Cara Melihat Koordinat Orientasi Molekul 3D pada Jmol

Kamis, 23 Januari 2020 edit

Untuk memosisikan visual molekul 3D diperlukan sedikit usaha untuk tahu orientasi/konfigurasi molekul sebelum dan setelah diubah seperti yang diharapkan. Dalam Jmol terdapat sub-menu konsul (Consule), dari sub-menu Konsul (baik dalam Jmol maupun Jsmol versi web) kita dapat melihat atau mendapatkan koordinat dari orientasi molekul. Berikut ini tutorialnya.

Ketika membuat model struktur molekul kadang diinginkan posisi molekul dengan konfigurasi tertentu atau ketika sudah diubah-ubah (setelah diputar ke beberapa arah) dan ingin mengembalikan ke posisi semula dengan arah tertentu. Untuk ini kita dapat menggunakan perintah "moveto".

Langkah-langkah:
  1. Buka file molekul tertentu, misalnya file alanin ini, dengan menggunakan Jmol.


  2. Untuk mengetahui koordinat awal dari molekul yang dimuat buka Konsul dari menu File, (File >> Consule). Kemudian klik tombol State pada Konsul.

    Cari save orientation "default"-nya. Itulah keadaan akhir yang sedang ditampilkan. Salin saja perintah mulai dari tulisan moveto .... hingga tanda ;;
    Ini adalah orientasi yang tersimpan, atau yang baru saja kita tampilkan.


  3. Untuk melakukan pergerakan memutar dengan posisi akhir tertentu, sila putar molekul secara manual pada layar Jmol, kemudian kembali klik tombol State lagi pada Konsul Jmol untuk melihat data moveto yang tersimpan terakhir itu.

    Caranya sila ikuti langkah-2. Itulah orientasi yang sesuai dengan apa yang kita lihat terakhir. Misalnya diputar seperti gambar berikut:

    Koordinat orientasinya seperti gambar berikut.


  4. Lakukan ubahan pada moveto 0.0 di bagian perintah awal menjadi moveto 1, misalnya. Ini akan memberikan efek animasi pergerakan molekul ke orientasi yang kita inginkan.

  5. Untuk mencobanya silakan lakukan putar bebas kemudian jalankan perintah moveto dengan orientasi dari yang tersimpan di langkah-3 dengan mengubah bagian moveto 0.0 menjadi moveto 1 seperti langkah-4.
Teknik di atas dapat diterapkan pada Jmol secara daring maupun luring pada Jsmol sebagai aplikasi website.


Memahami maksud angka-angka pada fungsi moveto, dimisalkan kita peroleh data sebagai berikut:
moveto 1 { 137 -990 33 85.07}  50.0 0.0 0.0  {0.0 0.0 0.0} 2.291192  {0 0 0} 0 0 0   3.0 0.0 0.0

/* time, axisAngle */ 1 { 137 -990 33 85.07} 
1 = waktu rotasi dengan satuan detik.

{ 137 -990 33 85.07} = rotasi sumbu melalui {0 0 0} dan {x y z} dengan jumlah derajat yang ditentukan.

/* zoom, translation */ 50.0 0.0 0.0  
50.0 = perbesaran 50% dari keadaan awal
0.0 0.0 = translasi (pergeseran) dari sumbu X (lebar) 0,0 dan sumbu Y (tinggi) 0,0. 
Bila nilainya 0.0 berarti tidak ada translasi.

/* center, rotationRadius */ {0.0 0.0 0.0} 2.291192 
{0.0 0.0 0.0} = pusat rotasi
2.291192 = radius rotasi (satuan menyesuaikan)

/* navigation center, translation, depth */ {0 0 0} 0 0 0 
{0 0 0} = pusat navigasi koordinat molekuler,
0 0 = X-dan-Y-posisi pada layar dalam persen,
0 = kedalaman titik navigasi dalam persen dari kedalaman model (100 = depan, 0 = belakang),

/* cameraDepth, cameraX, cameraY */  3.0 0.0 0.0
3.0 = kedalaman kamera,
0.0 = posisi kamera dari x
0.0 = posisi kamera dari  y.


Bagi yang belum pernah mencoba Jmol dan ingin mencicipinya silakan baca tutorial awalnya di sini.

CMIIW.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2020 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info