Cara Menampilkan Struktur 3D Grafit dan Intan dengan Jmol

Kamis, 04 Februari 2021 edit

Selama ini referensi visual grafit dan intan kebanyakan ditampilkan dalam format 2D. Semenjak adanya aplikasi Jmol tampilan grafit dan intan lebih mudah untuk divisualkan secara 3D dan pengguna dapat berinteraksi untuk melakukan eksplorasi sifat dari struktur. Dalam tutorial ini file CIF untuk grafit dan intan diambil dari website crystallogaphy.net. Bila belum mempunyai Jmol silakan unduh dari sini.


Tutorial dalam format video dapat di simak di sini dan tutorial format teks dan gambar dapat disimak di bagian bawah video.



Langkah menampilkan struktur grafit menggunakan Jmol

  1. Unduh file CIF untuk grafit dari tautan ini.
  2. Buka aplikasi Jmol.
    Bagi yang belum pernah menggunakan Jmol sebaiknya simak lebih dahulu artikel Jmol di sini.
  3. Buka file hasil unduhan untuk grafit (nama file-nya bila belum diubah 9000046.cif). Tampilan pertama kali akan seperti berikut.
  1. Buka Console dari Menu File atau klik kanan area kerja Jmol dan pilih Console.
  2. Di Console ketik perintah:
    load "" {1 1 1} packed;
    Ini untuk menampilkan satu satuan sel (kisi). Tampilannya semestinya akan seperti berikut dengan memutarnya sedikit.
  1. Untuk menampilkan hanya bagian dalam dari batas satu satuan sel ketik perintah di Consule: 
    spacefill ionic;lcaocartoon scale 1.0 CAP unitcell "cpk";spacefill off; 
    Tampilannya akan seperti gambar berikut ini.
  1. Untuk menampilkan lapisan-lapisan grafit dengan faktor  pengali kisi satuan sel 4×3×2, di Console ketikkan perintah: 
    load "" {4 3 2} packed; sehingga tampilannya akan seperti berikut.

Untuk menampilkan struktur intan (klik di sini untuk unduh file CIF intan) dapat dilakukan dengan perintah yang sama ketika membuka file CIF untuk grafit. Silakan coba untuk mengubah faktor pengali kisi satuan sel misalnya 3×3×3.

Untuk menyembunyikan garis sel satuan, silakan perintah: axes off; unitcell off;

Demikian, KSJSS.

Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2021 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info