Cara Mewarnai Atom pada Lapisan Struktur Kisi Kristal di Jmol

Jumat, 05 Februari 2021 edit

Menunjukkan visual yang jelas dalam struktur kisi kristal kadang diperlukan. Misalnya dengan memberikan warna berbeda pada setiap lapisan struktur kisi kristal. Jmol dapat memfasilitasi hal ini. Perintahnya dapat dilakukan melalui Console. Pewarnaan bisa saja berdasarkan lapisan atau dengan pertimbangan tertentu. Lapisan yang dicontohkan dalam tutorial ini dimulai dari pojok sel satuan abc. Bila baru pertama kali menggunakan Jmol sebaiknya simak lebih dahulu tutorial di sini.


Tutorial dalam format video dapat disimak di sini, tutorial bentuk teks dan gambar ada di bawah layar video ini.




Berikut ini langkah kerja untuk mewarnai atom-atom dalam lapisan struktur kisi kristal. 

  1. Unduh file contoh dapat diunduh dari sini. Ini merupakan file CIF dari struktur Ag dengan bentuk kisi kubus berpusat muka, FCC.
  2. Buka Jmol.
  3. Buka file hasil unduhan. Bila belum diubah nama filenya 9008459.cif.
    Tampilan pertama dengan sedikit diputar seperti berikut.
  4. Buka Console dari Menu File, pilih Console, atau klik kanan area kerja Jmol dan pilih Console.
  5. Di Console ketik perintah:
    load "" {1 1 1} packed;
    Ini untuk menampilkan satu satuan sel (kisi).
    Tampilannya semestinya seperti berikut dengan memutarnya sedikit.
  6. Ubah ukuran Axis dan garis batas sel satuan sedikit lebih besar dan dengan warna cyan.
    Perintah di Console:
    axes 0.1; unitcell 0.1; color unitcell cyan;
    Tampilannya semestinya seperti berikut.
  7. Untuk memudahkan pewarnaan sebaiknya setiap atom diberi label nomor.
    Perintah di Console:
    label "%i"; color label yellow; set fontsize 24; set labelalignment center;
    Tampilannya semestinya seperti berikut.
  8. Lapisan  bawah (atom nomor 1) dan atas (atom nomor 14) akan diberi warna hijau pucat (palegreen).
    Perintah di Console:
    select (@1, @14); color atoms palegreen;
    Tampilannya semestinya seperti berikut.
  9. Lapisan lain akan diberi warna merah dan biru.
    Perintah di Console:
    select (@2, @3, @4, @5, @7, @10); color atoms red;
    select (@6, @8, @9, @11, @12, @13); color atoms blue;

    Tampilannya semestinya seperti berikut.
  10. Perbesar ukuran semua atom.
    Perintah di Console:
    select *; spacefill 1.46;
    Tampilannya semestinya seperti berikut.
  11. Agar visual atom smooth, tidak bergerigi antialias-nya diaktifkan.
    Perintah di Console:
    set antialiasdisplay on;
    Tampilannya semestinya seperti berikut.
  12. Selesai.
Selamat mencoba.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info