Berikut ini tutorial secara terperinci untuk memasang dan menjalankan Jmol. Jmol yang dimaksud di sini adalah aplikasi yang memang berjalan secara mandiri di komputer. Tutorial ini dibuat untuk mengawali tutorial penggunaan Jmol untuk pengajaran bahasan geometri molekul yang akan ditulis secara berseri, tulisan ini dan 2 tulisan lainnya. Tutorial ini dapat diunduh dalam format pdf pada tautan pada akhir laman ini.
Menampilkan postingan yang diurutkan menurut relevansi untuk kueri jmol. Urutkan menurut tanggal Tampilkan semua postingan
Menampilkan postingan yang diurutkan menurut relevansi untuk kueri jmol. Urutkan menurut tanggal Tampilkan semua postingan
Menjalankan Jmol Web Application secara Offline
Jumat, 22 November 2019
Potensi Jmol untuk dikembangkan menjadi media pembelajaran virtual 3D cukup besar. Beberapa contoh yang sudah ada dapat diadopsi dan dimodifikasi bahkan dikembangkan secara mandiri. Caranya adalah dengan membuat aplikasi berbasis web menggunakan Jmol. Tentu saja untuk bisa melakukan itu dibutuhkan kemampuan koding yang cukup. Pada tulisan kali ini akan dibahas cara membuka atau menjalan beberapa aplikasi yang sudah jadi secara luring (luar jaringan = offline).
Konversi File Model 3D Interaktif di Jmol ke Format U3D
Kamis, 30 Januari 2020
Untuk kebutuhan tertentu kadang perlu untuk memasukkan model interaktif 3D (tiga dimensi) ke dalam file pdf (Portable Document Format), misalnya. Model interaktif 3D yang dimaksud seperti model molekul 3D yang dapat ditampilkan dalam Jmol maupun aplikasi pengolah obyek 3D lainnya. Setidaknya sampai saat ini ada 2 format file 3D yang dapat dimasukkan dalam file pdf menggunakan tool Rich Media yaitu format U3D (Universal 3D), dan PRC (Product Representation Compact). Berikut cara mengubah file 3D terutama yang didukung oleh Jmol ke format u3d.
Cara Memasang dan Menjalankan Jmol di Windows
Kamis, 07 November 2019
Memasang aplikasi Jmol untuk pemodelan molekul tidak lebih dari unduh, ekstrak, dan jalankan aplikasinya. Yang sering terjadi pengguna tidak membaca manual atau tidak tahu file mana yang perlu diakses untuk membuka Jmol.
Menu Jmol: Mode ModelKit vs Menu Popup Klik Kanan
Sabtu, 25 Januari 2020
Menu Jmol sekilas tampaknya tidak lengkap dan seakan miskin kemampuan. Itu kesan pertama doeloe. Belum kenal Jmol. Sebagai software penampil 3D molekul Jmol ternyata powerfull. Ini karena kontribusi banyak orang. Jmol bersifat opensource. Di balik kesederhanaan sebenarnya terdapat sumber yang luar biasa (dapat dilakukan via konsul). Memang tidak semua asal klak-klik terus jadi. Berikut ini pengenalan menu-menu Jmol.
Menampilkan PEB dan Cuping (Lobe) pada Molekul Menggunakan JMOL
Kamis, 30 September 2021
Jmol merupakan penampil struktur molekul 3D yang sangat bagus. Untuk menampilkan geometri molekul dengan dilengkapi cuping (lobe) dan 2 tanda titik sebagai representasi 1 pasang elektron bebas (PEB). Agar dapat melakukan itu semua pengguna harus paham jenis orbital hibrida setiap molekul yang ingin ditampilkan, Jmol tidak dapat melakukan hal ini secara otomatis. Perintah yang dapat diberikan melalui Console Jmol untuk tujuan tersebut juga relatif sederhana. Perintah lcaocartoon untuk menampilkan cuping, dan lcaocartoon lonepair untuk menampilkan tanda 2 titik sebagai representasi PEB.
