Ini adalah cara mudah menurut penulis yang baru mengenal Blender. Blender mempunyai alat yang sangat banyak. Oleh karena itu mengkreasi suatu objek 3D dapat dilakukan dengan berbagai cara, disesuaikan dengan kemampuan pengguna termasuk membuar sel satuan (unit cell). Secara manual sel satuan dapat dibuat menggunakan Blender, seperti satuan sel kubus sederhana, kubus pusat muka, kubus pusat badan, namun ada cara yang lebih mudah.
Menampilkan postingan yang diurutkan menurut tanggal untuk kueri jmol. Urutkan menurut relevansi Tampilkan semua postingan
Menampilkan postingan yang diurutkan menurut tanggal untuk kueri jmol. Urutkan menurut relevansi Tampilkan semua postingan
Tutorial Blender Dasar: Membuat Warna Transparan/Translusen di Blender
Rabu, 05 Januari 2022
Ketika ingin membuat visual bentuk molekul menggunakan Aplikasi Blender, kadang membutuhkan "warna bentuk molekul" yang bersifat transparan atau tembus cahaya. Di Jmol hal ini dapat dilakukan dengan mudah menggunakan perintah color translucent "nama warna". Bagi pengguna pemula Blender ini untuk membuat warna transparan tidak semudah yang diduga, perlu beberapa langkah. Berikut caranya.
Memanipulasi Struktur Molekul dengan Orbital Hibrida Atom Pusat sp3d yang Tidak Dapat Menampilkan Lobe atau PEB di Jmol
Rabu, 20 Oktober 2021
Prinsip untuk menambahkan cuping (lobe) dan pasangan elektron bebas (PEB) yang ditandai dengan 2 tanda titik harus lebih dahulu mengetahui koordinat posisi cuping/PEB tersebut. Cara termudah adalah dengan memanipulasi struktur yang sudah teroptimasi menggunakan ChemDraw.
Memanipulasi Struktur Molekul 3D yang Sulit Ditampilkan Cuping dan PEB Menggunakan Jmol
Rabu, 13 Oktober 2021
Bila ingin menampilkan cuping dan pasangan elektron bebas strutkur molekul 3D di Jmol biasanya dapat dilakukan secara langsung menggunakan perintah di Console lcaocartoon atau lcaocartoon lonepair ditambah identitas orbital hibrida atom pusat molekul. Namun beberapa di antaranya tidak dapat dilakukan dengan perintah tersebut. Berikut ini cara memanipulasi struktur molekul 3D agar cuping dan PEB dapat divisualkan. Dicontohkan pada struktur molekul XeF2.
Menampilkan PEB dan Cuping (Lobe) pada Molekul Menggunakan JMOL
Kamis, 30 September 2021
Jmol merupakan penampil struktur molekul 3D yang sangat bagus. Untuk menampilkan geometri molekul dengan dilengkapi cuping (lobe) dan 2 tanda titik sebagai representasi 1 pasang elektron bebas (PEB). Agar dapat melakukan itu semua pengguna harus paham jenis orbital hibrida setiap molekul yang ingin ditampilkan, Jmol tidak dapat melakukan hal ini secara otomatis. Perintah yang dapat diberikan melalui Console Jmol untuk tujuan tersebut juga relatif sederhana. Perintah lcaocartoon untuk menampilkan cuping, dan lcaocartoon lonepair untuk menampilkan tanda 2 titik sebagai representasi PEB.
Berikut ini penjelasan untuk menampilkan PEB untuk masing-masing orbital hibrida dalam molekulnya. Untuk molekul tanpa PEB tidak diberikan dalam catatan penjelasan ini.
