Menggambar Garis dan Bidang pada Molekul di Jmol

Menggambar atau menampilkan polihedral molekul dapat dilakukan dengan menggunakan perintah POLYHEDRA {*} pada konsul Jmol seperti yang pernah ditulis di sini. Perlu sedikit usaha untuk dapat membuat garis dan atau permukaan bidang suatu molekul. Ini kadang diperlukan bila hanya ingin menggambar sebagian sisi suatu molekul. Perintah yang digunakan adalah DRAW. Berikut ini tutorialnya.

Tutorial ini dibuat untuk pengguna Jmol pemula. Mengingat pada dokumen perintah yang tersedia kurang cukup contoh penerapan suatu perintah. Harapannya pembaca yang kesulitan memahami tutorial dalam bahasa asing menjadi lebih mudah mengikuti.

Ini adalah cara paling praktis di samping cara lain yang dibahas di sini.


Tutorial format text di bawah tutorial video berikut.


Tutorial lebih detail dapat disimak dalam video berikut.

---

Menggambar garis yang menghubungkan dua atom dalam molekul

1. Buka atau buat molekul pada layar kerja Jmol. Sebagai contoh adalah molekul CH₄, yg dapat dibuat dengan klik tool yang bergambar molekul CH₄.
   
   
   
   
   
2. Memastikan diri tahu nomor label pada setiap atom dalam molekul. Caranya Klik menu Display > Label > Number sehingga muncul nomor untuk setiap atom.
   
   
   
   
   
3. Membuka konsul dengan klik menu File dan pilih Consule...
   
   
4. Silakan ketik perintah
   $ draw line1 @2 @3 dan tekan Enter.
   
   
   
   
   Perintah $draw: akan digambar  garis yang dinamai dengan "line1" (ini penamaannya bebas untuk penanda ketika akan diberi perintah tertentu) dan @2 @3 maksudnya akan digambar garis yang menghubungkan pusat atom nomor 2 dengan pusat atom nomor 3.
   
   
5. Bila menginginkan bentuk garis agak mulus, tidak bergerigi, tambahkan perintah di konsul $ set antialisdisplay on.
   
   
6. Setelah gambar garis tampil pengguna dapat mengubah warna garis.
   Caranya adalah dengan mengetik perintah
   $ color $line1 blue (ini warna line1 menjadi biru, dan seterusnya)
   
   
   
   
   
7. Untuk menghapus garis perintah yang dapat digunakan
   $ draw line1 delete

Demikian seterusnya untuk menggambar beberapa garis lain yang menghubungkan 2 pusat atom.

Menggambar bidang sisi suatu molekul. Ini masih menggunakan molekul CH₄ untuk contoh

1. Gambar molekul misalnya CH₄.
2. Untuk menggambar bidang tertentu (misalnya di sini akan menggambar 3 poin) dengan basis label nomor menggunakan perintah $ draw polygon [@2 @3 @5] dan tekan Enter. Ini berarti kita akan menggambar sisi segitiga pada salah satu sisi CH₄. Hasilnya seperti berikut.
   
   
   
   
   
3. Untuk mengubah warna menjadi transparan (seolah tembus pandang) boleh menggunakan perintah:
   $ draw polygon [@2 @3 @5] translucent
   
   
   
   
   
4. Untuk mengganti warna standar menjadi warna hijau (green), misalnya perintahnya
   $ draw polygon [@2 @3 @5] translucent green
   
   
   
   
   
5. Bila dikehendaki bidang tersebut tanpa warna dan hanya meninggalkan tepi dapat dilakukan menggunakan perintah $ draw polygon [@2 @3 @5] mesh nofill.
   
   
   
   
   
6. Untuk menghapus bidang yang telah dibuat perintahnya
   $ draw polygon [@2 @3 @5] delete

Demikian catatan kecil semoga dapat bermanfaat bagi yang membutuhkan.
Terima kasih.