Berikut ini penjelasan untuk menampilkan PEB untuk masing-masing orbital hibrida dalam molekulnya. Untuk molekul tanpa PEB tidak diberikan dalam catatan penjelasan ini.
Membuat Cuping (Lobe) Pemodelan Bentuk Molekul Secara Manual di Jmol
Kamis, 02 Januari 2020
Untuk membuat tanda pasangan elektron bebas pada bentuk molekul beberapa sudah tersedia pada fitur Jmol dengan menggunakan perintah lcaoCartoon create "jenis orbital hibrida". namun untuk bentuk molekul yang tidak umum diperlukan cara atau trik dengan menggunakan fitur isosurface dan lobe. Berikut ini tutorial dengan memanipulasi model bentuk molekul IF7 menjadi model bentuk molekul XeF5–.
Mengatur Label Besar Sudut dan Panjang Ikatan Molekul di Jmol
Sabtu, 15 Mei 2021
Untuk tujuan pembelajaran tertentu tampilan sudut atau panjang ikatan pada molekul dibuat berbeda dari yang seharusnya. di Jmol ini dapat dilakukan dengan cara manual, melalui submenu Console. Prinsipnya dengan mengatur lebih dahulu label untuk besar sudut atau panjang ikatan. Selanjutnya melakukan pengukuran sudut atau panjang ikatan dengan cara lazimnya di Jmol. Bagaimana detailnya simak lebih lanjut.
Membuat Label Tertentu pada Atom (Tutorial Jmol)
Minggu, 05 Januari 2020
Untuk memunculkan label atom secara standar (default) dalam Jmol dapat dilakukan dengan klik menu Display → Label → [None (menghapus label), Symbol (menampilkan simbol atom), Name (menampilkan nama atom), Number (menampilkan nomor atom) | Centered (meletakkan label di posisi tengah bola atom), Upper right (menempatkan label di posisi kanan atas dari bola atom)]. Bagaimana jika ingin mengubah label-label itu untuk kebutuhan penanda tertentu? Berikut ini tutorialnya.
Trik Menampilkan Geometri Elektron Molekul yang Mempunyai PEB Menggunakan Jmol
Jumat, 18 Juni 2021
Jmol secara standar dapat menampilkan geometri molekul dengan menggunakan perintah POLYHEDRA di Console Jmol. Berbeda dengan geometri elektron, diperlukan manipulasi struktur molekul bila ia mengandung pasangan elektron bebas (PEB). Tentu saja ini sebatas menampilkan geometri elektron untuk pengajaran geometri molekul. Skenarionya, muat molekul 3D yang mengandung PEB dengan benar; tambahkan atom X pada posisi PEB, sembunyikan atom X, tampilkan PEB pada posisi atom X. Simak detailnya.
Tutorial Jmol dari Nol, Diterapkan pada Topik Geometri Molekul di MA-SMA-SMK
Senin, 14 Juni 2021
Tutorial ini dibagi menjadi 4 bagian. Bagian-1: Langkah-langkah Meng-install dan Menjalankan Jmol; Bagian-2: Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul; Bagian-3: Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol; Bagian-4: Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline.
Model Orbital Atom Menggunakan File *.spt
Sabtu, 21 Desember 2019
Berikut ini adalah model-model orbital atom yang menggunakan file *.SPT. File *.SPT diunggah pada hostng tertentu, misalnya di sini diunggah melalui sites.google.com. File ini berupa kode-kode yang dihasilkan dari Jmol atau web app lain yang menggunakan basis Jmol. Penggunaannya lebih simpel namun untuk modifikasi langsung tidak dapat dilakukan. Untuk memodifikasinya harus mengedit file *.SPT-nya.
Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul
Jumat, 21 Mei 2021
Banyak kemampuan Jmol yang memang tidak disediakan melalui menu Jmol yang hanya klak-klik dan hanya dapat dilakukan melalui Console. Oleh karena itu fokus tutorial Jmol di sini menggunakan Console. Sementara penggunaan menu yang sudah dapat dilakukan melalui graphic user interface silakan dijelajah sendiri.
