Cara Menampilkan PEB pada Molekul 3D Interaktif Aplikasi Web Jmol

Kamis, 12 Desember 2019 edit

Pada tutorial ini dicontohkan menampilkan molekul 3D yang mmiliki pasangan elektron bebas (PEB) digambarkan berbentuk dot. Menggunakan perintah lcaoCartoon seperti yang biasa terlihat dalam buku teks. LCAO sendiri merupakan singkatan dari Linear Combination Of Atomic Orbital , kombinasi linear orbital-orbital dari atom pusat dengan orbital-orbital ligan dalam membentuk molekul.

Berikut ini dua contoh molekul yang memiliki PEB yang ditampilkan dalam bentuk 3D. Penampilan molekul 3D ini menggunakan aplikasi JMol yang menggunakan server dari Stolaf edu yang memang diijinkan untuk digunakan secara umum nonkomersial.


Inilah tampilan model molekul amoniak yang PEB-nya dapat ditampilkan dan disembunyikan dengan mencentang Check Box pada Jmol.


Silakan amati kode yang digunakan untuk melakukan hal tersebut, agar memperoleh kesimpulan sendiri.

<script src="https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?&amp;source=https://sites.google.com/site/uripsaja/file-mol/NH3opt.xyz&amp;inline&amp;width=360&amp;height=360" type="text/javascript"></script>
<div style="width: 360px;">
<script> jmolCheckbox('isosurface ON; select nitrogen; lcaocartoon translucent; lcaocartoon scale 1.2; lcaocartoon "sp3d"; lcaocartoon opaque; lcaocartoon color blue; lcaocartoon lonepair "sp3d"; center nitrogen; frank off; set ambient 70; moveto 1 1 0 0 -60 150;','lcaocartoon delete;lcaocartoon lonepair delete;','Tampilakan Dot PEB untuk Amoniak')</script></div>

Silakan salin kode tersebut ke blog/web sendiri.

Bila hanya ingin menampilkan PEB dalam bentuk dot yang terletak pada atom pusat N dapat dilakukan dengan sedikit memodifikasi kodenya, sehingga tampilannya akan seperti berikut. (Silakan beri tanda centang untuk menampilkan PEB dalam bentuk tanda dot)

<script src="https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?&amp;source=https://sites.google.com/site/uripsaja/file-mol/NH3opt.xyz&amp;inline&amp;width=360&amp;height=360" type="text/javascript"></script>
<div style="width: 360px;">
<script> jmolCheckbox('isosurface ON; select nitrogen; lcaocartoon translucent; lcaocartoon scale 1.2; lcaocartoon "sp3d"; lcaocartoon opaque; lcaocartoon color blue; lcaocartoon lonepair "sp3d"; center nitrogen; frank off; set ambient 70; moveto 1 1 0 0 -60 150;','lcaocartoon delete;','Tampilakan Dot PEB Saja')</script></div>
<div style="width: 360px;">
<script> jmolCheckbox('isosurface ON; select nitrogen; lcaocartoon translucent; lcaocartoon scale 1.2; lcaocartoon "sp3d"; lcaocartoon opaque; lcaocartoon color blue; lcaocartoon lonepair "sp3d"; center nitrogen; frank off; set ambient 70; moveto 1 1 0 0 -60 150;','lcaocartoon delete;','Tampilakan Dot PEB Saja')</script> </div>


Contoh lain misal model molekul air interaktif akan tampak berikut. Siladiputar di-zoom-out/in dengan scrool mouse.

Kode yang digunakan cukup seperti berikut, karena kita di awal sudah menyatakan menggunakan layanan dari Stolaf edu.

<div align="center"> <script> jmolApplet(300, 'load https://sites.google.com/site/uripsaja/file-mol/H2Oopt.xyz; select *; color cpk; wireframe .1; select hydrogen; spacefill .2; select oxygen; spacefill .3; select *; rotate x -60; rotate z 0; rotate y 20; zoom 160; background white; translate y 10; select oxygen; lcaocartoon translucent; lcaocartoon scale 1.2; lcaocartoon "sp3d"; lcaocartoon "sp3c"; lcaocartoon opaque; lcaocartoon color blue; lcaocartoon lonepair "sp3d"; lcaocartoon lonepair "sp3c";center oxygen; frank off; set ambient 60;') </script> </div>
Prinsip untuk peletakan PEB dalam molekul 3D tersebut adalah sebagai berikut.
Untuk molekul dengan orbital hibrida sp3 maka posisi PEB akan ditempatkan pada 4 posisi yang mungkin (a-b-c-d).

Pada NH3 maka posisi PEB ditempatkan pada posisi d, asumsinya posisi a-b-c sudah ditempati atom H.
Pada H2O maka posisi PEB ditempatkan pada posisi c dan d, asumsi poisis a dan b sudah ditempati atom H

Dengan prinsip yang sama kita juga dapat menggunakannya untuk orbital hibrida yang lain. Misal untuk sp3d, maka peluang posisi yang mungkin akan ada 5 (a-b-c-d-e). Biasa posisi PEB akan ditempatkan pada posisi akhir.

Sila simak detil tetang PEB pada penggambaran model molekul 3D menggunakan Jmol di sini atau di sini.
Bagikan di

1 komentar:

 
Copyright © 2015-2019 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info