pelabelan. Label ini boleh diganti teks apa saja.
set defaultAngleLabel "107°"	Mengatur agar label setiap pengukuran sudut ikatan menjadi 107°, untuk pengukuran berikutnya. Ini sekadar pelabelan. Label ini boleh diganti teks apa saja.
set showMeasurements true	Mengatur agar semua pengukuran yang pernah dibuat ditampilkan, termasuk garis putus-putus sebagai penanda.
set defaultAngleLabel "%VALUE%UNITS"	Membuat satuan sudut (derajat) agar ditulis tanpa spasi (rapat dengan hasil pengukuran.
color measure blue	Mengubah warna hasil pengukuran menjadi biru.
font measure 18	Mengubah ukuran font hasil pengukuran menjadi 18 px.

Selain dua perintah dasar di atas tentu saja diperlukan keterampilan dasar lain. Misalnya mengubah warna atom dari warna standar, mengubah besar atom, mengubah ketebalan ikatan, menggambar garis dan bidang, dan lain-lain. 

Semua fitur dasar sudah dibahas di blog ini seperti yang pernah penulis lakukan. Boleh klik di sini untuk query pencarian "tutorial jmol". Semua itu penting untuk keterampilan mengajar bentuk molekul, dan juga mengajar topik lain yang membutuhkan visual 3D interaktif. Untuk lebih lengkap sila simak penjelasan semua fitur Jmol di sini.