Tutorial Jmol, Menampilkan Sisi Bidang Bentuk Molekul
Senin, 18 November 2019
Pada tulisan sebelumnya sudah dibahas cara Menampilkan Bentuk Molekul dengan Polyhedral Style Menggunakan Vesta. Kali ini akan dibahas cara menampilkan sisi bidang dari bentuk molekul (polihedra) menggunakan Jmol. Tutorial awal Jmol sudah ada di sini, silakan simak bila belum pernah mencoba menggunakan Jmol. Tutorial ini dibuat menggunakan Jmol versi 14.29.54 dalam sistem operasi Windows 10, untuk windows versi sebelumnya kurang lebih akan sama.
Cara Melihat Koordinat Orientasi Molekul 3D pada Jmol
Kamis, 23 Januari 2020
Untuk memosisikan visual molekul 3D diperlukan sedikit usaha untuk tahu orientasi/konfigurasi molekul sebelum dan setelah diubah seperti yang diharapkan. Dalam Jmol terdapat sub-menu konsul (Consule), dari sub-menu Konsul (baik dalam Jmol maupun Jsmol versi web) kita dapat melihat atau mendapatkan koordinat dari orientasi molekul. Berikut ini tutorialnya.
Membuat Screen Capture Animasi Molekul di Jmol
Rabu, 19 Mei 2021
Untuk kebutuhan tertentu kadang diperlukan cuplikan layar (screen capture) animasi molekul yang dibuat di Jmol. Format yang biasa digunakan adalah gif ter-animasi. Sebelum melakukan itu pastikan di komputer terdapat aplikasi Jmol. Membuat model molekul dan menjalankan dalam mode ter-animasi, misalnya dengan mengaktifkan spin-nya. Menjalankan hanya sebaris perintah di Console. Tunggu beberapa saat dan selesai. Untuk detailnya silakan lanjut menyimak artikel ini atau video tutorial.
Konversi File 3D dari Jmol dan Software 3D Lain Menggunakan MeshLab
Jumat, 31 Januari 2020
MeshLab merupakan salah satu aplikasi yang dapat digunakan untuk mengubah file 3D tertentu menjadi file 3D jenis lain. Misalnya akan mengubah file xyz menjadi file u3d, buka file xyz di MeshLab (freeware) kemudian Export Mesh As... Pilih jenis file yang dikehendaki dan klik Ok, selesai.
Cara Menampilkan Struktur 3D Grafit dan Intan dengan Jmol
Kamis, 04 Februari 2021
Selama ini referensi visual grafit dan intan kebanyakan ditampilkan dalam format 2D. Semenjak adanya aplikasi Jmol tampilan grafit dan intan lebih mudah untuk divisualkan secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi untuk melakukan eksplorasi sifat dari struktur. Dalam tutorial ini file CIF untuk grafit dan intan diambil dari website crystallogaphy.net. Bila belum mempunyai Jmol silakan unduh dari sini.
Cara Menampilkan PEB pada Molekul 3D Interaktif Aplikasi Web Jmol
Kamis, 12 Desember 2019
Pada tutorial ini dicontohkan menampilkan molekul 3D yang mmiliki pasangan elektron bebas (PEB) digambarkan berbentuk dot. Menggunakan perintah lcaoCartoon seperti yang biasa terlihat dalam buku teks. LCAO sendiri merupakan singkatan dari Linear Combination Of Atomic Orbital , kombinasi linear orbital-orbital dari atom pusat dengan orbital-orbital ligan dalam membentuk molekul.
Bermain dengan Pencahayaan di Jmol
Minggu, 17 Januari 2021
Untuk membuat molekul 3D yang cantik diperlukan sedikit upaya. Ini dapat dilakukan dengan melakukan pengaturan pencahayaan. Di Jmol ini dapat dilakukan dengan mudah melalui konsol Jmol. Untuk mencoba langsung di Jmol offline di komputer, silakan buat molekul sederhana. Selanjutnya silakan buka konsul di Jmol melalui menu File >> Console. Bila belum punya Jmol silakan ikuti tutorialnya di sini. Untuk memuat (load) applet Jmol memerlukan waktu sedikit lebih lama memang.
Langganan:
Postingan (Atom)
