Pemodelan Molekul Air hingga Struktur Lewisnya

Berikut ini pemodelan molekul air (H2O) mulai model atom Bohr lengkap dengan rotasi elektron pada tiap kulit hingga struktur Lewis statis. Pemodelan ini dibuat dengan JavaScript dengan Library p5.js. Pemvisualan inti oksigen berupa bulatan merah, inti hidrogen berupa bulatan abu-abu, elektron berupa bulatan kecil warna biru. Warna ikatan menyesuaikan warna elektron, biru juga yang merepresentasikan 2 elektron.

Baca Selengkapnya » 0

Pemvisualan Model Molekul AX2, AX3, AX4, AX5, dan AX6

Ada beberapa perubahan dalam blog urip.info yang berakibat Jsmol tidak lagi berjalan mulus. Oleh karenanya perlu dibuat penyesuaian kode. Sebelumnya 3D molekul sudah berjalan dengan baik untuk banyak model molekul namun karena perubahan tersebut perlu untuk membuat model yang lebih terintegrasi agar lebih ramah pengguna dalam mempelajari struktur molekul, dan tidak perlu beralih ke halaman lain.

Baca Selengkapnya » 0

Membuat Screen Capture Animasi Molekul di Jmol

Untuk kebutuhan tertentu kadang diperlukan cuplikan layar (screen capture) animasi molekul yang dibuat di Jmol. Format yang biasa digunakan adalah gif ter-animasi. Sebelum melakukan itu pastikan di komputer terdapat aplikasi Jmol. Membuat model molekul dan menjalankan dalam mode ter-animasi, misalnya dengan mengaktifkan spin-nya. Menjalankan hanya sebaris perintah di Console. Tunggu beberapa saat dan selesai. Untuk detailnya silakan lanjut menyimak artikel ini atau video tutorial.

Baca Selengkapnya » 0

Menampilkan Vibrasi Molekul di Avogadro

Salah satu fitur Avogadro adalah dapat menampilkan vibrasi molekul. Setiap molekul mengalami gerakan berupa beberapa jenis vibrasi dengan frekuensi tertentu dan energi tertentu pula. Semakin banyak jumlah atom dalam molekul jenis vibrasinya semakin banyak. Lebih jauh tentang hal ini dapat dipelajari lebih jauh dalam kimia komputasi. Tulisan ini hanya memberikan beberapa contoh cara memvisualkan vibrasi molekul yang dapat dijalankan secara luring menggunakan software Avogadro. Untuk menjalankan secara daring via Jmol beberapa sudah dicontohkan di sini.

Baca Selengkapnya » 0

Cara Membuat Blink (Kedip) Atom/Ikatan atau Bagian Tertentu pada Molekul

Visual 3D interaktif molekul menggunakan Jmol dapat digunakan untuk memberikan tanda tertentu agar pembaca dapat lebih mudah memahami maksud suatu tulisan atau visual. Misal membuat atom tertentu berkedip (blinking). Salah satu fasilitas yang dimiliki oleh Jmol adalah mengubah warna (color) dan memberi waktu jeda (delay). Prinsipnya adalah pilih (select) atom/bagian molekul yang akan dibuat berkedip, ubah warna, beri jeda, ubah warna, beri jeda, dan seterusnya. Sesuaikan kebutuhan. Contoh detail simak tutorial berikut.

Baca Selengkapnya » 0

Cara Melihat Koordinat Orientasi Molekul 3D pada Jmol

Untuk memosisikan visual molekul 3D diperlukan sedikit usaha untuk tahu orientasi/konfigurasi molekul sebelum dan setelah diubah seperti yang diharapkan. Dalam Jmol terdapat sub-menu konsul (Consule), dari sub-menu Konsul (baik dalam Jmol maupun Jsmol versi web) kita dapat melihat atau mendapatkan koordinat dari orientasi molekul. Berikut ini tutorialnya.

Baca Selengkapnya » 0