Konversi Struktur Molekul ke Format SMILES di ChemSketch, MarvinSketch, dan ChemDraw

Minggu, 21 Februari 2021 edit

SMILES di sini merupakan singkatan dari "Simplified Molecular Input Line Entry System". Suatu sistem penulisan (notasi) rumus struktur molekul yang disederhanakan dengan hanya menuliskan kode-kode sederhana namun komprehensif. Misalnya asam sulfat (H2SO4) jika dituliskan rumus struktur format SMILES menjadi O=S(=O)(O)O; benzena format SMILES = c1ccccc1 atau C1=CC=CC=C1. Jauh lebih ringkas, dan sudah digunakan di banyak aplikasi kimia offline maupun online. Lebih detail tentang SMILES ini dapat dilihat di sini.

Dalam artikel ini akan dijelaskan cara mengonversi struktur 2D yang sudah digambar dengan menggunakan aplikasi Chemsketch, MarvinSkecth, dan ChemDraw. Suatu ketika ini akan diperlukan untuk kebutuhan tertentu, misalnya untuk menggunakan aplikasi online untuk retrosintesis, atau prediksi hasil reaksi senywa organik seperti di rxn.res.ibm.com. Paham tentang format SMILES akan banyak menolong untuk efektivitas penggunaan aplikasi tersebut, walau tidak harus selalu.

1. Cara konversi struktur molekul 2D ke format SMILES di ChemSketch.

Gambar struktur molekul di ChemSketch, tanpa perlu memblok struktur, klik Menu Tools >> Generate >> SMILES Notation. Hasil konversi akan ditampilkan tepat di bawah gambar struktur molekul. Di contoh ini hasil salinan untuk struktur benzena adalah c1ccccc1. Dalam format ini simbol c kecil ini menunjukkan bahwa atom C ini orbitalnya adalah sp2.  Memang dalam format ini tersedia dua macam notasi, notasi lainnya seperti yang digunakan oleh MarvinSketch dan ChemDraw. Keduanya dimaksudkan untuk konversi struktur yang sama.


2. Cara konversi struktur molekul 2D ke format SMILES di Marvinketch.

Gambar struktur molekul di ChemSketch, blok struktur yang akan dikonversi, klik Menu Edit >> Copy As Smiles atau dapat juga dengan tekan Ctrl L di keyboard. Hasil salinan atau kopian tidak ditampilkan langsung tetapi tersimpan dalam clipboard, selanjutnya silakan tempel (Ctrl V, Paste) di editor text atau yang lain. Di contoh ini hasil salinan untuk struktur benzena adalah CC1=CC=CC=C1. Jika menggunakan ChemSketch tertulis c1ccccc1.


3. Cara konversi struktur molekul 2D ke format SMILES di ChemDraw.

Gambar struktur molekul di ChemDraw, blok struktur yang akan dikonversi, klik Menu Edit >> Copy As >> SMILES atau dapat juga dengan tekan Alt+Ctrl C di keyboard. Hasil salinan atau kopian juga tidak ditampilkan langsung tetapi tersimpan dalam clipboard, selanjutnya silakan tempel (Ctrl V, Paste) di editor text atau yang lain. Di contoh ini hasil salinan untuk struktur benzena adalah CC1=CC=CC=C1 persis seperti hasil di MarvinSketch. Jika menggunakan ChemSketch tertulis c1ccccc1.


Ketika tidak mempunyai aplikasi offline seperti di atas, masih dapat menggunakan aplikasi online salah satunya di https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov//edit3/index.html. Selain format SMILES di sini huga disediakan konversi ke format lain seperti SMARTS, StdInChI (International Chemical Identifier), StdIChIKey. Caranya, silakan gambar struktur molekul 2D dan lihat di bagian hasil konversi di atas layar seperti yang ditunjukkan dalam gambar berikut.


Demikian, KSJSS.

Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info