Memutar Molekul Berdasarkan Atom atau Ikatan (Tutorial Jmol)

Senin, 06 Januari 2020 edit

Pada menu utama Jmol memang terdapat cara memutar molekul berdasarkan sumbu tertentu (X, Y, Z) dengan sudut tertentu. Pilihan terbatas. Ada cara agar pengguna bebas melakukan rotasi molekul berdasarkan apapun yang dikehendaki. Berikut ini cara memutar molekul dengan basis atom tertentu atau ikatan tertentu.

Pertama, pengguna harus mengenali nomor atom dalam molekul dengan cara mendekatkan pointer ke atom atau langsung menampilkan nomor sebagai label, (menu Display → Label → Number).
Kedua, memilih atom tertentu misalnya pada tutorial ini di pilih atom H yang bernomor @5. Atom ini akan dijadikan basis rotasi atau putaran molekul. Ketiga memutar berdasar sumbu, misal z atau y atau x. Sumbu yang dimaksud di sini adalah sumbu virtual bukan sumbu sebenarnya. Sumbu sebenarnya dapat ditampilkan melalui menu Display → Axes.

Berikut ilustrasi untuk memutas molekul dengan perintah rotate Z, rotate Y, dan rotate X.

Silakan buat molekul sembarang di Jmol. Misal molekul sederhana seperti berikut.



Lakukan perintah putar molekul. Buka konsul Jmol (menu File → Konsul) kemudian sila ketika perintah seperti di bawah ini.
$ rotate Z 180 180
#memutar molekul seperti arah panah merah pada ilustrasi dengan putaran 180⁰.

$ rotate Y 180 180
#memutar molekul seperti arah panah biru pada ilustrasi dengan putaran 180⁰.

$ rotate X 180 180
#memutar molekul seperti arah panah hijau pada ilustrasi dengan putaran 180⁰.

Melihat molekul dari berbagai posisi secara standar
Secara standar Jmol akan melakukan perintah putar melalui perintah dari menu View.

Sila diamati bagaimana molekul terputar ketika memiliki sub-submenu pada menu View.

Contoh perintah memutar sesuai atom tertentu
Pilih atom H (warna putih @3)
rotate @3 180 180;
# maka atom H @3 itu akan diam, sementara atom lain akan diputar berlawanan arah jarum jam sejauh 180⁰.

Pilih atom Cl (warna hijau @2)
rotate @2 90 180;
# maka atom H @3 itu akan diam, sementara atom lain akan diputar berlawanan arah jarum jam sejauh 180⁰.

Jika ingin memutar searah jarum jam sejauh 90⁰  untuk atom F@4 perintahnya:
rotate @4 -90 -90;

Contoh perintah memutar sesuai ikatan tertentu
Pilih ikatan yang menghubungkan atom C @1 dengan H @3 kemudian lakukan rotate.
rotate @1 @3 180 180; 

Contoh perintah memutar berdasar 2 atom yang tidak berikatan
Pilih dua atom misal Cl @2 dan H @3
rotate @2 @3 -180 -180;

Contoh perintah memutar berurutan
rotate z 180 180; delay 1; rotate y 180 180; delay 1; rotate x -180 -180;

Simulasinya dapat disimak pada visual 3D interaktif berikut.







urip dot info @ youtube






File contoh dapat diunduh dari sini.

Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2019 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info