Tutorial Jmol, Menampilkan Sisi Bidang Bentuk Molekul

Pada tulisan sebelumnya sudah dibahas cara Menampilkan Bentuk Molekul dengan Polyhedral Style Menggunakan Vesta. Kali ini akan dibahas cara menampilkan sisi bidang dari bentuk molekul (polihedra) menggunakan Jmol. Tutorial awal Jmol sudah ada di sini, silakan simak bila belum pernah mencoba menggunakan Jmol. Tutorial ini dibuat menggunakan Jmol versi 14.29.54 dalam sistem operasi Windows 10, untuk windows versi sebelumnya kurang lebih akan sama.

Langkah untuk menampilkan sisi bidang dari bentuk molekul

1. Buka file yang sudah ada atau buat secara manual di Jmol. Dalam tutorial ini file sudah disediakan dengan format *.mol. Nama filenya adalah PCl5.mol. Sila unduh dari sini bila perlu.
   
   
2. Klik Menu File > Pilih Console.
   
   
   
   
   
3. Tambahkan beberapa larik kode seperti pada gambar berikut.

Berikut ini kode yang digunakan pada tampilan di atas:
$ polyhedra;
#Ini menampilkan sisi bidang bentuk molekul (polihedra).

$ color polyhedra yellow;
#Ini mengubah warna polihedra menjadi kuning, sila sesuaikan sendiri untuk warna lain namun menggunakan Bahasa Inggris.

$ color polyhedra translucent;
#Sekarang atom P di sebelah dalam menjadi terlihat.

$ polyhedra {*} EDGES;
#Membuat rusuk polihedra lebih tegas

$ select *; color polyhedra translucent red;
# Untuk mengubah warna polihedra bisa juga seperti kode ini, misal untuk membuat polihedra  transparan dengan warna merah.

$ polyhedra {*} OFF;
#Mematikan (menyembunyikan) polihedra yang sudah dibuat.

$ polyhedra {*} ON;
#Menampilkan polihedra

$ polyhedra {*} DELETE;
#Menghapus polihedra.

Dokumentasi kode interaktif (termasuk polihedra tadi) untuk Jmol dapat disimak di sini.

Visual polihedra tadi dapat diputar untuk dilihat sisi per sisi. Untuk kebutuhan visual sila untuk membuat tangkap layar kemudian disimpan dalam format image tertentu.
Tutorial versi video di youtube:

Selamat bereksperimen dengan sedikit koding dalam Jmol.