Memanipulasi Struktur Molekul dengan Orbital Hibrida Atom Pusat sp3d yang Tidak Dapat Menampilkan Lobe atau PEB di Jmol

Prinsip untuk menambahkan cuping (lobe) dan pasangan elektron bebas (PEB) yang ditandai dengan 2 tanda titik harus lebih dahulu mengetahui koordinat posisi cuping/PEB tersebut. Cara termudah adalah dengan memanipulasi struktur yang sudah teroptimasi menggunakan ChemDraw.

Detail tutorial format video berikut.

---

Detail Tutorial format teks prosedurnya sebagai berikut.

1. Membuat atau mencari struktur molekul yang mempunyai orbital hibrida atom pusat sp³d, dimisalkan SeF₄. File struktur molekul SeF₄ format xyz (klik di sini untuk mengunduhnya) dan yang sudah dimanipulasi dapat diunduh di sini. Bila sudah mendownload file ini sila lanjut ke langkah-3.
   
   
2. Memanipulasi struktur  SeF₄ menggunakan aplikasi ChemDraw untuk menambahkan atom H pada posisi PEB, kemudian menyimpan file hasil manipulasi dengan format yang sama.
   
   
3. Mengetahui koordinat atom pusat (dalam contoh ini adalah Se) dan atom H yang akan diisi oleh PEB. File hasil manipulasi di langkah-2 dibuka menggunakan aplikasi notepad (atau teks editor lain). Catat koordinat atom pusat Se dan H.
   
   
4. Membuka file hasil langkah-2 dengan menggunakan Jmol.
   
   
5. Membukan Console Jmol dari menu File > Console.
6. Memberi label setiap atom dengan perintah di Console
   $ label %a;
   
   
7. Mengubah ukuran font label 
   $ font label 18;
   
   
8. Memosisikan agar label di tengah atom, melalui menu Display > Label > Centered
   
   
9. Mengubah warna label menjadi merah melalui perintah klik kanan area kerja Jmol dan memilih Color > Label > Red.
   
   
10. Menyembunyikan atom H dengan perintah di Console
    $ hide @6; 
    Di sini diasumsikan atom H berlabel H6.
    
    
11. Memberi perintah seperti di bawah ini. 
    
    $ select @1;
    lcaoCartoon ID "lcao_1_sp3de" center {0.1322 0.0714 0.0310} scale 1.5 LOBE {-1.1867 0.8329 0.0310 0.7} ATOMINDEX 0; 
    color lcaoCartoon translucent 0.5 white;
    
    $ lcaoCartoon ID "lp_1_sp3de" center {0.1322 0.0714 0.0310} scale 1.7 LP {-1.1867 0.8329 0.0310 0.7} ATOMINDEX 0; 
    color lcaoCartoon opaque red;

Keterangan perintah: 
"lp_1_sp3de"
merupakan ID dari LOBE (cuping) untuk orbital hibrida sp³d kelima (ke-e)

"lp_1_sp3de"
merupakan ID dari lonepair (PEB) untuk orbital hibrida sp³d kelima (ke-e)

{0.1322 0.0714 0.0310}
3 parameter ini merupakan koordinat atom pusat

scale 1.5
merupakan skala dari cuping

{-1.1867 0.8329 0.0310 0.7}
3 parameter pertama ini merupakan koordinat atom H (sebagai koordinat sumbu utama untuk cuping dan PEB), dan parameter keempat (0,7) mendefinisikan rasio dua sumbu tegak lurus lainnya terhadap sumbu utama.

LP
merupakan lone pair (PEB)

color lcaoCartoon translucent 0.5 white;
warna transparan putih 50% untuk cuping.

color lcaoCartoon opaque red;
warna solid merah untuk dot PEB.

Berikut ini koordinat hasil manipulasi file SeF4.

KSJSS.