Menampilkan molekul 3D tidaklah sulit! Cukup dengan sedikit pengetahuan tentang format SMILES (representasi teks struktur kimia) dan mengikuti tutorial di bawah ini. Kita dapat langsung membuka berbagai molekul interaktif di tab browser baru menggunakan layanan JSMOL dari St. Olaf College. Cukup masukkan SMILES, klik tombol, dan nikmati visualisasi 3D yang bisa dirotasi, dizoom, dan diekspor.
Tampilkan postingan dengan label Molekul 3D. Tampilkan semua postingan
Tampilkan postingan dengan label Molekul 3D. Tampilkan semua postingan
Rumus Penentuan Koordinat Ideal Molekul 3D
Rabu, 04 Maret 2026
Artikel ini menjelaskan dasar matematis dan geometri yang digunakan dalam kalkulator koordinat molekul. Semua perhitungan mengasumsikan geometri ideal berdasarkan teori Domain Elektron dan Tolakan Pasangan Elektron Valensi (VSEPR) dengan sudut sempurna.
Kalkulator Koordinat Ideal Atom pada Molekul 3D (Output SDF, XYZ, JSON Khusus) dan Penampilnya
Kalkulator koordinat ideal atom-atom molekul secara 3D dapat dihitung menggunakan prinsip matematika. Rumus dan contoh serta daftar lengkap dapat dilihat di sini.
Koordinat ini selanjutnya dapat dimanfaatkan untuk membuat visual molekul 3D secara mandiri tanpa menggunakan aplikasi penggambar molekul 3D.Untuk pratinjau dapat dilihat pada kotak bagian bawah.
Konverter Koordinat Molekul 3D Format SDF ke JS
Selasa, 03 Maret 2026
Alat ini dibuat untuk kebutuhan admin blog dalam membuat kode JS untuk kebutuhan visualisasi molekul 3D dari format SDF standar ke format kustomasi di JS menggunakan Three.js. FIle SDF sendiri dapat dibuat dengan menggunakan Open Babel GUI yang digenerate dari format SMILES. Untuk Open Babel versi online dapat diakses dari sini. Pihak lain dapat menggunakan bila mempunyai tujuan serupa.
Visual Pemodelan 3D Geometri Elektron dan Bentuk Molekul
Senin, 02 Maret 2026
Simulasi ini memvisualisasikan geometri molekul berdasarkan teori VSEPR (Valence Shell Electron Pair Repulsion), teori yang menjelaskan bentuk molekul berdasarkan tolakan antar pasangan elektron di sekitar atom pusat.
Setiap baris menampilkan dua tampilan berdampingan: Geometri Elektron (kiri) yang menggambarkan semua domain elektron termasuk Pasangan Elektron Bebas (PEB), dan Geometri Molekul (kanan) yang menggambarkan bentuk nyata molekul berdasarkan posisi atom-atomnya saja.
Pengunduh File 3D Format SDF dari Pubchem dengan Input SMILES
Sabtu, 31 Januari 2026
Aplikasi ini memungkinkan pengguna mengambil koordinat 3D molekul dari database PubChem menggunakan kode SMILES sebagai input. Cukup masukkan satu atau beberapa kode SMILES (Simplified Molecular-Input Line-Entry System) per baris, dan aplikasi akan secara otomatis mengunduh data struktur dalam format SDF (Structure Data File). Output dapat berupa file SDF lengkap atau versi sederhana yang hanya berisi informasi koordinat hingga M END. Berguna untuk visualisasi molekul, penelitian kimia komputasi, atau analisis struktur dengan software seperti PyMOL, Chimera, atau Avogadro. Khusus untuk Preview 3D Molekul hanya bisa dimunculkan bila pengguna memasukkan 1 struktur molekul saja.
Add-ons Geometri Molekul untuk Blender Minimal Versi 4.3.0
Jumat, 20 Juni 2025
Berikut ini hasil belajar membuat add-ons untuk Blender 3D. Add-ons ini untuk membuat berbagai bentuk molekul umum yang digunakan untuk pengajaran kimia. Bentuk yang tersedia: oktahedral dan turunannya, bipiramida segitiga dan turunannya, tetrahedral dan turunannya, trigonal dan turunannya, dan linier.
Tutorial Blender Dasar: Membuat Model Molekul ala Molymod
Senin, 04 Desember 2023
Berikut ini tutorial Blender untuk membuat model molekul 3D ala molymod bagi yang baru mengenal aplikasi Blender. Untuk mengikuti tutorial ini setidaknya ada dua add-ons blender yang harus diaktifkan lebih dahulu, yaitu Add Mesh: Extra Objects dan Interface: 3D Viewport Pie Menus. Sila buka aplikasi Blender kemudian akses menu Edit > Preferences > Add-Ons kemudian cari 2 add-ons tersebut, kemudian beri tanda centang untuk kedua-duanya.
