Berikut ini kupasan dengan bahasa yang relatif mudah dipahami tentang sebuah abstrak hasil penelitian kimia komputasi. Abstrak ini merupakan hasil penelitian penulis tahun 2009. Saat ini komputasi kimia jauh lebih canggih, penelitian ini menjadi tampak seperti sudah kuno, namun setidaknya hal ini tetap dapat dijadikan sebagai wawasan awal mahasiswa yang tertarik dengan riset kimia komputasi.
Tampilkan postingan dengan label Kimia Komputasi. Tampilkan semua postingan
Tampilkan postingan dengan label Kimia Komputasi. Tampilkan semua postingan
Membedah Judul Tesis: QM/MM-MD pada Skandium di Amonia Cair
Jumat, 17 Juli 2026
Melanjutkan bahasan tentang metode-metode kimia komputasi dari yang sederhana hingga yang canggih, berikut akan diulas sebuah tesis yang pernah dibuat oleh pengolah blog urip.info tahun 2009. Untuk saat ini tema tesis ini memang sudah "uzur" tetapi untuk pembelajaran mengenal metode dalam kimia komputasi masih cukup relevan.
“SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER SKANDIUM(I) DI DALAM AMONIA CAIR
DENGAN METODE AB-INITIO MEKANIKA KUANTUM/MEKANIKA MOLEKULER”
Mengenal Metode Kimia Komputasi (dari Sederhana ke Canggih)
"Metode" dalam Kimia Komputasi
Sebelum kita mulai, penting untuk memahami bahwa "metode" dalam kimia komputasi adalah cara atau pendekatan yang kita gunakan untuk menyelesaikan persamaan fisika yang menggambarkan sistem molekul.
Bayangkan Anda ingin memprediksi bentuk dan energi sebuah molekul. Ada banyak cara untuk melakukannya:
Pengenalan Basis Set dalam Kimia Komputasi untuk Pemula
1. Apa Itu Basis Set?
Bayangkan Anda ingin menggambar awan elektron di sekitar atom (orbital). Dalam mekanika kuantum, bentuk awan elektron ini dijelaskan oleh fungsi gelombang (ψ). Sayangnya, fungsi gelombang yang sesungguhnya berbentuk sangat rumit dan tidak bisa dihitung secara langsung oleh komputer untuk molekul yang lebih besar dari atom hidrogen.
Kimia Komputasi vs. Komputasi Kimia
Kamis, 16 Juli 2026
Dalam literatur sains, istilah kimia komputasi dan komputasi kimia kerap digunakan secara bergantian. Keduanya sama-sama merujuk pada pemanfaatan metode komputasi untuk memahami struktur, sifat, dan perilaku sistem kimia, mulai dari molekul sederhana hingga material yang lebih kompleks.
Meski demikian, ada nuansa penekanan yang sering membedakan keduanya dalam pemakaian sehari-hari. Kimia komputasi umumnya dipahami sebagai bidang kimia yang menggunakan model matematis dan perangkat komputasi untuk menjawab pertanyaan-pertanyaan kimia, sedangkan komputasi kimia lebih menonjolkan sisi metode, algoritma, dan implementasi komputasional yang mendukung kajian tersebut. Dengan kata lain, perbedaannya bukan pada objek studinya, melainkan pada sudut pandang yang dipakai.
Kimia Komputasi di Balik Penemuan Obat Masa Kini
Artikel ini dibuat sebagai pengetahuan awal bagi siswa yang baru mengenal kimia dan manfaat belajar kimia, terutama kimia komputasi yang menjadi salah satu pilar terpenting dalam penemuan obat di abad ke-21.
Bayangkan Anda harus menemukan sebuah kunci yang bisa membuka ribuan gembok berbeda, tetapi Anda tidak boleh mencoba kunci itu langsung. Anda hanya bisa menebak bentuknya dari jauh, lalu memperkirakan mana yang paling cocok. Kira-kira seperti itulah tantangan dalam penemuan obat modern: mencari satu molekul yang tepat di antara lautan molekul lain yang jumlahnya sangat besar.
Mengenal Metode Numerik Runge‑Kutta (RK4) dan Aplikasinya dalam Kinetika Kimia
Selasa, 21 April 2026
Pendekatan komputasi untuk menyelesaikan persamaan laju reaksi yang kompleks
Dalam kinetika kimia, hukum laju reaksi dinyatakan sebagai Persamaan Diferensial Biasa (PDB) atau Ordinary Differential Equations (ODE) yang menghubungkan laju perubahan konsentrasi terhadap waktu.
