Menampilkan molekul 3D tidaklah sulit! Cukup dengan sedikit pengetahuan tentang format SMILES (representasi teks struktur kimia) dan mengikuti tutorial di bawah ini. Kita dapat langsung membuka berbagai molekul interaktif di tab browser baru menggunakan layanan JSMOL dari St. Olaf College. Cukup masukkan SMILES, klik tombol, dan nikmati visualisasi 3D yang bisa dirotasi, dizoom, dan diekspor.
Tampilkan postingan dengan label Molekul 3D. Tampilkan semua postingan
Tampilkan postingan dengan label Molekul 3D. Tampilkan semua postingan
Rumus Penentuan Koordinat Ideal Molekul 3D
Rabu, 04 Maret 2026
Artikel ini menjelaskan dasar matematis dan geometri yang digunakan dalam kalkulator koordinat molekul. Semua perhitungan mengasumsikan geometri ideal berdasarkan teori Domain Elektron dan Tolakan Pasangan Elektron Valensi (VSEPR) dengan sudut sempurna.
Kalkulator Koordinat Ideal Atom pada Molekul 3D (Output SDF, XYZ, JSON Khusus) dan Penampilnya
Kalkulator koordinat ideal atom-atom molekul secara 3D dapat dihitung menggunakan prinsip matematika. Rumus dan contoh serta daftar lengkap dapat dilihat di sini.
Koordinat ini selanjutnya dapat dimanfaatkan untuk membuat visual molekul 3D secara mandiri tanpa menggunakan aplikasi penggambar molekul 3D.Untuk pratinjau dapat dilihat pada kotak bagian bawah.
Konverter Koordinat Molekul 3D Format SDF ke JS
Selasa, 03 Maret 2026
Alat ini dibuat untuk kebutuhan admin blog dalam membuat kode JS untuk kebutuhan visualisasi molekul 3D dari format SDF standar ke format kustomasi di JS menggunakan Three.js. FIle SDF sendiri dapat dibuat dengan menggunakan Open Babel GUI yang digenerate dari format SMILES. Untuk Open Babel versi online dapat diakses dari sini. Pihak lain dapat menggunakan bila mempunyai tujuan serupa.
Visual Pemodelan 3D Geometri Elektron dan Bentuk Molekul
Senin, 02 Maret 2026
Simulasi ini memvisualisasikan geometri molekul berdasarkan teori VSEPR (Valence Shell Electron Pair Repulsion), teori yang menjelaskan bentuk molekul berdasarkan tolakan antar pasangan elektron di sekitar atom pusat.
Setiap baris menampilkan dua tampilan berdampingan: Geometri Elektron (kiri) yang menggambarkan semua domain elektron termasuk Pasangan Elektron Bebas (PEB), dan Geometri Molekul (kanan) yang menggambarkan bentuk nyata molekul berdasarkan posisi atom-atomnya saja.
Pengunduh File 3D Format SDF dari Pubchem dengan Input SMILES
Sabtu, 31 Januari 2026
Aplikasi ini memungkinkan pengguna mengambil koordinat 3D molekul dari database PubChem menggunakan kode SMILES sebagai input. Cukup masukkan satu atau beberapa kode SMILES (Simplified Molecular-Input Line-Entry System) per baris, dan aplikasi akan secara otomatis mengunduh data struktur dalam format SDF (Structure Data File). Output dapat berupa file SDF lengkap atau versi sederhana yang hanya berisi informasi koordinat hingga M END. Berguna untuk visualisasi molekul, penelitian kimia komputasi, atau analisis struktur dengan software seperti PyMOL, Chimera, atau Avogadro. Khusus untuk Preview 3D Molekul hanya bisa dimunculkan bila pengguna memasukkan 1 struktur molekul saja.
Langganan:
Postingan (Atom)
