Menampilkan Vibrasi Molekul di Avogadro

Senin, 22 Juni 2020 edit

Salah satu fitur Avogadro adalah dapat menampilkan vibrasi molekul. Setiap molekul mengalami gerakan berupa beberapa jenis vibrasi dengan frekuensi tertentu dan energi tertentu pula. Semakin banyak jumlah atom dalam molekul jenis vibrasinya semakin banyak. Lebih jauh tentang hal ini dapat dipelajari lebih jauh dalam kimia komputasi. Tulisan ini hanya memberikan beberapa contoh cara memvisualkan vibrasi molekul yang dapat dijalankan secara luring menggunakan software Avogadro. Untuk menjalankan secara daring via Jmol beberapa sudah dicontohkan di sini.

File molekul yang dapat menampilkan vibrasi biasa diperoleh dari komputasi (kode kimia quantum) berupa output dengan file tertentu, misalnya file *.out, *.xyz,  *.traj, dan lain-lain sesuai jenis komputasi dan aplikasi yang digunakan.


Bila kesulitan memproduksi sendiri jenis file yang dapat memvisualkan vibrasi, kita dapat menyalin file-file yang tersedia di jagad maya. Salah satunya dapat disalin dari web ini di menu spectroscopy atau dari web ChemTube3D. Selain itu dapat juga di jelajah pada coolMolecules yang pernah di tulis di sini. Tutorial untuk membuat output data komputasi frekuensi vibrasi secara mandiri akan ditulis pada postingan lain pada blog ini.

Tutorial cara mengunduh atau menyimpa file dalam Jmol online pada suatu website dapat dilihat pada video berikut.


Kita unduh filenya kemudian dijalankan di Avogadro. Cara menjalankan animasi vibrasi molekul di Avogadro.
  1. Buka aplikasi Avogadro.
    Klik Menu Start Windows >> Avogadro >> Avogadro

  2. Buka file yang sudah diunduh.
    Klik menu File >> Open >> Pilih file yang didalamnya mengandung data energi-frekuensi.

  3. Bila file tersebut mengandung daftar frekuensi vibrasi biasa akan secara otomatis dalam layar kerja Avogadro muncul tabel frekuensi dan energi untuk setiap gerakan molekul tersebut yang disebut toolbar Vibration.

  4. Pilih frekuensi dari tabel dan kita dapat menjalankan animasi vibrasi molekul dengan klik Tombol Start Animation. Untuk menghentikan sesaat klik tombol Pause.

  5. Selanjutnya beberapa properti dapat ditambahkan dalam animasi molekul tersebut seperti pada menu di sisi kiri layar, seperti gaya, arah dipol, model molekul, dan lain-lain.

  6. Selesai.
Video untuk prosedur menjalankan animasi vibrasi molekul menggunakan Avogadro dapat disimak di bawah ini.


Dari file tersebut juga dapat ditampilkan spektra infra merah (IR) melalui menu Extension >> Spectra...


Untuk menampilkan potensial elektrostatis dapat diakses melalui menu Extensions >> Create Surface... dan memilih Color by : Electrostatics potential.



Demikian.
CMIIW.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2020 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info