Visualisasi Model Atom Modern/Kuantum (Orbital Atom) Menggunakan WebGl
Kamis, 12 Maret 2026
Orbital atom adalah fungsi gelombang matematika (ψ) yang menggambarkan peluang ditemukannya elektron di sekitar inti atom. Berbeda dengan "lintasan" dalam model Bohr, orbital tidak menunjukkan jalur pergerakan elektron, melainkan distribusi probabilitas keberadaannya dalam ruang tiga dimensi.
Bentuk orbital ditentukan oleh tiga bilangan kuantum: bilangan kuantum utama (n) yang menentukan ukuran dan tingkat energi, bilangan kuantum azimut (l) yang menentukan bentuk (s, p, d, f), dan bilangan kuantum magnetik (ml) yang menentukan orientasi di ruang.
Warna hijau pada visualisasi menunjukkan fase positif (+) fungsi gelombang, sedangkan oranye menunjukkan fase negatif (−), perbedaan fase ini penting dalam pembentukan ikatan kimia melalui overlap orbital.
Rumus Penentuan Koordinat Ideal Molekul 3D
Rabu, 04 Maret 2026
Artikel ini menjelaskan dasar matematis dan geometri yang digunakan dalam kalkulator koordinat molekul. Semua perhitungan mengasumsikan geometri ideal berdasarkan teori Domain Elektron dan Tolakan Pasangan Elektron Valensi (VSEPR) dengan sudut sempurna.
Konverter File SDF ke Format XYZ
Kamis, 15 Januari 2026
Aplikasi konverter SDF (Structure Data File) ke XYZ ini dirancang khusus untuk memudahkan konversi data struktur molekul 3D dari database PubChem ke format XYZ yang kompatibel dengan berbagai software kimia komputasi dan visualisasi molekul.
Urgensi Berbagai Model Visualisasi Molekul
Senin, 15 September 2025
Setiap model visualisasi molekul (ball-and-stick, space-filling, wireframe, ribbon/cartoon, dll.) dibuat bukan sekadar variasi gaya, tapi karena setiap representasi punya tujuan, fokus, dan informasi berbeda. Urgensinya adalah agar ilmuwan, pendidik, maupun pelajar dapat melihat aspek struktur molekul dari sudut pandang yang paling relevan dengan konteksnya. Berikut penjelasannya.
Membuat Cuping (Lobe) Pemodelan Bentuk Molekul Secara Manual di Jmol
Kamis, 02 Januari 2020
Untuk membuat tanda pasangan elektron bebas pada bentuk molekul beberapa sudah tersedia pada fitur Jmol dengan menggunakan perintah lcaoCartoon create "jenis orbital hibrida". namun untuk bentuk molekul yang tidak umum diperlukan cara atau trik dengan menggunakan fitur isosurface dan lobe. Berikut ini tutorial dengan memanipulasi model bentuk molekul IF7 menjadi model bentuk molekul XeF5–.
Model Orbital Atom Menggunakan File *.spt
Sabtu, 21 Desember 2019
Berikut ini adalah model-model orbital atom yang menggunakan file *.SPT. File *.SPT diunggah pada hostng tertentu, misalnya di sini diunggah melalui sites.google.com. File ini berupa kode-kode yang dihasilkan dari Jmol atau web app lain yang menggunakan basis Jmol. Penggunaannya lebih simpel namun untuk modifikasi langsung tidak dapat dilakukan. Untuk memodifikasinya harus mengedit file *.SPT-nya.
ChemCraft Pemodelan Molekul/Kristal dengan Visual Cantik
Minggu, 17 November 2019
ChemCraft merupakan software yang dapat digunakan untuk visualisasi molekul atau kristal. Software atau aplikasi ini support berbagai format file kimia komputasi pada umumnya. Untuk menggunakan ChemCraft ini tidak perlu diinstall, cukup download, ekstrak file zip untuk windows 64 bit dan klik ganda file ChemCraft.exe. Bila tidak yakin sistem operasi yang digunakan silakan unduh yang versi 32 bit saja.
Langganan:
Postingan (Atom)
