Konverter Koordinat Molekul 3D Format SDF ke JS

Alat ini dibuat untuk kebutuhan admin blog dalam membuat kode JS untuk kebutuhan visualisasi molekul 3D dari format SDF standar ke format kustomasi di JS menggunakan Three.js. FIle SDF sendiri dapat dibuat dengan menggunakan Open Babel GUI yang digenerate dari format SMILES. Untuk Open Babel versi online dapat diakses dari sini. Pihak lain dapat menggunakan bila mempunyai tujuan serupa.

Konverter Molekul Format SDF ke JS
Dirancang oleh Urip.Info

Cara Menggunakan:
Tempelkan blok atom & bond dari file SDF/Molfile di kotak input kiri
Klik Konversi
Hasilnya ada ditampilkan di kotak kanan, salin hasilnya

Input SDF / Molfile

Key / nama variabel

Info label (opsional)

—

Output Format JS Molecule Object

Tempel ke const M = { … } di viewer

Menunggu input …

—

📋 Cara Pakai & Format

# Format SDF yang didukung

Atom block (x y z Elem ...):
   0.9572   0.0000  -0.3370 O  ...
   1.8144   0.7654   0.0000 H  ...

Bond block (a1 a2 order ...):
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0

Didukung:
  • Hanya atom+bond block
  • Seluruh file .sdf / .mol
  • V2000 dengan atau tanpa header

Kolom setelah simbol elemen diabaikan. Bond index otomatis dikurangi 1.

# Output yang dihasilkan

H2O: {
  info: 'H₂O | Air | Bengkok 104.5°',
  atoms: [
    {e:'O', x: 0.0000, y: 0.0000, z: 0.0000},
    {e:'H', x: 0.9572, y: 0.0000, z:-0.3370},
    {e:'H', x:-0.9572, y: 0.0000, z:-0.3370},
  ],
  bonds: [
    {a:0, b:1, o:1},
    {a:0, b:2, o:1},
  ]
},

Koordinat otomatis di-center ke centroid. Tempel langsung ke viewer.