Tutorial Jmol dari Nol, Diterapkan pada Topik Geometri Molekul di MA-SMA-SMK
Senin, 14 Juni 2021
Tutorial ini dibagi menjadi 4 bagian. Bagian-1: Langkah-langkah Meng-install dan Menjalankan Jmol; Bagian-2: Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul; Bagian-3: Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol; Bagian-4: Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline.
Membuat Garis Lengkung atau Tanda Panah pada Molekul 3D di Jmol
Minggu, 30 Mei 2021
Petunjuk berupa tanda panah (selanjutnya ditulis panah saja) atau garis lengkung (curved) untuk menunjukkan sesuatu atau memberi keterangan pada visual 3D kadang diperlukan. Prosedurnya dengan melakukan perintah DRAW ARROW atau DRAW CURVE, diikuti perintah SET PICKING DRAW. Silakan simak detail dan contoh penerapannya.
Cara Khusus untuk Memunculkan PEB pada SF4
Kamis, 27 Mei 2021
Secara umum Jmol dapat memunculkan atau menampilkan "awan pasangan elektron bebas" hanya dengan menggunakan perintah lcaocartoon create "tipe orbital hibridisasi dan posisinya". Namun untuk molekul SF4 bila ingin menampilkan "PEB" di posisi sp3de menggunakan perintah lcaocartoon create sp3de mapun perintah lcaocartoon lonepair create sp3de belum berhasil. Hal ini sempat dibahas di grup Jmol user namun belum ketemu juga solusinya. Sekarang di sini akan dijelaskan cara agar PEB SF4 dapat tampil dari menyimak teknik seperti pada contoh website vchem3d.univ-tlse3.fr. Simak penjelasannya berikut.
Bermain dengan Pencahayaan di Jmol
Minggu, 17 Januari 2021
Untuk membuat molekul 3D yang cantik diperlukan sedikit upaya. Ini dapat dilakukan dengan melakukan pengaturan pencahayaan. Di Jmol ini dapat dilakukan dengan mudah melalui konsol Jmol. Untuk mencoba langsung di Jmol offline di komputer, silakan buat molekul sederhana. Selanjutnya silakan buka konsul di Jmol melalui menu File >> Console. Bila belum punya Jmol silakan ikuti tutorialnya di sini. Untuk memuat (load) applet Jmol memerlukan waktu sedikit lebih lama memang.
Visualisasi 3D Molekul Menggunakan CID PubChem dengan 3DMol.JS di Web/Blog
Kamis, 07 Januari 2021
Alternatif untuk menampilkan (memvisualkan) molekul secara 3-Dimensi (3D) di web semakin mudah. Hanya dengan memasang kode dengan format tertentu molekul 3D yang cantik dapat ditampilkan. Syaratnya blog atau website yang digunakan memang mengizinkan penggunaan script. Molekul yang hendak ditampilkan pun tinggal menggunakan pada pangkalan data, sudah tersedia, kecuali kalau molekulnya khusus. Molekul 3D ini dapat diputar di perbesar/diperkecil dengan memainkan mouse atau dua jari di gawai. Bagaimana caranya simak kelanjutan tulisan ini.
Twirlymol, Alternatif Menambah Molekul 3D Interaktif di Laman Web
Selasa, 28 Januari 2020
Ada beberapa alternatif cara untuk menyisipkan model molekul 3D ke dalam halaman website/blog. Pada tulisan ini akan di diberikan tutorial cara menyisipkan molekul 3D interaktif menggunakan Twirlymol dengan menggunakan dojo.js. Cara lain pernah juga di tulis di Cara Mudah Menampilkan Model Molekul 3D Interaktif di Web/Blog ini basisnya Jmol.
Cara Mengunduh File Molekul 3D dari Aplikasi Web Berbasis Jmol
Kamis, 12 Desember 2019
Kadang kita tidak ingin membuat, mengoptimasi molekul yang akan kita muat di web sendiri, maunya praktis dan capat. Ok ini dapat dipenuhi bila web/blog lain sudah ada yang mengunggahnya lebih dahulu. Jadi kita dapat mengunduh molekul yang ada dalam aplikasi web berbasis Jmol. Caranya:
Cara Mudah Menampilkan Model Molekul 3D Interaktif di Web/Blog
Jumat, 18 Oktober 2019
Untuk menampilkan struktur molekul tiga dimensi (3D) sementara ini dapat dilakukan dengan mudah. Memanfaatkan layanan dari chemapps dot stolaf dot edu yang berbasis Jmol. Molekul-molekul berikut dapat diputar dan di zoom-in/out, diatur dari menu. Menu ini dapat diakses dengan klik kanan tulisan JSmol dan tunggu beberapa saat hingga menu pop-up muncul. Harap bersabar bila menu tidak segera muncul, karena ini memang diakses dari luar weblog ini.
Langganan:
Postingan (Atom)
