Cara Menampilkan Irisan Permukaan Sel Satuan Menggunakan Jmol

Pada artikel ini hanya dijelaskan cara menampilkan perpotongan antara atom dengan permukaan sel satuan menggunakan Aplikasi Jmol. Mempelajari dasar-dasar pengetahuan zat padat atau struktur kisi kristal diperlukan pemahaman yang baik untuk menghitung jumlah total atom dalam sel satuan. Untuk itulah diperlukan visualisasi sel satuan yang representatif. Pada artikel terpisah dijelaskan cara menampilkan irisan atom dalam sel satuan dengan menggunakan CrystalMaker.
Secara prinsip di Jmol bila ingin menampilkan irisan atom dalam batas satu sel satuan sangat praktis. Hanya saja perintah untuk ini masih harus dijalankan di Console, tidak tersedia menu/submenu khusus. 

Tutorial format video dapat disimak di bawah ini.

---

Dalam tutorial ini akan dicontohkan dengan menggunakan sel satuan CsCl. File CIF CsCl ini dapat diunduh dari sini.  Silakan klik saja kanan dan Simpan tautan sebagai...

Prosedur:

1. Buka aplikasi Jmol. Bila belum punya silakan ikuti prosedur di sini.  
2. Klik menu File, pilih Open kemudian arahkan ke folder yang terdapat file CIF hasil unduhan. Tampilan setelah file 9008789.CIF dibuka di Jmol seperti gambar berikut. File ini bisa di-rename asal ekstensi CIF tetap tertulis misalnya di ganti nama CsCl.CIF.

3. Menampilkan simetri dari sel satuan CsCl. Klik kanan area kerja Jmol, pilih Symmetry, klik Reload {1 1 1}. Tampilan akan menjadi seperti berikut.

4. Klik menu File >> Console...
5. Ketikkan perintah spacefill ionic; kemudian tekan Enter.
6. Ketikkan perintah lcaocartoon scale 1.0 CAP unitcell "cpk"; spacefill off; kemudian tekan Enter.

Secara keseluruhan di Console harusnya akan seperti berikut.

Hasil terakhir irisan permukaan sel satuan sudah jadi seperti gambar berikut.

Untuk mengganti warna latar sila klik kanan area kerja Jmol, pilih Color >> Background >> Pilih warna sesuai keinginan.

Selamat mencoba. KSJSS.