Berikut ini tutorial secara terperinci untuk memasang dan menjalankan Jmol. Jmol yang dimaksud di sini adalah aplikasi yang memang berjalan secara mandiri di komputer. Tutorial ini dibuat untuk mengawali tutorial penggunaan Jmol untuk pengajaran bahasan geometri molekul yang akan ditulis secara berseri, tulisan ini dan 2 tulisan lainnya. Tutorial ini dapat diunduh dalam format pdf pada tautan pada akhir laman ini.
Menampilkan postingan yang diurutkan menurut relevansi untuk kueri tutorial jmol. Urutkan menurut tanggal Tampilkan semua postingan
Menampilkan postingan yang diurutkan menurut relevansi untuk kueri tutorial jmol. Urutkan menurut tanggal Tampilkan semua postingan
Membuat Cuping (Lobe) Pemodelan Bentuk Molekul Secara Manual di Jmol
Kamis, 02 Januari 2020
Untuk membuat tanda pasangan elektron bebas pada bentuk molekul beberapa sudah tersedia pada fitur Jmol dengan menggunakan perintah lcaoCartoon create "jenis orbital hibrida". namun untuk bentuk molekul yang tidak umum diperlukan cara atau trik dengan menggunakan fitur isosurface dan lobe. Berikut ini tutorial dengan memanipulasi model bentuk molekul IF7 menjadi model bentuk molekul XeF5–.
Tutorial Jmol dari Nol, Diterapkan pada Topik Geometri Molekul di MA-SMA-SMK
Senin, 14 Juni 2021
Tutorial ini dibagi menjadi 4 bagian. Bagian-1: Langkah-langkah Meng-install dan Menjalankan Jmol; Bagian-2: Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul; Bagian-3: Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol; Bagian-4: Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline.
Menjalankan Jmol Web Application secara Offline
Jumat, 22 November 2019
Potensi Jmol untuk dikembangkan menjadi media pembelajaran virtual 3D cukup besar. Beberapa contoh yang sudah ada dapat diadopsi dan dimodifikasi bahkan dikembangkan secara mandiri. Caranya adalah dengan membuat aplikasi berbasis web menggunakan Jmol. Tentu saja untuk bisa melakukan itu dibutuhkan kemampuan koding yang cukup. Pada tulisan kali ini akan dibahas cara membuka atau menjalan beberapa aplikasi yang sudah jadi secara luring (luar jaringan = offline).
Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul
Jumat, 21 Mei 2021
Banyak kemampuan Jmol yang memang tidak disediakan melalui menu Jmol yang hanya klak-klik dan hanya dapat dilakukan melalui Console. Oleh karena itu fokus tutorial Jmol di sini menggunakan Console. Sementara penggunaan menu yang sudah dapat dilakukan melalui graphic user interface silakan dijelajah sendiri.
Tutorial Jmol, Menampilkan Sisi Bidang Bentuk Molekul
Senin, 18 November 2019
Pada tulisan sebelumnya sudah dibahas cara Menampilkan Bentuk Molekul dengan Polyhedral Style Menggunakan Vesta. Kali ini akan dibahas cara menampilkan sisi bidang dari bentuk molekul (polihedra) menggunakan Jmol. Tutorial awal Jmol sudah ada di sini, silakan simak bila belum pernah mencoba menggunakan Jmol. Tutorial ini dibuat menggunakan Jmol versi 14.29.54 dalam sistem operasi Windows 10, untuk windows versi sebelumnya kurang lebih akan sama.
Konversi File Model 3D Interaktif di Jmol ke Format U3D
Kamis, 30 Januari 2020
Untuk kebutuhan tertentu kadang perlu untuk memasukkan model interaktif 3D (tiga dimensi) ke dalam file pdf (Portable Document Format), misalnya. Model interaktif 3D yang dimaksud seperti model molekul 3D yang dapat ditampilkan dalam Jmol maupun aplikasi pengolah obyek 3D lainnya. Setidaknya sampai saat ini ada 2 format file 3D yang dapat dimasukkan dalam file pdf menggunakan tool Rich Media yaitu format U3D (Universal 3D), dan PRC (Product Representation Compact). Berikut cara mengubah file 3D terutama yang didukung oleh Jmol ke format u3d.
