Trik Menampilkan Geometri Elektron Molekul yang Mempunyai PEB Menggunakan Jmol

Jumat, 18 Juni 2021 edit

Jmol secara standar dapat menampilkan geometri molekul dengan menggunakan perintah POLYHEDRA di Console Jmol. Berbeda dengan geometri elektron, diperlukan manipulasi struktur molekul bila ia mengandung pasangan elektron bebas (PEB). Tentu saja ini sebatas menampilkan geometri elektron untuk pengajaran geometri molekul. Skenarionya, muat molekul 3D yang mengandung PEB dengan benar; tambahkan atom X pada posisi PEB, sembunyikan atom X, tampilkan PEB pada posisi atom X. Simak detailnya. Dicontohkan akan memanipulasi molekul air agar dapat menampilkan geometri elektronnya.
  1. Unduh lebih dahulu file H2O.mol,  klik di sini untuk mengunduhnya.

  2. Buka aplikasi Jmol.

  3. Muat file H2O.mol hasil unduhan dari langkah-1.
    Klik toolbar Folder pada Jmol.
    Arahkan ke file H2O.mol, klik file H2O.mol dan klik tombol Open.

  4. Tampilkan indeks setiap atom dalam H2O.mol.
    Klik menu Display > Label > klik Number.
    Ubah warna label dengan klik kanan area kerja Jmol > Color > Label > klik Blue.

  5. Buka Console Jmol

  6. Di Console ketik perintah untuk menyeleksi atom O dengan indeks #1. 
    $ select @1
    Kemudian tekan tombol Enter di keyboard. Ingat setiap eksekusi perintah di Console Jmol harus menekan tombol Enter.

  7. Ketik perintah untuk memunculkan 2 cuping PEB
    $ lcaocartoon scale 1.23 color translucent yellow create "sp3d" create "sp3c"

  8. Munculkan mode ModelKit dengan cara klik Toolbar dengan gambar molekul metana.

  9. Tambahkan atom H pada cuping PEB, dan atur hingga posisinya tepat di tengah PEB.

    Caranya lihat gambar berikut, kemudian klik model oksigen dengan bola warna merah di layar Jmol, seret ke arah tengah PEB.
    Lakukan dengan cara yang sama untuk PEB yang lain.
    Atur posisi atom H yang baru ditambahkan dengan klik drag atom pada mode ModelKit.

  10. Sembunyikan atom H hasil penambahan (H#4 dan H#5).
    Kembali ke layar Console, ketik perintah $ hide @5 or @4.
    @4 dan @5 merupakan indeks atom H hasil penambahan secara manual, bila bukan berindeks 4 dan 5 sila disesuaikan.
    Dua atom H ini akan tersembunyi sehingga tampilan akan seperti pada langkah-7.

  11. Di Console, ketik perintah
    select @1; polyhedra; color polyhedra translucent white; polyhedra edges;
    Ini untuk menampilkan geometri elektron molekul air.

  12. Selesai.

Tutorial format video:



Bila ingin menyimpan file molekul seperti keadaan terakhir dibuat, klik menu File > export > Write State. Beri nama file dengan menambah ekstensi titik spt (.spt). File ini dapat langsung dibuka pada lain waktu dengan keadaan yang sama dengan ketika diekspor.

KSJSS.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info