Konverter File SDF ke Format XYZ

Aplikasi konverter SDF (Structure Data File) ke XYZ ini dirancang khusus untuk memudahkan konversi data struktur molekul 3D dari database PubChem ke format XYZ yang kompatibel dengan berbagai software kimia komputasi dan visualisasi molekul.

Format XYZ merupakan format sederhana yang hanya berisi informasi koordinat atom dan simbol unsur, sehingga mudah diproses oleh berbagai aplikasi.

Data SDF dapat diperoleh langsung dari PubChem dengan mengunduh file 3D conformer dalam format SDF. Setelah data dikonversi ke format XYZ, aplikasi ini menyediakan visualisasi molekul 3D interaktif menggunakan library 3Dmol.js yang memungkinkan untuk memutar, memperbesar, dan mengubah gaya tampilan molekul (bola & batang (ball & stick), batang (stick), bola (sphere), atau permukaan (surface)) untuk analisis yang lebih mendalam.

Fitur utama aplikasi ini meliputi:

1. Konversi otomatis SDF ke XYZ
2. Visualisasi 3D interaktif dengan berbagai gaya tampilan
3. Reset tampilan ke posisi awal
4. Salin data XYZ ke clipboard untuk penggunaan di aplikasi lain
5. Antarmuka responsif yang bekerja optimal di desktop maupun perangkat mobile.

Aplikasi ini sangat berguna bagi mahasiswa, peneliti, dan praktisi kimia yang membutuhkan visualisasi cepat struktur molekul 3D untuk keperluan pembelajaran atau penelitian.

🧬 Konversi SDF ke XYZ

Dirancang oleh urip.info

Input SDF (Format PubChem)

-OEChem-01152601523D 24 24 0 1 0 0 0 0 0999 V2000 -0.6679 1.1587 0.2570 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.8870 -2.4483 -0.3388 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.8623 -2.0693 0.4696 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.8609 0.5414 -0.4619 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.1222 2.6552 0.2574 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.3742 0.9717 -0.1865 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.3727 -1.2470 0.2300 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0856 -1.0709 -0.1940 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.2211 -0.0621 -0.2375 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.6082 0.3151 0.1839 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.6388 1.4132 -0.2534 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.6550 -0.1577 0.2740 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.4248 -1.3522 1.3206 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.2066 -1.2487 -1.2697 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.2548 -0.0098 -1.3343 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.7952 0.3598 1.2636 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5967 1.5141 -1.3440 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.6916 -0.1535 1.3685 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.1564 -1.0581 -0.0922 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.8514 -2.3615 -1.3066 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4973 -2.9356 0.2200 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.7165 0.4989 -1.4227 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4876 2.5033 1.1448 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9192 1.7652 0.1440 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 9 1 0 0 0 0 1 11 1 0 0 0 0 2 7 1 0 0 0 0 2 20 1 0 0 0 0 3 8 1 0 0 0 0 3 21 1 0 0 0 0 4 10 1 0 0 0 0 4 22 1 0 0 0 0 5 11 1 0 0 0 0 5 23 1 0 0 0 0 6 12 1 0 0 0 0 6 24 1 0 0 0 0 7 8 1 0 0 0 0 7 9 1 0 0 0 0 7 13 1 0 0 0 0 8 10 1 0 0 0 0 8 14 1 0 0 0 0 9 12 1 0 0 0 0 9 15 1 0 0 0 0 10 11 1 0 0 0 0 10 16 1 0 0 0 0 11 17 1 0 0 0 0 12 18 1 0 0 0 0 12 19 1 0 0 0 0 M END

Output Format XYZ

Output XYZ akan muncul di sini...

Penampil Molekul 3D