Membuat Label Tertentu pada Atom (Tutorial Jmol)

Minggu, 05 Januari 2020 edit

Untuk memunculkan label atom secara standar (default) dalam Jmol dapat dilakukan dengan klik menu Display → Label → [None (menghapus label), Symbol (menampilkan simbol atom), Name (menampilkan nama atom), Number (menampilkan nomor atom) | Centered (meletakkan label di posisi tengah bola atom), Upper right (menempatkan label di posisi kanan atas dari bola atom)]. Bagaimana jika ingin mengubah label-label itu untuk kebutuhan penanda tertentu? Berikut ini tutorialnya.
Untuk tujuan misalnya di sini akan menunjukkan konfigurasi sistem R/S untuk penamaan senyawa organik, tentu perlu ditampilkan label nomor urutan tertentu.

Visual menu Label standar pada Jmol.

Menu standar untuk pelabelan atom Jmol

Misal penomoran secara standar Jmol akan memulai dari atom tertentu, biasanya untuk molekul kecil atom pusat akan diberi nomor 1 dan seterusnya, tidak seperti gambar berikut yang memang dilakukan penyesuaian lebih dahulu.

Label target dengan nomor yang akan dibuat

Pertama tampilkan label nomor standar Jmol (menu Display → Label → Number).
Pada tutorial ini atom mulanya:
@1 = atom C;
@2 = atom Cl;
@3 = atom H
@4 = atom F;
@5 = atom Br.

Bisa jadi penomoran dengan molekul yang sama menghasilkan urutan berbeda, tergantung urutan kita mengganti atom sebelumnya (semula secara default dimunculkan molekul metana (CH4).


Selanjutnya ubah label nomor yang ada dengan nomor yang dikehendaki dengan menggunakan Konsul (Consule). Konsul dan dapat dibuka dari menu File → Consule. Setik atau salin kode/perintah Jmol di bawah ini. Sebaiknya perintah di-eksekusi satu-satu sambil belajar memahami maksudnya.

select @2; label 2
(maskudnya atom nomor 2 dipilih untuk diberi label "2")
select @3; label 4
select @4; label 3
select @5; label 1

Hapus label yang ada di atom pusat melalui menu Display → Label → None.

Mengubah warna semua label:
select *; color label blue
(maskudnya semua atom dipilih untuk diberi warna biru)

Mengubah warna label atom @5 (ini nomor standar Jmol) yang sudah diberi label 4:
select @5; color label yellow

Mengubah ukuran font label 20:
select *; set fontSize 20

Menempatkan label secara terpusat (center atom):
set labelAlignment CENTER

Jangan lupa untuk mengkesekusi setiap perintah pada konsul Jmol selalu diakhiri dengan menekan tombol enter di keyboard.

Bila ingin memberi label dengan kata tertentu dapat dilakukan dengan cara yang sama. Untuk menghapus semua label yang tampak: menu Display → Label → None.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2019 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info