Memanipulasi Struktur Molekul 3D yang Sulit Ditampilkan Cuping dan PEB Menggunakan Jmol

Rabu, 13 Oktober 2021 edit

 Bila ingin menampilkan cuping dan pasangan elektron bebas strutkur molekul 3D di Jmol biasanya dapat dilakukan secara langsung menggunakan perintah di Console lcaocartoon atau lcaocartoon lonepair ditambah identitas orbital hibrida atom pusat molekul. Namun beberapa di antaranya tidak dapat dilakukan dengan perintah tersebut. Berikut ini cara memanipulasi struktur molekul 3D agar cuping dan PEB dapat divisualkan. Dicontohkan pada struktur molekul XeF2.

Xe ini merupakan molekul yang mempunyai 5 domain, terdiri dari 2 domain pasangan elektron ikatan Xe–F dan 3 domain pasangan elektron bebas (PEB). Oleh karena itu perlu disiapkan posisi PEB dan cuping yang akan menempati ekuatorial dalam struktur molekul. Di sini untuk dapat menempatkan PEB dan cuping lebih dahulu memanipulasi struktur XeF2 dengan menambah 3 ikatan Xe–H di posisi ekuatorial. Setelah PEB dan cuping dapat ditampilkan 3 atom H akan disembunyikan.

Langkah-1 Membuat struktur molekul "XeF2H3" di ChemDraw.
  1. Membuat struktur molekul yang terdiri dari 5 garis ikatan.
  2. Memberi label Xe pada atom pusat
  3. Melakukan Clean Up structure melalui menu Structure 
  4. Melakukan 3D Clean Up melalui menu Structure 
  5. Memberi label F pada posisi aksial
  6. Memberi label H pada posisi ekuatorial
  7. Menyimpan struktur dalam formal MDL molfile (*.mol), misal file diberi nama XeF2 manipulasi.mol. Bila tidak ingin membuat sendiri silakan unduh file yang dimaksud dengan klik tautan ini.
Langkah-2 Menampilkan cuping dan PEB XeF2 di Jmol
  1. Membuka aplikasi Jmol
  2. Membuka (load) file XeF2 manipulasi.mol
  3. Membuka Console Jmol melalui menu File
  4. Memberi label berupa nomor (label %a) agar mudah mengenali posisi setiap atom dan memberi identitas orbital hibrida.
  5. Melakukan seleksi atom pusat Xe (select @1) dengan asumsi Xe memiliki indeks 1.
  6. Menampilkan cuping dengan perintah lcaocartoon scale 1.5 color translucent yellow create "sp3de" create "sp3da" create "sp3db".
    Create "sp3de" artinya akan dimunculkan cuping di posisi H6;
    Create "sp3db" artinya akan dimunculkan cuping di posisi H3;
    Create "sp3da" artinya akan dimunculkan cuping di posisi H2.
  7. Menampilkan PEB dengan perintah lcaocartoon lonepair scale 1.6 color red create "sp3de" create "sp3da" create "sp3db".
  8. Selesai. Struktur ini dapat disimpan melalui perintah Export dari menu File, dan memberi nama file yang berakhiran .spt. Misal nama filenya XeF2.spt.
Visual XeF2 dengan tampilan cuping dan PEB-nya:



Lebih detail silakan akses tutorial dalam format video berikut.


KSJSS.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info