Download Visual 3D Orbital Atom Offline
Rabu, 23 Juni 2021
Orbital atom saat ini sudah dapat ditampilkan secara 3D. Aplikasi penampil 3D orbital atom berbasis web Jsmol ini terdapat di sini. Tentu saja ini hanya dapat dibuka ketika kita tersambung dengan internet. Bila kita ingin mengaksesnya secara offline, caranya dengan mengunduh semua file yang terkait dengan aplikasi tersebut, dan memodifikasi file html-nya. Untuk mengunduhnya dapat menggunakan WinHTTrack. Bila tidak mau repot silakan lanjutkan tulisan ini. 😉
Trik Menampilkan Geometri Elektron Molekul yang Mempunyai PEB Menggunakan Jmol
Jumat, 18 Juni 2021
Jmol secara standar dapat menampilkan geometri molekul dengan menggunakan perintah POLYHEDRA di Console Jmol. Berbeda dengan geometri elektron, diperlukan manipulasi struktur molekul bila ia mengandung pasangan elektron bebas (PEB). Tentu saja ini sebatas menampilkan geometri elektron untuk pengajaran geometri molekul. Skenarionya, muat molekul 3D yang mengandung PEB dengan benar; tambahkan atom X pada posisi PEB, sembunyikan atom X, tampilkan PEB pada posisi atom X. Simak detailnya.
Tutorial Jmol dari Nol, Diterapkan pada Topik Geometri Molekul di MA-SMA-SMK
Senin, 14 Juni 2021
Tutorial ini dibagi menjadi 4 bagian. Bagian-1: Langkah-langkah Meng-install dan Menjalankan Jmol; Bagian-2: Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul; Bagian-3: Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol; Bagian-4: Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline.
Membuat Garis Lengkung atau Tanda Panah pada Molekul 3D di Jmol
Minggu, 30 Mei 2021
Petunjuk berupa tanda panah (selanjutnya ditulis panah saja) atau garis lengkung (curved) untuk menunjukkan sesuatu atau memberi keterangan pada visual 3D kadang diperlukan. Prosedurnya dengan melakukan perintah DRAW ARROW atau DRAW CURVE, diikuti perintah SET PICKING DRAW. Silakan simak detail dan contoh penerapannya.
Cara Menyimpan File 3D ke Format XYZ dari Data CCCBDB
Kamis, 27 Mei 2021
Format file XYZ merupakan format sederhana untuk struktur molekul. Susunan dalam berkas ini dibagi 3 bagian. Baris pertama berisi informasi jumlah atom, baris kedua berisi komentar terkait data struktur, baris ketiga berisi simbol atom (atau nomor atom) disertai koordinat Cartesian di kolom berikutnya.
Cara Khusus untuk Memunculkan PEB pada SF4
Secara umum Jmol dapat memunculkan atau menampilkan "awan pasangan elektron bebas" hanya dengan menggunakan perintah lcaocartoon create "tipe orbital hibridisasi dan posisinya". Namun untuk molekul SF4 bila ingin menampilkan "PEB" di posisi sp3de menggunakan perintah lcaocartoon create sp3de mapun perintah lcaocartoon lonepair create sp3de belum berhasil. Hal ini sempat dibahas di grup Jmol user namun belum ketemu juga solusinya. Sekarang di sini akan dijelaskan cara agar PEB SF4 dapat tampil dari menyimak teknik seperti pada contoh website vchem3d.univ-tlse3.fr. Simak penjelasannya berikut.
Cara Mengunduh Struktur Molekul 3D dari Pubchem
Senin, 24 Mei 2021
Banyak sumber untuk memperoleh file-file struktur molekul 3D. Format file yang umum adalah *.sdf, *.mol, *.xyz, *.pdb, *.cml, *.log, *.com. Salah satu sumber penyedia file dengan format sdf adalah Pubchem. Di website ini file 3D disediakan format *.sdf. Namun pengguna bisa saja menyalinnya ke format *.mol. Bagaimana cara mengunduhnya?
Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul
Jumat, 21 Mei 2021
Banyak kemampuan Jmol yang memang tidak disediakan melalui menu Jmol yang hanya klak-klik dan hanya dapat dilakukan melalui Console. Oleh karena itu fokus tutorial Jmol di sini menggunakan Console. Sementara penggunaan menu yang sudah dapat dilakukan melalui graphic user interface silakan dijelajah sendiri.
