Memanipulasi Struktur Molekul dengan Orbital Hibrida Atom Pusat sp3d yang Tidak Dapat Menampilkan Lobe atau PEB di Jmol

Prinsip untuk menambahkan cuping (lobe) dan pasangan elektron bebas (PEB) yang ditandai dengan 2 tanda titik harus lebih dahulu mengetahui koordinat posisi cuping/PEB tersebut. Cara termudah adalah dengan memanipulasi struktur yang sudah teroptimasi menggunakan ChemDraw.

Baca Selengkapnya » 0

Memanipulasi Struktur Molekul 3D yang Sulit Ditampilkan Cuping dan PEB Menggunakan Jmol

 Bila ingin menampilkan cuping dan pasangan elektron bebas strutkur molekul 3D di Jmol biasanya dapat dilakukan secara langsung menggunakan perintah di Console lcaocartoon atau lcaocartoon lonepair ditambah identitas orbital hibrida atom pusat molekul. Namun beberapa di antaranya tidak dapat dilakukan dengan perintah tersebut. Berikut ini cara memanipulasi struktur molekul 3D agar cuping dan PEB dapat divisualkan. Dicontohkan pada struktur molekul XeF₂.

Baca Selengkapnya » 0

Menampilkan PEB dan Cuping (Lobe) pada Molekul Menggunakan JMOL

Jmol merupakan penampil struktur molekul 3D yang sangat bagus. Untuk menampilkan geometri molekul dengan dilengkapi cuping (lobe) dan 2 tanda titik sebagai representasi 1 pasang elektron bebas (PEB). Agar dapat melakukan itu semua pengguna harus paham jenis orbital hibrida setiap molekul yang ingin ditampilkan, Jmol tidak dapat melakukan hal ini secara otomatis. Perintah yang dapat diberikan melalui Console Jmol untuk tujuan tersebut juga relatif sederhana. Perintah lcaocartoon untuk menampilkan cuping, dan lcaocartoon lonepair untuk menampilkan tanda 2 titik sebagai representasi PEB. 

Berikut ini penjelasan untuk menampilkan PEB untuk masing-masing orbital hibrida dalam molekulnya. Untuk molekul tanpa PEB tidak diberikan dalam catatan penjelasan ini.

Baca Selengkapnya » 0

Trik Menampilkan Geometri Elektron Molekul yang Mempunyai PEB Menggunakan Jmol

Jmol secara standar dapat menampilkan geometri molekul dengan menggunakan perintah POLYHEDRA di Console Jmol. Berbeda dengan geometri elektron, diperlukan manipulasi struktur molekul bila ia mengandung pasangan elektron bebas (PEB). Tentu saja ini sebatas menampilkan geometri elektron untuk pengajaran geometri molekul. Skenarionya, muat molekul 3D yang mengandung PEB dengan benar; tambahkan atom X pada posisi PEB, sembunyikan atom X, tampilkan PEB pada posisi atom X. Simak detailnya.

Baca Selengkapnya » 0

Tutorial Jmol dari Nol, Diterapkan pada Topik Geometri Molekul di MA-SMA-SMK

Tutorial ini dibagi menjadi 4 bagian. Bagian-1: Langkah-langkah Meng-install dan Menjalankan Jmol; Bagian-2: Tutorial Dasar Jmol untuk Pengajaran Geometri Molekul; Bagian-3: Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol; Bagian-4: Menjalankan Aplikasi Web Geomol secara Offline.

Baca Selengkapnya » 0

Membuat Garis Lengkung atau Tanda Panah pada Molekul 3D di Jmol

Petunjuk berupa tanda panah (selanjutnya ditulis panah saja) atau garis lengkung (curved) untuk menunjukkan sesuatu atau memberi keterangan pada visual 3D kadang diperlukan. Prosedurnya dengan melakukan perintah DRAW ARROW atau DRAW CURVE, diikuti perintah SET PICKING DRAW. Silakan simak detail dan contoh penerapannya.

Baca Selengkapnya » 0