Cara Memasang dan Menjalankan Jmol di Windows
Kamis, 07 November 2019
Memasang aplikasi Jmol untuk pemodelan molekul tidak lebih dari unduh, ekstrak, dan jalankan aplikasinya. Yang sering terjadi pengguna tidak membaca manual atau tidak tahu file mana yang perlu diakses untuk membuka Jmol.
Mengunduh dan Menjalankan Aplikasi GeoMol secara Offline
Senin, 17 Mei 2021
Mempelajari geometri molekul dapat dilakukan dengan bantuan aplikasi Jmol. Dengan syarat paham caranya. Selain itu dapat menggunakan aplikasi yang dibuat pihak lain, seperti yang dibuat dan dibagikan admin urip.info. Aplikasi ini menggunakan Jsmol. Di mana dan bagaimana menjalankan aplikasi siap saji ini, sila lanjut simak artikel ini.
Mudah Menampilkan Molekul 3D dengan JSMOL secara Online
Senin, 13 April 2026
Menampilkan molekul 3D tidaklah sulit! Cukup dengan sedikit pengetahuan tentang format SMILES (representasi teks struktur kimia) dan mengikuti tutorial di bawah ini. Kita dapat langsung membuka berbagai molekul interaktif di tab browser baru menggunakan layanan JSMOL dari St. Olaf College. Cukup masukkan SMILES, klik tombol, dan nikmati visualisasi 3D yang bisa dirotasi, dizoom, dan diekspor.
Membuat Label Tertentu pada Atom (Tutorial Jmol)
Minggu, 05 Januari 2020
Untuk memunculkan label atom secara standar (default) dalam Jmol dapat dilakukan dengan klik menu Display → Label → [None (menghapus label), Symbol (menampilkan simbol atom), Name (menampilkan nama atom), Number (menampilkan nomor atom) | Centered (meletakkan label di posisi tengah bola atom), Upper right (menempatkan label di posisi kanan atas dari bola atom)]. Bagaimana jika ingin mengubah label-label itu untuk kebutuhan penanda tertentu? Berikut ini tutorialnya.
Membuat Screen Capture Animasi Molekul di Jmol
Rabu, 19 Mei 2021
Untuk kebutuhan tertentu kadang diperlukan cuplikan layar (screen capture) animasi molekul yang dibuat di Jmol. Format yang biasa digunakan adalah gif ter-animasi. Sebelum melakukan itu pastikan di komputer terdapat aplikasi Jmol. Membuat model molekul dan menjalankan dalam mode ter-animasi, misalnya dengan mengaktifkan spin-nya. Menjalankan hanya sebaris perintah di Console. Tunggu beberapa saat dan selesai. Untuk detailnya silakan lanjut menyimak artikel ini atau video tutorial.
Cara Menampilkan Struktur 3D Grafit dan Intan dengan Jmol
Kamis, 04 Februari 2021
Selama ini referensi visual grafit dan intan kebanyakan ditampilkan dalam format 2D. Semenjak adanya aplikasi Jmol tampilan grafit dan intan lebih mudah untuk divisualkan secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi untuk melakukan eksplorasi sifat dari struktur. Dalam tutorial ini file CIF untuk grafit dan intan diambil dari website crystallogaphy.net. Bila belum mempunyai Jmol silakan unduh dari sini.
Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol
Jumat, 27 Desember 2019
Menggambar atau menampilkan polihedral molekul dapat dilakukan dengan menggunakan perintah POLYHEDRA {*} pada konsul Jmol seperti yang pernah ditulis di sini. Perlu sedikit usaha untuk dapat membuat garis dan atau permukaan bidang suatu molekul. Ini kadang diperlukan bila hanya ingin menggambar sebagian sisi suatu molekul. Perintah yang digunakan adalah DRAW. Berikut ini tutorialnya.
