Konversi File 3D dari Jmol dan Software 3D Lain Menggunakan MeshLab

MeshLab merupakan salah satu aplikasi yang dapat digunakan untuk mengubah file 3D tertentu menjadi file 3D jenis lain. Misalnya akan mengubah file xyz menjadi file u3d, buka file xyz di MeshLab (freeware) kemudian Export Mesh As... Pilih jenis file yang dikehendaki dan klik Ok, selesai.

Baca Selengkapnya » 0

Konversi File Model 3D Interaktif di Jmol ke Format U3D

Untuk kebutuhan tertentu kadang perlu untuk memasukkan model interaktif 3D (tiga dimensi) ke dalam file pdf (Portable Document Format), misalnya. Model interaktif 3D yang dimaksud seperti model molekul 3D yang dapat ditampilkan dalam Jmol maupun aplikasi pengolah obyek 3D lainnya. Setidaknya sampai saat ini ada 2 format file 3D yang dapat dimasukkan dalam file pdf menggunakan tool Rich Media yaitu format U3D (Universal 3D), dan PRC (Product Representation Compact). Berikut cara mengubah file 3D terutama yang didukung oleh Jmol ke format u3d.

Baca Selengkapnya » 0

Pembahasan Soal Kombinasi Senyawa Organik dan Hukum Dasar Kimia

Soal: Jika satu mol senyawa organik (RCOOH) dioksidasi menghasilkan gas karbon dioksida dan air, masing-masing sebanyak 89,6 L (pada keadaan standar). Tentukan rumus molekul dari senyawa organik tersebut!

Baca Selengkapnya » 0

Twirlymol, Alternatif Menambah Molekul 3D Interaktif di Laman Web

Ada beberapa alternatif cara untuk menyisipkan model molekul 3D ke dalam halaman website/blog. Pada tulisan ini akan di diberikan tutorial cara menyisipkan molekul 3D interaktif menggunakan Twirlymol dengan menggunakan dojo.js. Cara lain pernah juga di tulis di Cara Mudah Menampilkan Model Molekul 3D Interaktif di Web/Blog ini basisnya Jmol.

Baca Selengkapnya » 0

Animasi Mekanisme Reaksi CO2 + H2O ⇌ H2CO3

Berikut ini adalah animasi mekanisme reaksi kesetimbangan CO₂ + H₂O ⇌ H₂CO₃. File pdb diunduh dari website uv.es. Selanjutnya untuk penampilan dilakukan modifikasi seperlunya sebagaimana tampak pada visual 3D reaksi tersebut. Script dibuat lebih sederhana. Ikuti tutorial pada tulisan berikutnya.

Baca Selengkapnya » 0

Cara Membuat Blink (Kedip) Atom/Ikatan atau Bagian Tertentu pada Molekul

Visual 3D interaktif molekul menggunakan Jmol dapat digunakan untuk memberikan tanda tertentu agar pembaca dapat lebih mudah memahami maksud suatu tulisan atau visual. Misal membuat atom tertentu berkedip (blinking). Salah satu fasilitas yang dimiliki oleh Jmol adalah mengubah warna (color) dan memberi waktu jeda (delay). Prinsipnya adalah pilih (select) atom/bagian molekul yang akan dibuat berkedip, ubah warna, beri jeda, ubah warna, beri jeda, dan seterusnya. Sesuaikan kebutuhan. Contoh detail simak tutorial berikut.

Baca Selengkapnya » 0

Menu Jmol: Mode ModelKit vs Menu Popup Klik Kanan

Menu Jmol sekilas tampaknya tidak lengkap dan seakan miskin kemampuan. Itu kesan pertama doeloe. Belum kenal Jmol. Sebagai software penampil 3D molekul Jmol ternyata powerfull. Ini karena kontribusi banyak orang. Jmol bersifat opensource. Di balik kesederhanaan sebenarnya terdapat sumber yang luar biasa (dapat dilakukan via konsul). Memang tidak semua asal klak-klik terus jadi. Berikut ini pengenalan menu-menu Jmol.

Baca Selengkapnya » 0

Simulasi 3D Interaktif Contoh Isomer Z-E (cis-trans) dan Isomer R-S

Berikut ini simulasi beberapa contoh isomer molekul organik dengan menggunakan sistem penamaan cis/trans atau Z/E dan sistem penamaan R/S. Beberapa bahasan yang dapat digunakan membantu memahami contoh yang tersaji dapat disimak pada tulisan berikut: 1) Penamaan Isomer Sistem Z/E pada Alkena; 2) Simulator Konfigurasi R/S (Cahn-Ingold-Prelog) Berdasarkan Prioritas Gugus Fungsi (3D-Interaktif); 3) Cara Mudah Menentukan Konfigurasi Sistem R/S untuk Penamaan Senyawa Organik.

Baca Selengkapnya » 0

Cara Melihat Koordinat Orientasi Molekul 3D pada Jmol

Untuk memosisikan visual molekul 3D diperlukan sedikit usaha untuk tahu orientasi/konfigurasi molekul sebelum dan setelah diubah seperti yang diharapkan. Dalam Jmol terdapat sub-menu konsul (Consule), dari sub-menu Konsul (baik dalam Jmol maupun Jsmol versi web) kita dapat melihat atau mendapatkan koordinat dari orientasi molekul. Berikut ini tutorialnya.

Baca Selengkapnya » 0

Simulator Konfigurasi R/S (Cahn-Ingold-Prelog) Berdasarkan Prioritas Gugus Fungsi (3D-Interaktif)

Pada simulator ini prioritas gugus fungsi dimulai dari nomor 1, nomor 2, nomor 3, dan nomor 4. Nomor 4 adalah gugus fungsi yang dianggap paling ringan massa-nya atau paling kecil nomor atomnya. Simulasi ini mempertegas simulasi yang telah ada di sini.

Baca Selengkapnya » 0

Pembahasan Mendetail Soal Uraian Topik Larutan Penyangga dari OSN/KSM Kimia (Bagian-1)

Soal larutan penyangga (larutan bufer) soal OSK Kimia 2012:
Nilai pH darah dalam tubuh manusia dijaga dalam rentang yang sempit yaitu dari 7,35 hingga 7,45 oleh sistem bufer alami yang terdiri dari asam karbonat, H₂CO₃(aq) dan ion hidrogenkarbonat, HCO₃^–(aq).

Baca Selengkapnya » 0

Kalkulator Kadar, Massa Jenis, Volume Asam Pekat yang Diketahui pH-nya

Ini adalah alat hitung kebalikan dari kalkulator sebelumnya. Kalkulator ini dapat digunakan untuk menghitung volume larutan asam pekat untuk membuat larutan asam dengan pH tertentu.

Input beberapa data yang diketahui dan yang diharapkan. Untuk ini masukkan semua data kecuali data volume larutan asam pekat yang harus diambil untuk diencerkan hingga volume larutan tertentu.

Selain itu dapat pula digunakan untuk menghitung kadar asam pekat serta menghitung massa jenis bila memang belum diketahui.

Baca Selengkapnya » 0