Memilih Jenis Force Field - Mekanika Molekuler di Avogadro

Jumat, 12 Juni 2020 edit

Membuat visiual 3D molekul diperlukan kesesuaian metode komputasi. Dalam software Avogadro tersedia metode Molecular Mechanics berdasarkan Force Field (medan gaya). Untuk molekul tertentu perlu setup (pengaturan) Force Filed yang cocok sebelum melakukan optimize geometry atau kalkulasi energi dan lain-lain.

Dicontohkan akan melakukan optimasi geometri SF6.
  1. Buat model molekul SF6. Tentu hasilnya belum sesuai dengan visula bentuk molekul SF6. Ini perlu dilakukan optimasi agar bentuk molekulnya benar.


  2. Untuk mendapatkan bentuk molekul yang benar dilakukan optimasi. Sebelumnya perlu dilakukan pengaturan. Pilih Force Filed yang sesuai. Klik Menu Extension >> Pilih Molecular Mechanics >> Pilih Setup Force Field.



  3. Default Force Field dalam Avoagadro MMFF94, ini tidak cocok untuk perhitungan molekul senyawa anorganik kebanyakan. MMFF94 ini cocok digunakan untuk komputasi molekul organik. SF6 termasuk molekul anorganik maka Force Field defaultnya diganti menjadi UFF.

  4. Selanjutkan dapat dilakukan kalkulasi/komputasi yang tersedia dalam Avoagdro, yang dimulai dengan Optimize Geometry untuk mendapatkan geomateri molekul dengan energi minimum. Ini dapat dilakukan dengan klik Menu Extension >> Optimize Geometry. Atau boleh langsung tekan keyboard Ctrl+Alt+O. Berikutnya akan disajikan hasil optimasi dengan menggunakan Force Filed yang cocok tadi. Hasilnya seperti berikut.


  5. Selesai.
Mungkin akan lebih jelas bila menyimak video berikut.


Bagi yang memerlukan software Avogadro dapat unduh langsung dari tautan ini.

Selamat mencoba.
CMIIW.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2020 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info