Cara Menampilkan Model Molekul 3D dengan Three.js + Addons PDBloader

Bagi yang baru pertama kali ingin menampilkan obyek molekul 3D dapat dicoba dengan mempelajari dan menggunakan kode di bawah ini. Boleh di muat di blog atau web pribadi atau disimpan sebagai file html tunggal untuk dibuka bahan belajar mandiri.

Baca selengkapnya » 0

Model 3D Molekul Sederhana Menggunakan Three.js dan Addons PDBloader

Berikut visual 3D molekul sederhana menggunakan Three.js dengan addons PDBloader. Pada visual berikut menggunakan format molekul format PDB secara inline. Model 3D ini dapat di perbesar/diperkecil dan dapat diputar. Untuk HF, H₂O, NH₃ ditampilkan pula model pasangan elektron bebas berupa lobe dengan warna pink (fuchsia).

Baca selengkapnya » 0

Pemvisualan Model Molekul AX2, AX3, AX4, AX5, dan AX6

Ada beberapa perubahan dalam blog urip.info yang berakibat Jsmol tidak lagi berjalan mulus. Oleh karenanya perlu dibuat penyesuaian kode. Sebelumnya 3D molekul sudah berjalan dengan baik untuk banyak model molekul namun karena perubahan tersebut perlu untuk membuat model yang lebih terintegrasi agar lebih ramah pengguna dalam mempelajari struktur molekul, dan tidak perlu beralih ke halaman lain.

Baca selengkapnya » 0

Penamaan Struktur Molekul Asam Askorbat R-S dan D-L

Asam askorbat (ascrobic acid) termasuk ke dalam senyawa heterosiklik. Boleh dikatakan asam askorbat ini merupakan turunan dari furan. Furan merupakan senyawa siklik aromatik dengan cincin 5 sudut, dan salah satu sudutnya terdapat atom O. Asam askorbat memiliki nama yang direkomendasikan IUPAC: (R)-5-((S)-1,2-dihydroxyethyl)-3,4-dihydroxyfuran-2(5H)-one. Berikut diuraikan cara penamaan asam askorbat menurut IUPAC baik secara konfigurasi R/S maupun isomer dekstro-levo dengan visual 3D interaktif.

Baca selengkapnya » 1

Geometri Molekul Diatomik dan Orbital Hibrida

Geometri molekul diatomik selalu linier yang hanya dikarakterisasi oleh parameter panjang ikatan saja. Contohnya molekul O₂, N₂, F₂, dan HF. Ini berbeda dengan geometri molekul linier yang terdiri dari 3 atom (triatomik) seperti CO₂ selain dikarakterisasi oleh panjang ikatan juga sudut ikatan. Syarat terbentuknya ikatan kimia hanya perlu 2 atom yang terhubung, sedangkan sudut perlu 3 atom yang terhubung melalui atom pusat.

Baca selengkapnya » 0

Cara Mewarnai Atom pada Lapisan Struktur Kisi Kristal di Jmol

Menunjukkan visual yang jelas dalam struktur kisi kristal kadang diperlukan. Misalnya dengan memberikan warna berbeda pada setiap lapisan struktur kisi kristal. Jmol dapat memfasilitasi hal ini. Perintahnya dapat dilakukan melalui Console. Pewarnaan bisa saja berdasarkan lapisan atau dengan pertimbangan tertentu. Lapisan yang dicontohkan dalam tutorial ini dimulai dari pojok sel satuan abc. Bila baru pertama kali menggunakan Jmol sebaiknya simak lebih dahulu tutorial di sini.

Baca selengkapnya » 0