Cara Membuat Blink (Kedip) Atom/Ikatan atau Bagian Tertentu pada Molekul

Sabtu, 25 Januari 2020 edit

Visual 3D interaktif molekul menggunakan Jmol dapat digunakan untuk memberikan tanda tertentu agar pembaca dapat lebih mudah memahami maksud suatu tulisan atau visual. Misal membuat atom tertentu berkedip (blinking). Salah satu fasilitas yang dimiliki oleh Jmol adalah mengubah warna (color) dan memberi waktu jeda (delay). Prinsipnya adalah pilih (select) atom/bagian molekul yang akan dibuat berkedip, ubah warna, beri jeda, ubah warna, beri jeda, dan seterusnya. Sesuaikan kebutuhan. Contoh detail simak tutorial berikut.
Contoh atom dalam molekul yang berkedip sudah ada pada tulisan di sini.

Sekali lagi prinsipnya adalah pilih (select) atom/bagian molekul yang akan dibuat berkedip, ubah warna, beri jeda, ubah warna, beri jeda, dan seterusnya. Memang terkesan manual. Mudahan yang akan datang ditambahkan fasilitas perintah untuk membuat atom bisa berkedip.

Sebagai latihan, buka Jmol di Windows atau sistem operasi lain.
  1. Buat molekul metana dan perbesar proporsi ukuran layar.

  2. Munculkan label pada setiap atom (untuk memastikan identitas atom yang mana). Cara menampilkan label nomor atom, klik menu Display > Label > Number.


    Atau bisa juga hanya dengan mouse over atom yang bersangkutan, biasa identitas atom akan muncul, seperti pada gambar atom H2 #2 yang mouse over. Hanya saja cara ini pengguna harus melakukan lagi dan lagi bila lupa.

    Untuk molekul metana tersebut C bernomor 1 diberi label C1 #1, selanjutnya H bernomor 2 berlabel H2 #2, H bernomor 3 berlabel H3 #3, H bernomor 4 berlabel H4 #4, H bernomor 5 berlabel H5 #5.

  3. Di sini H2 (@2) dibuat kedip  merah , H3 (@3) dibuat kedip  kuning , H4 (@4) dibuat kedip  hijau , H5 (@5) dibuat kedip  biru . Masing-masing H berkedip sebanyak 3 kali.
    Caranya buka Consule melalui menu File > Consule (konsul).

    Ketik di konsul sebagai berikut:
    select @2; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; color red; delay 0.5; color none;
    tekan Enter

    select @3; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; color yellow; delay 0.5; color none; 
    tekan Enter

    select @4; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; color green; delay 0.5; color none; 
    tekan Enter

    select @5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5;
    tekan Enter

    Bila menghendaki membuat kedipan semua atom H secara berutan sila gabung semua secara berurutan dengan memberi waktu jeda (delay) misalnya 0,5 detik.

    Perintah kedip gabungan menjadi:

    select @2; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; select @3; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; select @4; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; select @5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5;
    tekan Enter.

    Sila sesuaikan soal berapa jumlah kedip dan waktu jeda-nya sesuai keinginan, termasuk memberi variasi perubahan warna, juga boleh diacak dengan warna lain.

    Bila warna akhir mau dibuah ganti color none terakhir pada setiap atom dengan warna yang dikehendaki. color none ini memberi perintah agar warna atom sesuai keadaan semula.

  4. Untuk atom C1 (@1) silakan dicoba untuk memberikan tanda berupa halo (lingkaran yang melingkupi atom C) dengan warna tertentu. Misal akan dibuat halo dengan warna kuning, biru, pink, berkedip masing-masing 2 kali secara bergantian. Terakhir halo dibuat tetap tampak sesuai warna akhir, hijau.

    Perintahnya mirip untuk membuat kedip atom tadi.

    select @1; color halo yellow; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; color halo blue; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; color halo pink; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; halo on;

  5. Untuk memberi warna kedip pada ikatan tertentu, misalnya ikatan pertama (ingat penomoran ikatan dimulai dengan 0, bukan dari 1). Pada metana ikatan 0 menghubungkan C1 ke H5, ikatan 1 menghubungkan C1 ke H2, ikatan 2 menghubungkan C1 ke H3, ikatan 3 menghubungkan C1 ke H4. Sebaiknya dicoba deteksi ikatan agar tidak keliru.

    Misal pada ikatan 0 akan diberi kedip pink - biru 3 kali maka perintahnya:
    select bonds ({0}); color bonds pink; delay 0.3; color bonds blue; delay 0.3; color bonds pink; delay 0.3; color bonds blue; delay 0.3; color bonds pink; delay 0.3; color bonds blue; delay 0.3; color bonds none;
Untuk implementasi dalam web aplikasi berbasis Jmol perintah tadi dapat dimasukkan dalam tombol perintah, seperti tautan contoh di atas.

Tombol kedip atom:
<script>jmolButton('select @1; color halo yellow; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; color halo blue; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; color halo pink; halo on; delay 0.5; halo off; delay 0.5; halo on; select @2; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; color red; delay 0.5; color none; delay 0.5; select @3; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; color yellow; delay 0.5; color none; delay 0.5; select @4; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; color green; delay 0.5; color none; delay 0.5; select @5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5; color blue; delay 0.5; color none; delay 0.5;','Buat Atom Berkedip')</script>

Tombol kedip ikatan:
<script>jmolButton('select bonds ({0}); color bonds pink; delay 0.3; color bonds blue; delay 0.3; color bonds pink; delay 0.3; color bonds blue; delay 0.3; color bonds pink; delay 0.3; color bonds blue; delay 0.3; color bonds none; ','Buat Atom Berkedip')</script>

Hasilnya akan seperti berikut.







Untuk tutorial cara memutar molekul sila simak Memutar Molekul Berdasarkan Atom atau Ikatan (Tutorial Jmol).
CMIIW.
Bagikan di

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

 
Copyright © 2015-2020 Urip dot Info | Disain Template oleh Herdiansyah Dimodivikasi Urip.Info