Membuat Cuping (Lobe) Pemodelan Bentuk Molekul Secara Manual di Jmol

Kamis, 02 Januari 2020 edit

Untuk membuat tanda pasangan elektron bebas pada bentuk molekul beberapa sudah tersedia pada fitur Jmol dengan menggunakan perintah lcaoCartoon create "jenis orbital hibrida". namun untuk bentuk molekul yang tidak umum diperlukan cara atau trik dengan menggunakan fitur isosurface dan lobe. Berikut ini tutorial dengan memanipulasi model bentuk molekul IF7 menjadi model bentuk molekul XeF5.
Langkah-langkahnya:
  1. Gambar molekul dan mengoptimasinya. Dalam tutorial ini digunakan file mol yang ada di sini. Unduh dahulu dengan klik kanan tautan dan save as. Buka aplikasi Jmol, dan buka file hasil download. Tampilannya akan seperti berikut:


    Bila belum punya dan belum pernah menjalankan Jmol di komputer sila simak tutorial di sini.

  2. Menampilkan axis sumbu xyz (Di Jmol bisa ditambahkan dengan cara klik menu Display >> Axes. Ini nanti akan digunakan sebagai patokan harus digeser ke arah mana agar posisi cuping tepat pada posisi yang semestinya.


  3. Menampilkan koordinat setiap atom dalam molekul dan mencatatnya. Caranya buka Konsul Jmol melalui menu File >> Konsul (Consule).
    Jangan lupa untuk klik tool Rotate molecule, berbentuk panah lengkung ke kiri (posisi tepat di bawah menu Plugins pada menu utama Jmol)

    Setelah Konsul terbuka sila klik tool History di bagian bawah layar Konsul. Biarkan layar Konsul tetap terbuka. Bila perlu tampilkan nomor atom dengan klik menu Display >> Label >> Number.

    Berikutnya klik atom yang ingin diketahui koordinat xyz-nya. Koordinat setiap atom akan ditampilkan dalam layar Konsul sebagai history. Hasilnya akan seperti berikut.

    I1 #1 17.175 2.186 -18.035
    F2 #2 17.260 0.407 -18.170
    F3 #3 17.090 3.965 -17.900
    F5 #5 18.805 2.331 -18.914
    F4 #4 18.522 2.153 -16.756
    F7 #7 16.377 2.022 -16.365
    F6 #6 16.835 2.308 -19.857
    F8 #8 15.335 2.117 -18.282



    Urutan tidak masalah, karena yang diperlukan hanya koordinat atom dalam molekul saja.

    Pada molekul IF7 I sebagai atom pusat dengan koordinat berwarna merah.
    F2 #2, dan F3 #3 adalah atom yang akan kita manipulasi untuk digantikan dengan cuping sebagai sebagai tanda pasangan elektron bebas.

  4. Menulis perintah (kode)

    1. isosurface ID "iso2" select ({0:5}) center {17.175 2.186 -18.035} color translucent [x1caa1f] scale 2.0 lobe {0.170 -3.965 -0.179 0.6};

    2. isosurface ID "iso3" select ({0:5}) center {17.175 2.186 -18.035} color translucent [x1caa1f] scale 2.0 lobe {-0.179 3.965 0.17 0.6};

      Maksud kode:
      isosurface ID "iso2" : akan ditampilkan permukaan rapatan elektron dengan id iso2.
      select ({0:5}): akan dipilih atom sebagai acuan dalam hal ini 0  sebagai penanda atom dengan nomor atom 1, dan 5 sebagai penanda atom dengan nomor atom 6. Jadi atom acuannya mulai dari atom 0 hingga atom 5.
      center {17.175 2.186 -18.035}: ini adalah koordinat atom pusat dalam tutorial ini adalah koordinat atom I1 #1
      color translucent [x1caa1f]: ini adalah pewarnaan isosurface dari cuping (lobe) yang bersifat transparan dengan kode warna [x1caa1f].
      scale 2.0: yah ini ukuran penskalaan besarnya cuping, dicoba saja ukurannya yang pas berapa.
      lobe {0.17 -3.965 -0.179 0.6}: penentu posisi cuping, sila dicoba dengan acuan {x y z lebar cuping}. Sila atur geser ke arah mana terhadap sumbu xyz-nya. Pada axis sumbu XYZ di ujung garis sumbu berarti arah positif sedang di ujung lain berarti arah negatif.

    3. Tampilannya akan seperti berikut:



      Dalam konsul tulisan hitam merupakan input dari pengguna, tulisan biru merupakan teks output yang dihasilkan Jmol.

  5. Setelah cuping yang dikehendaki berhasil ditampilkan atom F2 dan F3 akan dihapus dengan menggunakan perintah:
    delete @2; delete @3. Tanda @2 dan @3 ini merupakan penomoran untuk atom F2 #2 dan F3 #3.


    Silakan manipulasi warna atom misalnya warna khas I diganti menjadi warna khas Xe.
    select @1;
    color [66,158,176]

    Hasil terakhirnya akan seperti berikut:


    Jangan lupa menghilangkan garis axis xyz dengan membuang tanda centang Axes dari menu Display Jmol.

    Tentang pewarnaan basis yang digunakan pada Jmol dapat disimak di sini.
Demikian tutorial Jmol, ikuti terus pemutakhiran blog ini untuk pembahasan penggunaan Jmol berikutnya. Mohon koreksi bila ada yang belum tepat. Terima kasih.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2020 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info