Ada beberapa perubahan dalam blog urip.info yang berakibat Jsmol tidak lagi berjalan mulus. Oleh karenanya perlu dibuat penyesuaian kode. Sebelumnya 3D molekul sudah berjalan dengan baik untuk banyak model molekul namun karena perubahan tersebut perlu untuk membuat model yang lebih terintegrasi agar lebih ramah pengguna dalam mempelajari struktur molekul, dan tidak perlu beralih ke halaman lain.
Tampilkan postingan dengan label 3D Interaktif. Tampilkan semua postingan
Tampilkan postingan dengan label 3D Interaktif. Tampilkan semua postingan
Download Visual 3D Orbital Atom Offline
Rabu, 23 Juni 2021
Orbital atom saat ini sudah dapat ditampilkan secara 3D. Aplikasi penampil 3D orbital atom berbasis web Jsmol ini terdapat di sini. Tentu saja ini hanya dapat dibuka ketika kita tersambung dengan internet. Bila kita ingin mengaksesnya secara offline, caranya dengan mengunduh semua file yang terkait dengan aplikasi tersebut, dan memodifikasi file html-nya. Untuk mengunduhnya dapat menggunakan WinHTTrack. Bila tidak mau repot silakan lanjutkan tulisan ini. 😉
Trik Menampilkan Geometri Elektron Molekul yang Mempunyai PEB Menggunakan Jmol
Jumat, 18 Juni 2021
Jmol secara standar dapat menampilkan geometri molekul dengan menggunakan perintah POLYHEDRA di Console Jmol. Berbeda dengan geometri elektron, diperlukan manipulasi struktur molekul bila ia mengandung pasangan elektron bebas (PEB). Tentu saja ini sebatas menampilkan geometri elektron untuk pengajaran geometri molekul. Skenarionya, muat molekul 3D yang mengandung PEB dengan benar; tambahkan atom X pada posisi PEB, sembunyikan atom X, tampilkan PEB pada posisi atom X. Simak detailnya.
Interaksi 90° dalam Geometri Molekul 5 Domain
Jumat, 28 Mei 2021
Mengapa dua (pasangan elektron bebas) PEB dalam ClF3 menempati dua dari tiga posisi ekuator, tidak di posisi aksial untuk geometri molekul bipiramida segitiga, padahal bila PEB menempati posisi aksial ia akan berada pada jarak yang saling berjauhan dan meminimalkan tolakan PEB-PEB? Bagaimana pula penjelasan untuk kombinasi bentuk molekul 3 PEB dengan 2 PEI serta 1 PEB dengan 4 PEI?
Cara Menyimpan File 3D ke Format XYZ dari Data CCCBDB
Kamis, 27 Mei 2021
Format file XYZ merupakan format sederhana untuk struktur molekul. Susunan dalam berkas ini dibagi 3 bagian. Baris pertama berisi informasi jumlah atom, baris kedua berisi komentar terkait data struktur, baris ketiga berisi simbol atom (atau nomor atom) disertai koordinat Cartesian di kolom berikutnya.
Cara Khusus untuk Memunculkan PEB pada SF4
Secara umum Jmol dapat memunculkan atau menampilkan "awan pasangan elektron bebas" hanya dengan menggunakan perintah lcaocartoon create "tipe orbital hibridisasi dan posisinya". Namun untuk molekul SF4 bila ingin menampilkan "PEB" di posisi sp3de menggunakan perintah lcaocartoon create sp3de mapun perintah lcaocartoon lonepair create sp3de belum berhasil. Hal ini sempat dibahas di grup Jmol user namun belum ketemu juga solusinya. Sekarang di sini akan dijelaskan cara agar PEB SF4 dapat tampil dari menyimak teknik seperti pada contoh website vchem3d.univ-tlse3.fr. Simak penjelasannya berikut.
Langganan:
Postingan (Atom)