Langkah-langkah Memasang (Meng-install) dan Menjalankan Jmol
Kamis, 20 Mei 2021
Berikut ini tutorial secara terperinci untuk memasang dan menjalankan Jmol. Jmol yang dimaksud di sini adalah aplikasi yang memang berjalan secara mandiri di komputer. Tutorial ini dibuat untuk mengawali tutorial penggunaan Jmol untuk pengajaran bahasan geometri molekul yang akan ditulis secara berseri, tulisan ini dan 2 tulisan lainnya. Tutorial ini dapat diunduh dalam format pdf pada tautan pada akhir laman ini.
Membuat Screen Capture Animasi Molekul di Jmol
Rabu, 19 Mei 2021
Untuk kebutuhan tertentu kadang diperlukan cuplikan layar (screen capture) animasi molekul yang dibuat di Jmol. Format yang biasa digunakan adalah gif ter-animasi. Sebelum melakukan itu pastikan di komputer terdapat aplikasi Jmol. Membuat model molekul dan menjalankan dalam mode ter-animasi, misalnya dengan mengaktifkan spin-nya. Menjalankan hanya sebaris perintah di Console. Tunggu beberapa saat dan selesai. Untuk detailnya silakan lanjut menyimak artikel ini atau video tutorial.
Mengunduh dan Menjalankan Aplikasi GeoMol secara Offline
Senin, 17 Mei 2021
Mempelajari geometri molekul dapat dilakukan dengan bantuan aplikasi Jmol. Dengan syarat paham caranya. Selain itu dapat menggunakan aplikasi yang dibuat pihak lain, seperti yang dibuat dan dibagikan admin urip.info. Aplikasi ini menggunakan Jsmol. Di mana dan bagaimana menjalankan aplikasi siap saji ini, sila lanjut simak artikel ini.
Perintah Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul
Sabtu, 15 Mei 2021
Mengajar topik geometri molekul menggunakan Jmol pada pelajaran kimia di MA/SMA/SMK dimungkinkan membantu guru dan siswa dalam memahami pola bentuk molekul. Jmol merupakan salah satu aplikasi yang dapat menampilkan model molekul secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi secara langsung dengan model molekul. Namun Jmol hingga saat ini belum menyediakan menu model GUI (yang tinggal klak-klik) yang dibutuhkan untuk pengajaran geometri molekul. Semua itu dapat di atasi melalui perintah teks di konsul (console) semua dapat dilakukan. Perlu pembiasaan agar terampil memanfaatkannya. Berikut ini beberapa perintah dasar yang mendukung pengajaran geometri molekul.
Mengatur Label Besar Sudut dan Panjang Ikatan Molekul di Jmol
Untuk tujuan pembelajaran tertentu tampilan sudut atau panjang ikatan pada molekul dibuat berbeda dari yang seharusnya. di Jmol ini dapat dilakukan dengan cara manual, melalui submenu Console. Prinsipnya dengan mengatur lebih dahulu label untuk besar sudut atau panjang ikatan. Selanjutnya melakukan pengukuran sudut atau panjang ikatan dengan cara lazimnya di Jmol. Bagaimana detailnya simak lebih lanjut.
Cara Mewarnai Atom pada Lapisan Struktur Kisi Kristal di Jmol
Jumat, 05 Februari 2021
Menunjukkan visual yang jelas dalam struktur kisi kristal kadang diperlukan. Misalnya dengan memberikan warna berbeda pada setiap lapisan struktur kisi kristal. Jmol dapat memfasilitasi hal ini. Perintahnya dapat dilakukan melalui Console. Pewarnaan bisa saja berdasarkan lapisan atau dengan pertimbangan tertentu. Lapisan yang dicontohkan dalam tutorial ini dimulai dari pojok sel satuan abc. Bila baru pertama kali menggunakan Jmol sebaiknya simak lebih dahulu tutorial di sini.
Cara Menampilkan Struktur 3D Grafit dan Intan dengan Jmol
Kamis, 04 Februari 2021
Selama ini referensi visual grafit dan intan kebanyakan ditampilkan dalam format 2D. Semenjak adanya aplikasi Jmol tampilan grafit dan intan lebih mudah untuk divisualkan secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi untuk melakukan eksplorasi sifat dari struktur. Dalam tutorial ini file CIF untuk grafit dan intan diambil dari website crystallogaphy.net. Bila belum mempunyai Jmol silakan unduh dari sini.
Langganan:
Postingan (Atom)
