Memahami Struktur Histidin

Berikut ini penjelasan singkat tentang struktur histidin yang merupakan salah satu asam amino. Visual ditampilkan dalam format 2D maupun 3D interaktif. Secara umum struktur asam amino sering ditampilkan dengan model struktur kerangka (skeletal), atom C, atom H, dan pasangan elektron bebas (PEB) tidak ditampilkan. Unsur selain C dan H, misalnya O, N, S selalu ditampilkan. Setiap terminal (ujung ikatan) atau sudut struktur tanpa lambang unsur berarti terdapat atom C.

Baca selengkapnya » 0

Memahami Struktur Alanin

Berikut ini penjelasan singkat tentang struktur alanin yang merupakan salah satu asam amino. Visual ditampilkan dalam format 2D maupun 3D interaktif. Secara umum struktur asam amino sering ditampilkan dengan model struktur kerangka (skeletal), atom C, atom H, dan pasangan elektron bebas (PEB) tidak ditampilkan. Unsur selain C dan H, misalnya O, N, S selalu ditampilkan. Setiap terminal (ujung ikatan) atau sudut struktur tanpa lambang unsur berarti terdapat atom C.

Baca selengkapnya » 0

Menampilkan PEB dan Cuping (Lobe) pada Molekul Menggunakan JMOL

Jmol merupakan penampil struktur molekul 3D yang sangat bagus. Untuk menampilkan geometri molekul dengan dilengkapi cuping (lobe) dan 2 tanda titik sebagai representasi 1 pasang elektron bebas (PEB). Agar dapat melakukan itu semua pengguna harus paham jenis orbital hibrida setiap molekul yang ingin ditampilkan, Jmol tidak dapat melakukan hal ini secara otomatis. Perintah yang dapat diberikan melalui Console Jmol untuk tujuan tersebut juga relatif sederhana. Perintah lcaocartoon untuk menampilkan cuping, dan lcaocartoon lonepair untuk menampilkan tanda 2 titik sebagai representasi PEB. 

Berikut ini penjelasan untuk menampilkan PEB untuk masing-masing orbital hibrida dalam molekulnya. Untuk molekul tanpa PEB tidak diberikan dalam catatan penjelasan ini.

Baca selengkapnya » 0

Geometri Molekul Diatomik dan Orbital Hibrida

Geometri molekul diatomik selalu linier yang hanya dikarakterisasi oleh parameter panjang ikatan saja. Contohnya molekul O₂, N₂, F₂, dan HF. Ini berbeda dengan geometri molekul linier yang terdiri dari 3 atom (triatomik) seperti CO₂ selain dikarakterisasi oleh panjang ikatan juga sudut ikatan. Syarat terbentuknya ikatan kimia hanya perlu 2 atom yang terhubung, sedangkan sudut perlu 3 atom yang terhubung melalui atom pusat.

Baca selengkapnya » 0

Cara Menghitung Bilangan Koordinasi pada Atom Pusat Molekul/Ion Poliatom

Terdapat beberapa alternatif yang mungkin disebut sebagai trik agar mudah menggambar struktur Lewis suatu molekul atau ion poliatom. Seperti dalam tulisan ini dan kalkulator ini. Dalam tulisan ini sendiri dilakukan dengan menghitung bilangan koordinasi (BK) atom pusat. Bilangan koordinasi yang dimaksud di sini adalah jumlah pasangan elektron ikatan + jumlah pasangan elektron bebas + radikal bebas. Dengan tahu BK atom pusat suatu molekul atau ion poliatom maka jenis orbital hibridanya dapat diprediksi dengan cepat dan kesalahan penggambaran struktur Lewis-nya dapat diminimalkan. Bagaimana caranya simak lebih lanjut.

Baca selengkapnya » 0

Bentuk-bentuk Molekul dengan Orbital Hibrida sp3d2 dan sp3d3 (3D Interaktif)

Berikut ini visual bentuk-bentuk molekul yang mempunyai orbital hibrida sp³d² dan sp³d³ yang dicontohkan untuk molekul yang sesuai secara 3D interaktif. Molekul yang memiliki orbital hidrida yang digunakan sebagai contoh molekul dengan rumus AX₆ dicontohkan SF₆ (belerang heksafluorida), AX₅E dicontohkan IF₅ (iodin pentafluorida), AX₄E₂ dicontohkan XeF₄ (xenon tetrafluorida) dan molekul dengan rumus AX₇ dicontohkan IF₇ (iodin heksafluorida).
Harap bersabar untuk beberapa detik hingga semua molekul termuat dengan sempurna.

Baca selengkapnya » 0