Cara Mewarnai Atom pada Lapisan Struktur Kisi Kristal di Jmol
Jumat, 05 Februari 2021
Menunjukkan visual yang jelas dalam struktur kisi kristal kadang diperlukan. Misalnya dengan memberikan warna berbeda pada setiap lapisan struktur kisi kristal. Jmol dapat memfasilitasi hal ini. Perintahnya dapat dilakukan melalui Console. Pewarnaan bisa saja berdasarkan lapisan atau dengan pertimbangan tertentu. Lapisan yang dicontohkan dalam tutorial ini dimulai dari pojok sel satuan abc. Bila baru pertama kali menggunakan Jmol sebaiknya simak lebih dahulu tutorial di sini.
Memutar Molekul Berdasarkan Atom atau Ikatan (Tutorial Jmol)
Senin, 06 Januari 2020
Pada menu utama Jmol memang terdapat cara memutar molekul berdasarkan sumbu tertentu (X, Y, Z) dengan sudut tertentu. Pilihan terbatas. Ada cara agar pengguna bebas melakukan rotasi molekul berdasarkan apapun yang dikehendaki. Berikut ini cara memutar molekul dengan basis atom tertentu atau ikatan tertentu.
Perintah Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul
Sabtu, 15 Mei 2021
Mengajar topik geometri molekul menggunakan Jmol pada pelajaran kimia di MA/SMA/SMK dimungkinkan membantu guru dan siswa dalam memahami pola bentuk molekul. Jmol merupakan salah satu aplikasi yang dapat menampilkan model molekul secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi secara langsung dengan model molekul. Namun Jmol hingga saat ini belum menyediakan menu model GUI (yang tinggal klak-klik) yang dibutuhkan untuk pengajaran geometri molekul. Semua itu dapat di atasi melalui perintah teks di konsul (console) semua dapat dilakukan. Perlu pembiasaan agar terampil memanfaatkannya. Berikut ini beberapa perintah dasar yang mendukung pengajaran geometri molekul.
Cara Membuat Blink (Kedip) Atom/Ikatan atau Bagian Tertentu pada Molekul
Sabtu, 25 Januari 2020
Visual 3D interaktif molekul menggunakan Jmol dapat digunakan untuk memberikan tanda tertentu agar pembaca dapat lebih mudah memahami maksud suatu tulisan atau visual. Misal membuat atom tertentu berkedip (blinking). Salah satu fasilitas yang dimiliki oleh Jmol adalah mengubah warna (color) dan memberi waktu jeda (delay). Prinsipnya adalah pilih (select) atom/bagian molekul yang akan dibuat berkedip, ubah warna, beri jeda, ubah warna, beri jeda, dan seterusnya. Sesuaikan kebutuhan. Contoh detail simak tutorial berikut.
Cara Menampilkan Irisan Permukaan Sel Satuan Menggunakan Jmol
Selasa, 02 Februari 2021
Pada artikel ini hanya dijelaskan cara menampilkan perpotongan antara atom dengan permukaan sel satuan menggunakan Aplikasi Jmol. Mempelajari dasar-dasar pengetahuan zat padat atau struktur kisi kristal diperlukan pemahaman yang baik untuk menghitung jumlah total atom dalam sel satuan. Untuk itulah diperlukan visualisasi sel satuan yang representatif. Pada artikel terpisah dijelaskan cara menampilkan irisan atom dalam sel satuan dengan menggunakan CrystalMaker.
Mengajarkan Bentuk Orbital Atom Interaktif dengan Jmol
Sabtu, 14 Desember 2019
Adanya aplikasi Jmol dapat dijadikan bahan pembelajaran di kelas. Bagaimana bentuk-bentuk orbital yang ditentukan oleh harga-harga bilangan kuantum. Visual bentuk-bentuk orbital yang ditemui dari referensi kebanyakan 2-dimensi, atau kalau dijumpai 3-dimensi sifatnya statis, tidak bersifat interaktif. Berikut ini cara memvisualkan bentuk-bentuk orbital menggunakan Jmol. Pada kesempatan lain akan dibuat visual interaktif bentuk molekul sehingga lebih berguna dan praktis.
Langganan:
Postingan (Atom)
